Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F28 I1 R1
|
191 |
83.5 |
2830284 |
99.3% |
2810472 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,024,847 |
Δ1 bp |
intergenic (‑26/‑141) |
rfaH ← / → ubiD |
transcription antiterminator RfaH/3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate decarboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,024,844 | 0 | G | . | 100.0%
| 414.9
/ NA
| 95 | intergenic (‑23/‑144) | rfaH/ubiD | transcription antiterminator RfaH/3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (46/49); total (46/49) |
CACGATTTTTTCCAGGGTGATCATCGGTGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATCGGGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGATTAAG > NC_000913/4024705‑4024979
|
cacgATTTTTTCCAGGGTGATCATCGGTGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAAGCg < 2:1340636/140‑1 (MQ=255)
cgATTTTTTCCAGGGTGATCATCGGTGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATCggg < 1:1215512/140‑1 (MQ=255)
aTTTTTTCCAGGGTGATCATCGGTGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATCgggcg < 1:119306/140‑3 (MQ=255)
aTTTTTTCCAGGGTGATCATCGGTGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATCgggcg < 2:447375/140‑3 (MQ=255)
ttttttCCAGGGTGATCATCGGTGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCTAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATCgggcgc < 2:859967/140‑4 (MQ=255)
gTGATCATCGGTGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCaa < 2:1089307/140‑1 (MQ=255)
ggTGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTAc < 2:1387942/140‑1 (MQ=255)
gTGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACg < 2:980398/140‑1 (MQ=255)
tGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGc > 2:572086/1‑140 (MQ=255)
gCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCt < 2:983512/140‑1 (MQ=255)
gCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCt < 2:332662/140‑1 (MQ=255)
ccAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTa < 1:230879/140‑1 (MQ=255)
ccAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTa > 1:986064/1‑140 (MQ=255)
aGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAg > 2:1275126/1‑140 (MQ=255)
ggCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCt > 2:351687/1‑136 (MQ=255)
ggCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCt < 1:351687/136‑1 (MQ=255)
ggCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGt > 1:1262624/1‑140 (MQ=255)
ggCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGt < 1:604693/140‑1 (MQ=255)
gCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGtt > 1:1142783/1‑140 (MQ=255)
ttCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGt > 2:649906/1‑135 (MQ=255)
ttCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGt < 1:649906/135‑1 (MQ=255)
ttCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAAtt > 2:333648/1‑140 (MQ=255)
ttCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAAtt > 2:1334365/1‑140 (MQ=255)
cacaGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATtat < 1:1275126/140‑1 (MQ=255)
gCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTc < 1:1067582/140‑1 (MQ=255)
ccTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTcc < 1:453722/140‑1 (MQ=255)
gTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTaa > 1:991328/1‑123 (MQ=255)
gTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTaa < 2:991328/123‑1 (MQ=255)
gTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCg > 1:1043528/1‑140 (MQ=255)
cTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGt < 2:1142783/140‑1 (MQ=255)
tttCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGtt < 2:1395313/140‑1 (MQ=255)
tCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTg > 1:56800/1‑140 (MQ=255)
tCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTg > 1:1374803/1‑140 (MQ=255)
gAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCg > 2:307834/1‑140 (MQ=255)
aGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGt < 2:1287230/140‑1 (MQ=255)
aGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGt < 1:987018/140‑1 (MQ=255)
ttCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGt > 1:965708/1‑129 (MQ=255)
ttCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGt < 2:965708/129‑1 (MQ=255)
ttCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATAc < 2:1374803/140‑1 (MQ=255)
ccTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCg > 1:18910/1‑140 (MQ=255)
gggCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCa < 1:1125786/140‑1 (MQ=255)
cACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCagag > 2:244160/1‑140 (MQ=255)
cGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGtt < 1:193740/140‑1 (MQ=255)
gTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGt < 1:944496/138‑1 (MQ=255)
gTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGt > 2:944496/1‑138 (MQ=255)
gTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTc > 1:967658/1‑140 (MQ=255)
gTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTc > 2:859943/1‑140 (MQ=255)
gCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAAtt > 1:857692/1‑140 (MQ=255)
tacagtaAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAg < 2:230744/140‑1 (MQ=255)
cagtaAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCa < 2:857692/140‑1 (MQ=255)
taAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCg > 1:177946/1‑140 (MQ=255)
taAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCg > 2:5106/1‑140 (MQ=255)
taAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCg > 1:1056333/1‑140 (MQ=255)
aaTACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCa > 2:316237/1‑140 (MQ=255)
aaTACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCa > 2:162426/1‑140 (MQ=255)
aaTACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCa < 2:1143098/140‑1 (MQ=255)
aCCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAg > 2:1261508/1‑140 (MQ=255)
aCCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAg > 1:1224084/1‑140 (MQ=255)
aCCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAg > 2:333746/1‑140 (MQ=255)
cAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGAt > 2:966277/1‑140 (MQ=255)
cAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGAt < 1:378939/140‑1 (MQ=255)
aGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATg > 1:325258/1‑140 (MQ=255)
aGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATg > 1:445425/1‑140 (MQ=255)
ggATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGa < 2:986064/140‑1 (MQ=255)
ggATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGa < 2:18910/140‑1 (MQ=255)
ggATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGa < 1:966277/140‑1 (MQ=255)
gATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGaa > 2:1058683/1‑140 (MQ=255)
gATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGaa > 2:644516/1‑140 (MQ=255)
gATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGaa < 1:333648/140‑1 (MQ=255)
gATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGaa > 2:1098028/1‑140 (MQ=255)
gATTGCATAACGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGaa < 2:1224084/140‑1 (MQ=255)
aTTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAAc < 2:1262624/140‑1 (MQ=255)
aTTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAAc < 2:1207762/140‑1 (MQ=255)
aTTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAAc < 2:617151/140‑1 (MQ=255)
aTTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAAc < 1:572086/140‑1 (MQ=255)
ttGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACg > 2:601863/1‑140 (MQ=255)
ttGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACg < 1:307834/140‑1 (MQ=255)
cATAATGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCg > 1:313077/1‑140 (MQ=255)
tGACTCTTATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATaa > 1:11441/1‑140 (MQ=255)
ttATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGgcg < 1:1101248/140‑1 (MQ=255)
ttATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGgcg < 1:361629/140‑1 (MQ=255)
ttATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGgcg < 2:1056333/140‑1 (MQ=255)
ttATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGgcg < 1:937699/140‑1 (MQ=255)
ttATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGgcg < 2:1019935/140‑1 (MQ=255)
ttATCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGgcg > 2:361629/1‑140 (MQ=255)
aTCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGaa > 2:61345/1‑122 (MQ=255)
aTCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGaa < 1:61345/122‑1 (MQ=255)
aTCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCa > 2:762953/1‑140 (MQ=255)
aTCCGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCa > 2:1326268/1‑140 (MQ=255)
cGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGAt < 1:316237/140‑1 (MQ=255)
cGTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGAt < 1:162426/140‑1 (MQ=255)
gTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATggg < 2:979938/132‑1 (MQ=255)
gTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATggg > 1:979938/1‑132 (MQ=255)
gTTTAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGAtt > 2:1284053/1‑140 (MQ=255)
ttAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGATTaa < 1:493313/140‑1 (MQ=255)
ttAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGATTaa < 2:56800/140‑1 (MQ=255)
ttAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGATTaa < 2:325258/140‑1 (MQ=255)
ttAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGATTaa > 2:24431/1‑140 (MQ=255)
ttAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGCCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGATTaa > 2:1166202/1‑140 (MQ=255)
tAATC‑GGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGATTAag < 2:1043528/140‑1 (MQ=255)
|
CACGATTTTTTCCAGGGTGATCATCGGTGCCAGGCAATTCACAGCCTGTCTTTCGAGGTGTTCCTGGGCACGTTGAAGTTGCCCGCGCTTGCAGTACAGTAAATACCAGGATTGCATAATGACTCTTATCCGTTTAATCGGGGCGCAAGGATAGCAAAAGCTTTACGCTAAGTTAATTATATTCCCCGGTTTGCGTTATACCGTCAGAGTTCACGCTAATTTAACAAATTTACAGCATCGCAAAGATGAACGCCGTATAATGGGCGCAGATTAAG > NC_000913/4024705‑4024979
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
