Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A20 F60 I1 R1
|
10 |
70.6 |
2389780 |
99.1% |
2368271 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,212,088 |
(C)8→9 |
intergenic (‑85/+172) |
iraM ← / ← ymgK |
anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 98.5%
| 248.6
/ ‑3.3
| 68 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (47/20); total (48/20) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.19e-01 |
TATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATT > NC_000913/1211941‑1212213
|
tatGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑a > 2:81961/1‑140 (MQ=255)
ggCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTTTTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccc > 1:665968/1‑140 (MQ=255)
cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccc > 1:185632/1‑140 (MQ=255)
cTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccc > 1:424221/1‑140 (MQ=255)
tGAAAAGGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑cccccc > 1:516738/1‑140 (MQ=255)
aaaaaGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑cccccccc > 2:229081/1‑140 (MQ=255)
tGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAaatt > 2:1146034/1‑140 (MQ=255)
tGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAaatt > 2:368787/1‑140 (MQ=255)
gTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAattaatta > 2:654278/1‑140 (MQ=255)
aaTTACCTTGTAAATTCCTATCCCCTTAATTTTTTTTGTC‑TATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:540362/140‑1 (MQ=255)
aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 2:988410/1‑140 (MQ=255)
aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 1:764458/1‑140 (MQ=255)
aaTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat > 1:552345/1‑140 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:1104714/140‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:629717/140‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:424221/140‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:738758/140‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:398163/140‑1 (MQ=255)
aTTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 2:1033702/140‑1 (MQ=255)
ttACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatga < 2:185632/140‑1 (MQ=255)
tACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgat > 1:702549/1‑140 (MQ=255)
tACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgat < 2:145824/140‑1 (MQ=255)
cGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc < 1:269739/140‑1 (MQ=255)
cGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc < 1:904799/140‑1 (MQ=255)
tCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTtat > 2:527685/1‑140 (MQ=255)
tATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaata < 2:481312/140‑1 (MQ=255)
tCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATataaaataaa > 1:1157912/1‑140 (MQ=255)
aCTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAAtt > 2:626513/1‑140 (MQ=255)
aCTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAAtt < 2:480294/140‑1 (MQ=255)
ttCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTa > 1:334604/1‑140 (MQ=255)
aTTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAg > 1:840915/1‑140 (MQ=255)
aTTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAg > 2:910428/1‑140 (MQ=255)
aTGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGaa > 1:39991/1‑140 (MQ=255)
tGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAGAATTTAAAGCAAGGAAt < 1:26457/140‑1 (MQ=255)
tCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAAtct > 2:641112/1‑140 (MQ=255)
ttATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCa < 1:1146034/140‑1 (MQ=255)
tATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCaa > 2:668649/1‑140 (MQ=255)
aTCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAAt < 1:660693/140‑1 (MQ=255)
tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 2:704111/1‑140 (MQ=255)
tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 2:339021/1‑140 (MQ=255)
tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 1:1091536/1‑140 (MQ=255)
tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg > 1:293788/1‑140 (MQ=255)
cACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGAt > 2:388164/1‑140 (MQ=255)
cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:104502/1‑140 (MQ=255)
cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 2:918640/1‑140 (MQ=255)
cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:1168409/1‑140 (MQ=255)
cGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt > 1:26854/1‑140 (MQ=255)
ttAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACa > 2:139506/1‑140 (MQ=255)
ttAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACa > 2:868804/1‑140 (MQ=255)
ttAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACa > 1:166835/1‑140 (MQ=255)
tatGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAAt > 1:647864/1‑140 (MQ=255)
tGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAACCTCAATGGATGTTAAACAAAATga < 2:730471/140‑1 (MQ=255)
ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgag > 2:256436/1‑140 (MQ=255)
ggTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAACAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgag > 2:1146305/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 1:9156/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 2:939816/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 2:1041250/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 2:148823/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt < 1:139506/140‑1 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt < 1:229081/140‑1 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 1:412361/1‑140 (MQ=255)
ttCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt > 2:492298/1‑140 (MQ=255)
cATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAttt > 1:964917/1‑140 (MQ=255)
cATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAttt > 1:961245/1‑140 (MQ=255)
ttAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTtg > 2:409267/1‑140 (MQ=255)
aGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTtgtg < 2:516738/140‑1 (MQ=255)
tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGTATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAg > 2:619912/1‑140 (MQ=255)
tttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCa > 1:733511/1‑140 (MQ=255)
tCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAat > 2:1018990/1‑140 (MQ=255)
cTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAatt > 1:965469/1‑140 (MQ=255)
cTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAatt > 1:714151/1‑140 (MQ=255)
tGCATAGGAGTATATTAA‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTTATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGGGAAAGCAATAAATTATTGACtt > 2:957560/1‑140 (MQ=255)
atGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGttt < 1:388164/140‑1 (MQ=255)
tataTT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAt > 1:519747/1‑140 (MQ=255)
tataTT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAt > 2:495789/1‑140 (MQ=255)
tataTT‑A‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAtt > 1:1160673/1‑140 (MQ=255)
|
TATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATT > NC_000913/1211941‑1212213
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
