Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F60 I1 R1
|
10 |
68.6 |
2346920 |
99.1% |
2325797 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,692,869 |
T→G |
intergenic (‑18/+21) |
uidC ← / ← uidB |
outer membrane porin family protein/glucuronide:H(+) symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,692,869 | 0 | T | G | 98.1%
| 186.6
/ ‑4.1
| 52 | intergenic (‑18/+21) | uidC/uidB | outer membrane porin family protein/glucuronide:H(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (25/26); total (25/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 |
GTTTTTCAGTCTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGAAT > NC_000913/1692735‑1693004
|
gTTTTTCAGTCTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGTCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGat < 2:433190/140‑1 (MQ=255)
gTCTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTa < 1:389109/140‑1 (MQ=255)
cTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTAtt < 2:1079711/140‑1 (MQ=255)
cTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTAtt < 1:819038/140‑1 (MQ=255)
gTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGTATattaat < 2:32209/140‑1 (MQ=255)
tCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATattaatt > 1:334080/1‑140 (MQ=255)
tCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATattaatt < 1:946764/140‑1 (MQ=255)
ccGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAg > 2:920719/1‑140 (MQ=255)
ccGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAATTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAg > 1:731246/1‑140 (MQ=255)
gCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTg < 2:767083/140‑1 (MQ=255)
tCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCg < 1:1018219/140‑1 (MQ=255)
tCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCg > 2:697534/1‑140 (MQ=255)
tCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCg > 2:954021/1‑140 (MQ=255)
cAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGa < 1:73460/140‑1 (MQ=255)
gCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGAtt < 1:816735/140‑1 (MQ=255)
aGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAAt < 2:926514/140‑1 (MQ=255)
cgcATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATtgctgctg < 1:920719/140‑1 (MQ=255)
gcATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATtgctgctgc < 2:493672/140‑1 (MQ=255)
ggTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACg > 2:566407/1‑140 (MQ=255)
ggTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACg > 2:983575/1‑140 (MQ=255)
gTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGa > 1:706944/1‑140 (MQ=255)
gTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGa > 1:228949/1‑140 (MQ=255)
aGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTa < 1:697534/140‑1 (MQ=255)
agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAAttt > 1:503413/1‑140 (MQ=255)
agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAAttt > 1:876210/1‑140 (MQ=255)
agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAAttt > 2:864936/1‑140 (MQ=255)
agGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAAttt > 2:536160/1‑140 (MQ=255)
gCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAAcc > 2:837044/1‑140 (MQ=255)
gCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAAcc > 1:672700/1‑140 (MQ=255)
tCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGa < 1:409963/140‑1 (MQ=255)
aaCGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGaa < 2:876210/140‑1 (MQ=255)
ggCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATc > 1:167382/1‑140 (MQ=255)
ggCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATc > 1:683569/1‑140 (MQ=255)
tATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAg < 1:373629/140‑1 (MQ=255)
tATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAg < 1:467491/140‑1 (MQ=255)
tATTTTTCTCATAATTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAg < 2:731246/140‑1 (MQ=255)
tttCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGa < 2:1061750/140‑1 (MQ=255)
tttCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGa < 2:934907/140‑1 (MQ=255)
tttCTCATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGa < 1:746597/140‑1 (MQ=255)
ctcATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATaa < 2:672700/140‑1 (MQ=255)
ctcATAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATaa < 2:334080/140‑1 (MQ=255)
aTAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCACCCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAAc < 2:278150/140‑1 (MQ=255)
aTAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAAc < 2:683569/140‑1 (MQ=255)
aTAGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAAc > 1:713727/1‑140 (MQ=255)
aGTTGCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCa < 1:864936/140‑1 (MQ=255)
gCACCTTTGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGata > 2:768682/1‑140 (MQ=255)
ttGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACg > 2:760534/1‑140 (MQ=255)
ttGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACg > 2:842359/1‑140 (MQ=255)
tGATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTTCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGa > 1:833517/1‑140 (MQ=255)
gATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGaa > 2:173685/1‑140 (MQ=255)
gATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGaa > 2:453828/1‑140 (MQ=255)
gATGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGaa > 2:581617/1‑140 (MQ=255)
aTGTGCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGAAt > 2:345628/1‑140 (MQ=255)
|
GTTTTTCAGTCTGATGCGTAGTCCCGCTTCATCGTCAGCCAGTTGCGCCGCATAAGCAGAGGTAAGGCCAGAGGCAGCCGTCAGGCAAATAACGGCCATGGCCACTATTTTTCTCATAGTTGCACCTTTGATGTTCTGATTATTTTTATTGAATATTAATTAGTGATATCGCTGATTAATTGCTGCTGCACTTTTTTACGATTATCAATTTCAACCACGATTTCTTTGAATTTTTTATCCGTGAGCGGATAAAACCAGATAATAACGAAT > NC_000913/1692735‑1693004
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
