Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I1 R1 120 93.5 3664254 88.3% 3235536 136.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 1,428,654 G→A L25M (CTC→TTG)  insH‑5 ← Rac prophage; IS5 transposase and trans‑activator

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009131,428,6540GA100.0% 114.0 / NA 36L25M (CTC→TTG) insH‑5Rac prophage; IS5 transposase and trans‑activator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (16/20);  total (16/20)

CGGTCATATTCTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGAGAGGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAACTTGTTC  >  NC_000913/1428612‑1428785
                                          |                                                                                                                                   
ccaccATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTcc                                      <  1:629305/134‑1 (MQ=14)
ccaccATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTcc                                      <  1:1482034/134‑1 (MQ=14)
 caccATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCg                                     <  1:1151883/135‑1 (MQ=17)
 caccATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCg                                     <  1:1572211/135‑1 (MQ=17)
 caccATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCg                                     <  2:1115191/135‑1 (MQ=17)
  accATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCgg                                    <  2:236060/136‑1 (MQ=17)
    cATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCGCTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGAt                                  <  2:1311723/138‑1 (MQ=17)
    cATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGAt                                  <  2:1692711/138‑1 (MQ=255)
      tgttttGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGa                                <  2:1379644/133‑1 (MQ=255)
       gttttGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGaa                               <  1:1715301/134‑1 (MQ=255)
       gttttGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGaa                               <  1:574695/134‑1 (MQ=255)
        ttttGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCg                                     >  1:292567/4‑131 (MQ=255)
        ttttGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCg                                     <  2:292567/128‑1 (MQ=255)
         tttGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAata                             <  2:26999/136‑1 (MQ=255)
          ttGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAatat                            >  1:755634/2‑138 (MQ=255)
           tGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATatg                           <  1:624743/138‑1 (MQ=255)
           tGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATAAATatg                           >  2:10690/1‑138 (MQ=255)
             ccATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATatgat                         >  2:216856/1‑138 (MQ=255)
               aTGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATAtgatga                       >  1:673931/1‑138 (MQ=255)
                 ggCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGAtc                     <  1:1022566/138‑1 (MQ=255)
                   cAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGAtctc                   >  2:464570/1‑138 (MQ=255)
                   cAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGAtctc                   >  1:1327876/1‑138 (MQ=255)
                   cAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGAtctc                   >  2:1606768/1‑138 (MQ=255)
                              ccATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCa             <  1:480903/133‑1 (MQ=255)
                              ccATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCa             >  2:480903/1‑133 (MQ=255)
                              ccATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAgg           >  2:1157904/1‑135 (MQ=255)
                              ccATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAgg           <  1:1157904/135‑1 (MQ=255)
                              ccATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAAc        >  1:1031923/1‑138 (MQ=255)
                              ccATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCCGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGAtc                     >  2:804828/1‑125 (MQ=255)
                              ccATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCAGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGAtc                     <  1:804828/125‑1 (MQ=255)
                                aTGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAACtt      <  2:789860/138‑1 (MQ=255)
                                 tGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAACTTg     <  1:464570/138‑1 (MQ=255)
                                  gCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAACTTGt    >  2:1450356/1‑138 (MQ=255)
                                  gCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAACTTGt    >  1:300823/1‑138 (MQ=255)
                                   cGGGACAAGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAACTTGtt   >  1:769142/1‑138 (MQ=255)
                                    gggACAAGAAAATCTCTTTTCGGGACTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGGGTGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGTTGAATATGATGATCTCATATCAGCAACTTGTTc  >  2:1722721/1‑138 (MQ=25)
                                          |                                                                                                                                   
CGGTCATATTCTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGAGAGGAAAATCTCTTTTCGGGTCTGACGGCGCTTAGTGCTGAATTCACTATCGGCGAAGGTGAGTTGATGGCTCATGATGTCCCTCTGGGATGCGCTCCGGATGAATATGATGATCTCATATCAGGAACTTGTTC  >  NC_000913/1428612‑1428785

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A