Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F28 I1 R1
|
120 |
93.5 |
3664254 |
88.3% |
3235536 |
136.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,471,131 |
A→G |
pseudogene (613/3495 nt) |
ydbA → |
putative outer membrane protein, N‑terminal fragment |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,471,131 | 0 | A | G | 98.0%
| 526.4
/ ‑2.0
| 147 | pseudogene (613/3495 nt) | ydbA | putative outer membrane protein, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (83/61); total (84/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCAATGTTGGTACTGG > NC_000913/1471000‑1471264
|
gTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTa > 2:1766435/1‑138 (MQ=255)
gTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTa < 2:66380/138‑1 (MQ=255)
gTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTa > 1:530024/1‑138 (MQ=255)
aCTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAAc > 1:1782353/1‑138 (MQ=255)
cTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAAcc > 1:1640078/1‑138 (MQ=255)
cTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAAcc < 2:1243440/138‑1 (MQ=255)
taGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGaaaaaaa > 2:67941/1‑138 (MQ=255)
gtggtgCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATg < 1:131724/138‑1 (MQ=255)
tggtgCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATgg < 1:1160954/138‑1 (MQ=255)
tggtgCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGCATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATgg < 2:1664227/138‑1 (MQ=255)
gtgCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTa > 2:1254055/1‑138 (MQ=255)
gtgCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTa > 1:1738634/1‑138 (MQ=255)
gCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAAt > 1:1285446/1‑138 (MQ=255)
gCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAAt > 1:40874/1‑138 (MQ=255)
gCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAAt > 1:262610/1‑138 (MQ=255)
gCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAAt > 2:1391423/1‑138 (MQ=255)
gCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAACAATAGAGTTATTAACCAGGTGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAAt > 2:1087174/1‑138 (MQ=255)
cAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAAtt > 2:226081/1‑138 (MQ=255)
aGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAAt < 1:124160/130‑1 (MQ=255)
aGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTa > 2:48485/1‑138 (MQ=255)
aGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTa > 1:1160159/1‑138 (MQ=255)
gggAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCg > 2:764979/1‑121 (MQ=255)
gggAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCg < 1:764979/121‑1 (MQ=255)
gggAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTAt > 1:73709/1‑138 (MQ=255)
gggAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTAt > 2:160250/1‑138 (MQ=255)
aaaaaTGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGAc > 2:810521/1‑138 (MQ=255)
aaaTGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAAt > 2:709698/1‑124 (MQ=255)
aaaTGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGa > 1:315041/1‑138 (MQ=255)
cAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTc < 2:1806171/138‑1 (MQ=255)
cAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTc < 2:1685505/138‑1 (MQ=255)
aCAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTg < 2:1532509/138‑1 (MQ=255)
aCAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTg < 1:829586/138‑1 (MQ=255)
gCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGgca > 1:1344993/1‑138 (MQ=255)
aaTTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGgcagc < 1:67941/138‑1 (MQ=255)
ttGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTg < 1:338474/138‑1 (MQ=255)
gtgtTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGa > 1:670394/1‑138 (MQ=255)
gtTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGCGATg < 2:1813515/138‑1 (MQ=255)
ataACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGAt < 2:342142/134‑1 (MQ=255)
ataACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGAt > 1:342142/1‑134 (MQ=255)
aaCTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGt < 2:1608402/138‑1 (MQ=255)
aaCTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGt < 1:453222/138‑1 (MQ=255)
cTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGttt < 2:1281225/138‑1 (MQ=255)
cTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGttt < 1:441060/138‑1 (MQ=255)
cTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACACGGGGTGGGATGGCTGttt < 2:430036/138‑1 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACATTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGa > 2:1660863/1‑138 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGttt < 1:1613421/134‑1 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGt > 2:483746/1‑132 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATg < 2:145347/137‑1 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATg > 1:145347/1‑137 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGa > 2:34519/1‑138 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGa > 1:1428416/1‑138 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGa > 2:909162/1‑138 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGa > 1:892128/1‑138 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGa > 2:1394105/1‑138 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGa > 2:1477644/1‑138 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGa > 2:778521/1‑138 (MQ=255)
ttATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCAAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGa > 1:1258673/1‑138 (MQ=255)
tataACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAg < 1:1828384/138‑1 (MQ=255)
tataACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAg < 2:130674/138‑1 (MQ=255)
tataACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAg < 1:875530/138‑1 (MQ=255)
tataACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAACACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAg < 2:525070/138‑1 (MQ=255)
ataACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATg > 1:1031914/1‑125 (MQ=255)
ataACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGc > 2:1698936/1‑138 (MQ=255)
cGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATgg < 1:710416/138‑1 (MQ=255)
cGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATgg < 2:315041/138‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTAc > 1:601691/1‑136 (MQ=255)
gcgcAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTAc < 2:601691/136‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTg > 2:1062084/1‑138 (MQ=255)
gcgcAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTg > 1:397266/1‑138 (MQ=255)
gcgcAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTg > 1:24704/1‑138 (MQ=255)
gcAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCt > 1:1207557/1‑138 (MQ=255)
aGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTAt < 1:1062084/138‑1 (MQ=255)
ggcCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCa < 2:530024/138‑1 (MQ=255)
gcCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAg < 2:892128/138‑1 (MQ=255)
cTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGAc < 2:1428416/138‑1 (MQ=255)
cTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGAc > 2:425044/1‑138 (MQ=255)
aTGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAg > 2:851051/1‑134 (MQ=255)
aTGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACgg > 2:185277/1‑138 (MQ=255)
aTGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACgg > 1:678595/1‑138 (MQ=255)
aTGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACgg > 2:1460962/1‑138 (MQ=255)
tGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACggg < 1:1460962/138‑1 (MQ=255)
tGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACggg < 2:1149351/138‑1 (MQ=255)
gcgcCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGgtg < 2:1207557/138‑1 (MQ=255)
gcCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGtt < 1:991594/138‑1 (MQ=255)
gCAATACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatca > 2:1704541/1‑138 (MQ=255)
aaTACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaat < 1:1689939/138‑1 (MQ=255)
aTACAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaata < 2:1160159/138‑1 (MQ=255)
cAGTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaatatca > 1:975055/1‑138 (MQ=255)
gTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGTGTGTTatcaatatcaat < 2:144950/138‑1 (MQ=255)
gTTATTAACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTatcaatatcaat < 2:262610/138‑1 (MQ=255)
taACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaata > 1:1772230/1‑128 (MQ=255)
taACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCAATGTTgg > 1:1314482/1‑138 (MQ=255)
taACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCAATGTTgg < 2:975055/138‑1 (MQ=255)
taACCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCT‑GCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCAATGTTggg > 1:538650/1‑137 (MQ=255)
aaCCAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCAATGTTGGt < 2:1640078/138‑1 (MQ=255)
ccAGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCAATGTTGGTAc > 2:1762710/1‑138 (MQ=255)
aGGGGGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATTAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCAATGTTGGTACTg < 1:100452/138‑1 (MQ=255)
ggggGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaata < 1:803675/122‑1 (MQ=255)
ggggGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaata > 2:803675/1‑122 (MQ=255)
ggggGCGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCAATGTTGGTACTgg < 1:718807/138‑1 (MQ=255)
|
GTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATCAATGTTGGTACTGG > NC_000913/1471000‑1471264
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
