Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F28 I1 R1
|
120 |
93.5 |
3664254 |
88.3% |
3235536 |
136.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,594,256 |
(C)8→7 |
pseudogene (3831/5422 nt) |
yneO ← |
AIDA‑I family autotransporter YneO |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,594,249 | 0 | C | . | 99.1%
| 497.2
/ ‑3.1
| 115 | pseudogene (3838/5422 nt) | yneO | AIDA‑I family autotransporter YneO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (61/53); minor base G (1/0); total (62/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTG > NC_000913/1594113‑1594379
|
gACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccc < 2:848048/138‑1 (MQ=255)
acGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccc < 2:847641/138‑1 (MQ=255)
gCAGTACCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccccccca < 1:955693/138‑2 (MQ=255)
aGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccccacg < 1:1068531/138‑4 (MQ=255)
gTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccccacga > 1:1490357/1‑134 (MQ=255)
ccccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATcc < 2:1490357/138‑1 (MQ=255)
cccccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCcg > 2:817793/1‑138 (MQ=255)
cccAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCcgtc > 2:1414971/1‑138 (MQ=255)
aTAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAA‑TTGCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCt > 1:1281327/1‑138 (MQ=255)
tatCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgccgc > 2:841252/1‑138 (MQ=255)
tatCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgccgc > 2:837625/1‑138 (MQ=255)
tatCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgccgc > 1:1623201/1‑138 (MQ=255)
tatCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgccgc > 2:1827368/1‑138 (MQ=255)
tatCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgccgc > 2:1711911/1‑138 (MQ=255)
tCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTCCCCTGATACGCCGCgg < 1:1715464/138‑1 (MQ=255)
tCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCgg < 1:1414971/138‑1 (MQ=255)
cAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgtt < 2:1386425/138‑1 (MQ=255)
aGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttg < 1:175474/138‑1 (MQ=255)
aGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttg > 2:658752/1‑138 (MQ=255)
gtggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgt > 2:1497893/1‑138 (MQ=255)
gtggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgt > 1:349540/1‑138 (MQ=255)
gtggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgt > 1:1071573/1‑138 (MQ=255)
gtggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgt > 1:1382046/1‑138 (MQ=255)
tggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt < 1:1365478/138‑1 (MQ=255)
tggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt > 2:1228626/1‑138 (MQ=255)
gtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTaa > 1:1659349/1‑138 (MQ=255)
gACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAaga < 1:1773906/138‑1 (MQ=255)
aCATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAagag > 1:1004296/1‑138 (MQ=255)
aCATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAagag > 1:792486/1‑138 (MQ=255)
aTTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTc < 1:184083/138‑1 (MQ=255)
aTTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTc > 2:9251/1‑138 (MQ=255)
aTTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTc < 1:837625/138‑1 (MQ=255)
cccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGa > 1:922755/1‑138 (MQ=255)
ccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGAt < 2:1659349/138‑1 (MQ=255)
ccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGAt < 2:349540/138‑1 (MQ=255)
gACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAaga > 1:1660136/1‑128 (MQ=255)
gACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAaga < 2:1660136/128‑1 (MQ=255)
gACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATcc < 2:1281327/138‑1 (MQ=255)
cATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCg > 1:570305/1‑138 (MQ=255)
tCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGt < 1:658752/138‑1 (MQ=255)
cccGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAccc < 2:183684/137‑1 (MQ=255)
ccGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTGCCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCa > 1:1681384/1‑138 (MQ=255)
gTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtttt > 2:543896/1‑138 (MQ=255)
gTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtttt < 2:922755/138‑1 (MQ=255)
gTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtttt > 2:1202907/1‑138 (MQ=255)
ttATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTg > 1:730581/1‑138 (MQ=255)
aTGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTc < 2:1695113/138‑1 (MQ=255)
aTGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTc > 1:1349154/1‑138 (MQ=255)
ggATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTcac < 2:689718/138‑1 (MQ=255)
ttAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCac < 1:1580324/138‑1 (MQ=255)
ttAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCac < 1:1228626/138‑1 (MQ=255)
ttAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCac > 2:1580324/1‑138 (MQ=255)
tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTc > 2:1211327/1‑130 (MQ=255)
tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTc < 1:1211327/130‑1 (MQ=255)
tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCACGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 1:1252658/1‑138 (MQ=255)
tAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCCGAACCGAAAGCACTGTCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTGTTGTCACATCac < 2:14515/138‑1 (MQ=255)
aaTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTGCCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccg < 2:1681384/138‑1 (MQ=255)
aaTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccg < 2:393872/138‑1 (MQ=255)
aaTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccg < 1:438261/138‑1 (MQ=255)
aaTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccg < 1:841252/138‑1 (MQ=255)
aTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgc > 1:1056948/1‑138 (MQ=255)
aTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgc > 2:1766881/1‑138 (MQ=255)
aTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgc > 1:634684/1‑138 (MQ=255)
aTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgc > 1:877498/1‑138 (MQ=255)
aTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgc > 1:218693/1‑138 (MQ=255)
tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:634684/138‑1 (MQ=255)
tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:877498/138‑1 (MQ=255)
tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:1217062/138‑1 (MQ=255)
tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 2:1798249/138‑1 (MQ=255)
tgtgTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 1:9251/138‑1 (MQ=255)
ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccg > 2:464030/1‑138 (MQ=255)
ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccg > 1:496803/1‑138 (MQ=255)
gACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCGCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccgct < 1:1597073/138‑1 (MQ=255)
gACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccgct > 2:901406/1‑138 (MQ=255)
gACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc > 2:1711859/1‑129 (MQ=255)
gACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCacc < 1:1711859/129‑1 (MQ=255)
cTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGa < 2:1382046/138‑1 (MQ=255)
atatTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccg < 2:1101652/122‑1 (MQ=255)
atatTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccg > 1:1101652/1‑122 (MQ=255)
atTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGc > 2:1382030/1‑138 (MQ=255)
tGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCAt < 1:1240855/138‑1 (MQ=255)
tGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCAt < 1:1711911/138‑1 (MQ=255)
cAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGc > 2:324136/1‑138 (MQ=255)
cAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGc > 1:1607926/1‑138 (MQ=255)
gTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAg > 1:504455/1‑138 (MQ=255)
gTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAg < 1:83077/138‑1 (MQ=255)
tCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTTACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCAt > 2:1830308/1‑130 (MQ=255)
tCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCAt > 2:551914/1‑130 (MQ=255)
tCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCAt < 1:1830308/130‑1 (MQ=255)
tCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCg < 2:125637/132‑1 (MQ=255)
tCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGc > 1:631996/1‑138 (MQ=255)
tCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGc > 2:540413/1‑138 (MQ=255)
ggAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTa < 2:1349154/138‑1 (MQ=255)
ggAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTa < 2:1610122/138‑1 (MQ=255)
ggAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTa < 2:792486/138‑1 (MQ=255)
ggAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTa < 2:218693/138‑1 (MQ=255)
aCCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGc < 2:1056948/138‑1 (MQ=255)
aCCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGc < 2:1004296/138‑1 (MQ=255)
cGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTc < 2:1688933/138‑1 (MQ=255)
aGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTg > 1:259246/1‑138 (MQ=255)
|
CGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTG > NC_000913/1594113‑1594379
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
