Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F28 I1 R1
|
224 |
87.5 |
2960670 |
99.3% |
2939945 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,456,803 |
(C)6→7 |
coding (427/1953 nt) |
gspD → |
Type II secretion system protein GspD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,456,797 | 1 | . | C | 99.0%
| 327.8
/ ‑3.9
| 98 | coding (421/1953 nt) | gspD | Type II secretion system protein GspD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (38/59); total (38/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
ATGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑C‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAG > NC_000913/3456660‑3456922
|
aTGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGA‑TGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cc < 2:1474892/140‑1 (MQ=255)
tGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cc > 1:688909/1‑140 (MQ=255)
tGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cc > 2:544959/1‑140 (MQ=255)
tGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cc > 2:74152/1‑140 (MQ=255)
tGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cc > 1:161088/1‑140 (MQ=255)
tGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cc > 1:1210222/1‑140 (MQ=255)
ttCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTTG‑c‑cccccct > 2:930313/1‑138 (MQ=255)
ttCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cccccct > 2:672207/1‑138 (MQ=255)
ttCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cccccct > 1:1306895/1‑138 (MQ=255)
ttCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cccccct > 1:834224/1‑138 (MQ=255)
ttCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cccccct > 1:841775/1‑138 (MQ=255)
tCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cccccctg < 1:1328194/140‑4 (MQ=255)
tGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cccccctgct < 2:945848/140‑6 (MQ=255)
aGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGc < 1:5504/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAgat > 2:440274/1‑140 (MQ=255)
ttCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAgat > 2:460411/1‑140 (MQ=255)
ttCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAgat > 1:869637/1‑140 (MQ=255)
ttCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑c‑cccccctg < 2:880632/129‑4 (MQ=255)
cGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAgatga < 2:297266/140‑1 (MQ=255)
cGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAgatga < 1:627457/140‑1 (MQ=255)
cGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAgatga < 2:262097/140‑1 (MQ=255)
cGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAgatga < 2:567328/140‑1 (MQ=255)
gCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAgatgat > 1:1408454/1‑140 (MQ=255)
gCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAgatgat > 1:1206332/1‑140 (MQ=255)
gCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAgatgat > 1:862687/1‑140 (MQ=255)
aGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATgatggat < 2:834224/140‑1 (MQ=255)
cTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGc > 2:1322034/1‑140 (MQ=255)
cTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACATTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGc > 2:644557/1‑140 (MQ=255)
aTGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCggg > 2:50419/1‑140 (MQ=255)
tGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGt < 1:803465/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:246364/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:654768/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 1:544959/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:688909/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:1210222/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:1206332/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:775338/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGc < 2:862687/140‑1 (MQ=255)
aaaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑CTCCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGt < 2:664084/140‑1 (MQ=255)
aaCATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTc > 1:1418242/1‑140 (MQ=255)
cATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCgg < 1:1322034/140‑1 (MQ=255)
aTCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACG‑TCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTa < 1:828456/140‑1 (MQ=255)
tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGt < 1:1215275/130‑1 (MQ=255)
tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGt > 2:1215275/1‑130 (MQ=255)
tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAg > 1:124351/1‑132 (MQ=255)
tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAg < 2:124351/132‑1 (MQ=255)
tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAg < 2:548601/132‑1 (MQ=255)
tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTa < 2:734181/140‑1 (MQ=255)
tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTa < 1:999868/140‑1 (MQ=255)
tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTa < 2:869637/140‑1 (MQ=255)
tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTa > 2:138286/1‑140 (MQ=255)
tCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTa < 1:704030/140‑1 (MQ=255)
cGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATgatggatg < 2:1297577/124‑1 (MQ=255)
cGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTa < 1:896908/139‑1 (MQ=255)
cGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTa > 2:896908/1‑139 (MQ=255)
cGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGATGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTaa > 2:1254675/1‑140 (MQ=255)
ccAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtg < 2:1216470/140‑1 (MQ=255)
ccAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACATTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtg < 1:644557/140‑1 (MQ=255)
cAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgt < 2:1230173/140‑1 (MQ=255)
aGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgtt < 2:1408454/140‑1 (MQ=255)
ggATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAAtgttgt < 2:161088/140‑1 (MQ=255)
atgatTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGc < 1:440274/140‑1 (MQ=255)
tgatTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTC‑‑TAATGTTGTGCAtt < 2:1418242/140‑1 (MQ=255)
gCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGCCCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATg < 1:1254675/140‑1 (MQ=255)
tGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGaa < 1:138286/140‑1 (MQ=255)
tGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGaa > 2:403847/1‑140 (MQ=255)
aCAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAAcc < 2:160136/140‑1 (MQ=255)
ttCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTcc > 2:496311/1‑140 (MQ=255)
ctcGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCaa < 1:50419/140‑1 (MQ=255)
ctcGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCaa < 1:672207/140‑1 (MQ=255)
tcGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAAc > 1:1144547/1‑140 (MQ=255)
cGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACg < 2:609605/140‑1 (MQ=255)
cAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCt > 1:2529/1‑140 (MQ=255)
cGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTAtt < 1:460411/140‑1 (MQ=255)
ggTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGa > 2:722368/1‑140 (MQ=255)
ggTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGa < 1:722368/140‑1 (MQ=255)
gTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGAc < 1:1358444/140‑1 (MQ=255)
gTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGAc > 2:1358444/1‑140 (MQ=255)
gTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGAc < 2:448725/140‑1 (MQ=255)
tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt > 2:107370/1‑140 (MQ=255)
tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt > 1:240736/1‑140 (MQ=255)
tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt < 2:746700/140‑1 (MQ=255)
tgaGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt < 2:1144547/140‑1 (MQ=255)
ttGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTg > 1:878549/1‑140 (MQ=255)
ggTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt > 2:601614/1‑134 (MQ=255)
ggTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGt < 1:601614/134‑1 (MQ=255)
ggTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGcc > 1:510712/1‑140 (MQ=255)
gTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCt < 1:107370/140‑1 (MQ=255)
tACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATtaataa > 2:673825/1‑140 (MQ=255)
ccGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAAc < 2:70534/140‑1 (MQ=255)
ccGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAAc > 2:261771/1‑140 (MQ=255)
cTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGa > 2:1118661/1‑140 (MQ=255)
ttGAGAACGTCCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGAt < 2:801628/140‑1 (MQ=255)
gagaACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTg < 2:510712/140‑1 (MQ=255)
gagaACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTg < 2:878549/140‑1 (MQ=255)
gagaACGTTCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTg > 1:99840/1‑140 (MQ=255)
ttCCTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCAt > 1:1096704/1‑140 (MQ=255)
cTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATaaa < 2:1096704/140‑1 (MQ=255)
cTGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATaaa < 1:261771/140‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGACCTGGCC‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAg < 2:240736/140‑1 (MQ=255)
|
ATGGTTTTCTGAAAGTGGTTCGCTCAGCTAATGTAAAAACATCGCCAGGGATGATTGCTGACAGTTCTCGTCCAGGCGTAGGTGATGAGTTGGTCACCCGAATTGTACCGCTTGAGAACGTTCCTGCTCGTGACCTGG‑C‑CCCCCTGCTCCGCCAGATGATGGATGCGGGTAGCGTCGGTAATGTTGTGCATTATGAACCCTCCAACGTTCTTATTCTGACCGGTCGTGCCTCCACCATTAATAAACTGATTGAAGTCATAAAG > NC_000913/3456660‑3456922
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
