Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F73 I1 R1
|
31 |
34.8 |
1203930 |
99.1% |
1193094 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,449,195 |
G→T |
intergenic (+38/+33) |
smrB → / ← yfcO |
putative endonuclease SmrB/DUF2544 domain‑containing protein YfcO |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,449,195 | 0 | G | T | 100.0%
| 87.0
/ NA
| 26 | intergenic (+38/+33) | smrB/yfcO | putative endonuclease SmrB/DUF2544 domain‑containing protein YfcO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (3/23); total (3/23) |
TGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCG > NC_000913/2449060‑2449328
|
tgATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGGGGTGTTGGTGTTGATTTAAGTCGAAGAGGGGGTGCCGCCGGGGGTGGCCCGGGGGGGTGAGCGCGGTGGGCCAGGGACGGGGAatgggatgggg > 2:511627/1‑139 (MQ=255)
tGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGGTGTTGGGGTTGGTTGAAGTCGAAGAGGGGGTGGCGCCGGGGGTGCCCCGAGGGGGTGAGGGCGGTGCGCCCGGGACGGGGAAAGGGAtgggggga > 2:513571/1‑136 (MQ=255)
cTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGcc < 1:22955/140‑1 (MQ=255)
tttCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGccc < 1:150693/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCcctgc < 1:299435/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCcctgcc < 2:156036/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCcctgcc < 2:467156/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCcctgcc < 1:131070/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCcctgcc < 2:106875/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCcctgcc < 1:46013/140‑1 (MQ=255)
aaGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTa < 2:590259/140‑1 (MQ=255)
gcgTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGt < 2:345664/140‑1 (MQ=255)
gttgttGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTAt < 2:55366/140‑1 (MQ=255)
ttgttgGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATg > 2:93128/1‑140 (MQ=255)
ttgGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTAc > 1:522926/1‑140 (MQ=255)
gtgtTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTgg < 2:442347/140‑1 (MQ=255)
gTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGAt < 1:65504/140‑1 (MQ=255)
gCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGCACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTgg < 1:511627/140‑1 (MQ=255)
tGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCt < 1:392850/140‑1 (MQ=255)
cgccgGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCa < 1:93128/140‑1 (MQ=255)
gccgGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCAt > 2:179492/1‑140 (MQ=255)
gCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGt < 1:298290/140‑1 (MQ=255)
agTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAAcacg < 1:484744/140‑1 (MQ=255)
agTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAAcacg < 2:243742/140‑1 (MQ=255)
ggTACGGGTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGTAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAAc < 1:45076/140‑1 (MQ=255)
ggTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTg < 2:522926/140‑1 (MQ=255)
gTAATGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGt < 2:373486/140‑1 (MQ=255)
aTGGCATGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCg < 2:255027/140‑1 (MQ=255)
|
TGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCG > NC_000913/2449060‑2449328
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
