Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F28 I1 R1
|
191 |
83.5 |
2830284 |
99.3% |
2810472 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,270,481 |
T→C |
noncoding (112/377 nt) |
rnpB ← |
RNase P catalytic RNA component |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,270,481 | 0 | T | C | 95.0%
| 124.8
/ ‑1.5
| 40 | noncoding (112/377 nt) | rnpB | RNase P catalytic RNA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (8/30); total (9/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.04e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.41e-01 |
CTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑TCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTT > NC_000913/3270347‑3270612
|
cTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTTTTTCACT‑GGTCGT‑GGGGT‑Tccccc > 2:398900/1‑140 (MQ=255)
ccGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑cccccccc < 2:1334220/140‑1 (MQ=255)
ggTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCCCT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCCgg > 1:146181/1‑140 (MQ=255)
ggAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑TCCCCCCCAGGCGt < 1:316442/140‑1 (MQ=255)
gAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGtt < 1:1184883/140‑1 (MQ=255)
tACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTg < 1:656213/140‑1 (MQ=255)
tACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTg < 2:435987/140‑1 (MQ=255)
acaggTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTg < 1:441342/136‑1 (MQ=255)
cGTGCCACGGACTGTTGCCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCa < 2:319730/140‑1 (MQ=255)
cGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGCT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCa < 2:648585/140‑1 (MQ=255)
tGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCAcc < 2:846566/140‑1 (MQ=255)
tGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCAcc < 1:300383/140‑1 (MQ=255)
gCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGTGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTTCTCTCTGTTTCACT‑TGTCGT‑GGGGT‑TCCCCCCCCCGCGGTTCCCCGCAccc > 1:99589/1‑140 (MQ=255)
gCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGTTCTCCTTTGTCCTGGGTCGG‑GGTTT‑TCCCCCCCA‑GCGTTTCCCGGGAccc > 2:316442/1‑140 (MQ=255)
cACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTg < 2:873110/140‑1 (MQ=255)
tGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTTTTTCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCCGGCGGTACCTGGCACCCCGcccccgt > 2:441342/1‑136 (MQ=255)
cgcgcgGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGGT‑CCCCCCCCCGGCGTTTCCTGGCCCCCCCCCCCATGGAG‑ccccggc > 2:745235/1‑136 (MQ=255)
ggTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTtcc < 1:12566/140‑1 (MQ=255)
aCCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGcc < 1:459187/140‑1 (MQ=255)
ccGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGCACT‑GGTCGT‑GGGGT‑CCCCCCCCCGGCGGTACCTGGCACCCCGCCCTATGGAG‑CCCCGACTTTCCTCcccccccccc > 2:131389/1‑140 (MQ=255)
aCCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTTTCTTCTGCCCT‑GGCCGTGGGGGC‑CCCCCCCCCGGCGCTACCTTGCACCCCCCCCTTTGTTG‑CCCCGGCTTTccccccccccccccccc > 2:115565/1‑137 (MQ=255)
cTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGGTCTCTTTTGCCCT‑GGTCCG‑GGGGT‑CCCCCCCCCCGCGGTACCTCGCGCCCCGCCCCATGGAG‑GCCCGCCCTTccccccccccccccccccccc > 2:1302220/1‑133 (MQ=255)
cTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTccc < 2:1151682/140‑1 (MQ=255)
cTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTccc < 1:413547/140‑1 (MQ=255)
tttCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTcccc < 2:581264/140‑1 (MQ=255)
tCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCg < 1:1046055/140‑1 (MQ=255)
cTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGgacga < 2:1328522/140‑1 (MQ=255)
tCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGTGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGgacgacgac > 1:734710/1‑140 (MQ=255)
tCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGgacgacgac < 1:860764/140‑1 (MQ=255)
ccGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTTTTGCACT‑GGTCGT‑GGGGT‑CCCCCCCCCGGCGTTTCCTGGCCCCCCGCCCCATGGAG‑CCCGGGCTTTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAGAGGAcgacgacga > 2:739286/1‑140 (MQ=255)
gCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTTTTTCCCC‑GGGCCT‑GGGGT‑CCCCCCCCCCGCGTTACCCTGCACCCCCCCCCCTTGAGCCCCGCCCTTTCCCCCCCCCCCCCCG‑CCCCCCCCCAGAGgacgacgacccaa > 2:669086/1‑136 (MQ=255)
gCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTTTTGCACC‑GGTCGT‑GGGGT‑CCCCCCCCCCGCGGTACCCGGCACCCCGCCCTCTTGAG‑CCCGGGCTTTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCAAGAGGgcgccgacggaa > 2:723625/1‑137 (MQ=255)
gCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAg < 1:754500/140‑1 (MQ=255)
cTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGGT‑TCCCCCCCCCGCGGTTCCCGGCACCCCGCCCCATGGGG‑CCCGGGCTTTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCAGAGGACGCCGGCGaaac > 2:848575/1‑138 (MQ=255)
ttGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGGT‑CCCCCCCCCGGCGGTACCTGGCACCCCGCCCCATGGAG‑CCCGGGCTTTCCTCCCCTCCCCCCCCCTCCCCCCCAGAGGGCGACGACGAAgcg > 2:754500/1‑140 (MQ=255)
cgcgGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTTCACT‑GGGCGG‑GGGGT‑CCCCCCCCCGGCGGTACCTGGGACCCCCCCCCATGGAG‑CCCGGGCTTTCCTCCCCCCCCCCCCTCTCCCCCCCAGAGGGGGACGACGAAgcggcg > 2:274094/1‑140 (MQ=255)
cgcgGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGGT‑CCCCCCCCCGGCGGTACCCGGCACCCCGCCCCATGGAG‑CCCCGCCTTTCCTCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCACAGGGCCACGCCGAAgcggcg > 2:1357623/1‑140 (MQ=255)
gCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGt < 1:739286/140‑1 (MQ=255)
ggcggTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTc < 1:1183980/140‑1 (MQ=255)
tGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCg < 1:274094/140‑1 (MQ=255)
ctctctGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgc < 2:137476/140‑1 (MQ=255)
tctctGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcg < 1:658323/140‑1 (MQ=255)
tctctGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcg < 2:1078767/140‑1 (MQ=255)
tctGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcg < 1:1302220/140‑1 (MQ=255)
tctGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcg < 2:833327/140‑1 (MQ=255)
ctGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcgc < 1:131389/140‑1 (MQ=255)
ctGTTGCACC‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcgc < 2:258365/140‑1 (MQ=255)
tGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTTCCCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGgcgcgc < 1:115565/140‑1 (MQ=255)
tGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCa < 2:99589/140‑1 (MQ=255)
gTCGT‑GGGTT‑TCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAggg > 2:770280/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAggg > 2:67518/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAggg > 2:839022/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAggg > 2:1101078/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAggg > 1:1234960/1‑140 (MQ=255)
gTCGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAggg > 2:975037/1‑140 (MQ=255)
cGT‑GGGTT‑CCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGtt > 1:207671/1‑140 (MQ=255)
|
CTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGTCGT‑GGGTT‑TCCCCCCCAGGCGTTACCTGGCACCCTGCCCTATGGAG‑CCCGGACTTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTATAGAGGGTT > NC_000913/3270347‑3270612
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A