Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R1
|
163 |
52.9 |
1786516 |
99.3% |
1774010 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,802,756 |
(A)7→8 |
intergenic (‑186/‑338) |
thrS ← / → arpB |
threonine‑‑tRNA ligase/putative ankyrin repeat protein B, N‑terminal fragment |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,802,749 | 1 | . | A | 97.9%
| 162.1
/ ‑3.5
| 47 | intergenic (‑179/‑345) | thrS/arpB | threonine‑‑tRNA ligase/putative ankyrin repeat protein B, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base A (22/24); total (23/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
CAAAGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAG > NC_000913/1802616‑1802879
|
cAAAGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑aaaaaa < 2:449648/140‑1 (MQ=255)
aaGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑aaaaaaaa > 2:752767/1‑139 (MQ=255)
aGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑aaaaaaaag > 1:791804/1‑138 (MQ=255)
aGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑aaaaaaaag > 2:112461/1‑138 (MQ=255)
aGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTAATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑aaaaaaaag > 2:699799/1‑138 (MQ=255)
aaaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGT‑‑‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGAt > 2:287130/1‑140 (MQ=255)
aaTTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGgaga < 2:723843/140‑1 (MQ=255)
gTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGttt < 2:403911/140‑1 (MQ=255)
aTTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAAAGGAGGTTGGAACCTTTCGGtttacat > 1:551258/1‑136 (MQ=255)
aTTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCACAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTcaca > 2:363242/1‑140 (MQ=255)
aaCCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTgattc > 1:572507/1‑140 (MQ=255)
cATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTgattcgat > 1:697313/1‑140 (MQ=255)
tCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTgattcgattc > 2:656201/1‑140 (MQ=255)
tCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTgattcgattc > 2:760888/1‑140 (MQ=255)
gCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCaa < 2:697313/140‑1 (MQ=255)
gCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCaa < 1:334629/140‑1 (MQ=255)
caacaaATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAAtt < 2:791804/140‑1 (MQ=255)
caaATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGt > 2:445317/1‑140 (MQ=255)
aaTGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGttt < 2:131778/140‑1 (MQ=255)
aTGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGT‑‑‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 1:287130/140‑1 (MQ=255)
tGCTAAATTGGTTCACAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCTATTCGCAATTCGTTTGt < 1:363242/140‑1 (MQ=255)
gCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa < 2:113681/140‑1 (MQ=255)
gCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTa > 1:130683/1‑140 (MQ=255)
aaaTTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTg > 1:392232/1‑140 (MQ=255)
aaTTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGa > 2:469473/1‑140 (MQ=255)
aaTTGGTTC‑CCATCAAGTTCAACAAATGAAGAAAATTACCCTCCCCCCTCCCCCCCGGTTAACCAATTTTACCCCT‑AAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAg < 2:551258/140‑1 (MQ=255)
cAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCaaaa < 1:656201/140‑1 (MQ=255)
tAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCt < 1:469473/140‑1 (MQ=255)
c‑acaAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTa < 1:162159/140‑1 (MQ=255)
acaAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTaa > 2:93570/1‑140 (MQ=255)
aTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa < 1:752767/140‑1 (MQ=255)
aTGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaa > 1:389389/1‑140 (MQ=255)
gAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGaaca > 2:517871/1‑140 (MQ=255)
aCATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGa < 1:517871/140‑1 (MQ=255)
aCATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGa < 1:45153/140‑1 (MQ=255)
aCATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGa < 2:485035/140‑1 (MQ=255)
aTTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATa > 2:834794/1‑140 (MQ=255)
ttAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATaa > 1:77827/1‑140 (MQ=255)
aaCCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACa > 2:276723/1‑140 (MQ=255)
ccTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATc > 2:876919/1‑140 (MQ=255)
ctctCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCa < 1:445317/140‑1 (MQ=255)
ctcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACg > 1:215027/1‑140 (MQ=255)
ctcACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACg > 2:845130/1‑140 (MQ=255)
cACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGt > 1:716046/1‑140 (MQ=255)
aCCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTg < 1:112461/140‑1 (MQ=255)
aCCCGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGa < 1:699799/140‑1 (MQ=255)
ccGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGaaa < 2:215027/140‑1 (MQ=255)
ccGGTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGaaa < 2:872306/140‑1 (MQ=255)
gTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTg < 1:524872/128‑1 (MQ=255)
gTTGAGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTg > 2:524872/1‑128 (MQ=255)
aGCGATGTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTAc > 1:313984/1‑140 (MQ=255)
gTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAg < 1:876919/140‑1 (MQ=255)
gTTAACACTAAAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAg < 1:834794/140‑1 (MQ=255)
|
CAAAGAAAAATTTGTTTATTAACAGTTCATTGCGAAACCATCTAGCCAACAAATGCTAAATTGGTTCGCAATCAGGTAC‑ACAAATGAAAGACATTAACCTCTCACCTTCCACCCGGTTGAGCGATGTTAACACT‑AAAAAAAGGGAGATT‑GTACCTTTCCGTTTCACATTGATTCGATTCGCAATTCGTTTGTAGTGAGTACACCAGCAAAACGCTTAAAGAACAACTGATAACATCACGGTGCGTCTGAAAGGTTTACTGCGAG > NC_000913/1802616‑1802879
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
