Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R1
|
163 |
52.9 |
1786516 |
99.3% |
1774010 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,602,017 |
(C)7→8 |
coding (200/2019 nt) |
hyfB → |
hydrogenase 4 component B |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,602,010 | 1 | . | C | 96.1%
| 167.0
/ 0.1
| 51 | coding (193/2019 nt) | hyfB | hydrogenase 4 component B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (24/25); total (26/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.98e-01 |
TCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑C‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGAGGGCAAAGG > NC_000913/2601871‑2602146
|
tCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTg > 1:157791/1‑140 (MQ=255)
gCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTAGGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGGCCGTTTTG‑c‑ccc > 2:833877/1‑140 (MQ=255)
cTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑c‑cccc < 2:618337/140‑1 (MQ=255)
tttACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGaa > 2:298626/1‑140 (MQ=255)
cGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGcc > 2:79149/1‑140 (MQ=255)
aCAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAAc < 1:154648/140‑1 (MQ=255)
aGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAAccc < 1:501402/140‑1 (MQ=255)
aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 1:71427/1‑140 (MQ=255)
aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 1:405197/1‑140 (MQ=255)
aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 1:356477/1‑140 (MQ=255)
aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CTCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 1:34630/1‑140 (MQ=255)
gCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGaa < 1:275470/140‑1 (MQ=255)
cTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAt > 1:799172/1‑140 (MQ=255)
tAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGAt < 1:88880/140‑1 (MQ=255)
tttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCct > 2:793244/1‑140 (MQ=255)
ccGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCtctc < 2:157791/140‑1 (MQ=255)
acaTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTa < 1:298626/140‑1 (MQ=255)
acaTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTa < 2:734194/140‑1 (MQ=255)
acaTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTa < 2:792818/140‑1 (MQ=255)
caTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTAt > 2:48216/1‑140 (MQ=255)
gCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTg < 1:603659/140‑1 (MQ=255)
cTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGc < 1:663512/140‑1 (MQ=255)
gggCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGtt > 1:532217/1‑140 (MQ=255)
gcgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAtctc > 1:26878/1‑140 (MQ=255)
gcgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAtctc < 1:48216/140‑1 (MQ=255)
cgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTcc > 1:556652/1‑140 (MQ=255)
cgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTcc > 1:129679/1‑140 (MQ=255)
cgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑C‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCt > 1:211805/1‑140 (MQ=255)
cgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGCGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTcc > 2:841327/1‑140 (MQ=255)
catcatCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtg < 2:71427/140‑1 (MQ=255)
catcatCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtg < 2:799172/140‑1 (MQ=255)
atcatcAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtgg < 2:556652/140‑1 (MQ=255)
atcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtggtgg > 2:159649/1‑140 (MQ=255)
tcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTggtggtggt > 1:829313/1‑140 (MQ=255)
caGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGtt > 2:765482/1‑140 (MQ=255)
cGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt < 1:159649/140‑1 (MQ=255)
cGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt < 1:79149/140‑1 (MQ=255)
aTTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt > 1:645563/1‑136 (MQ=255)
aTTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt < 2:645563/136‑1 (MQ=255)
aTTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctc < 2:829313/140‑1 (MQ=255)
tACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctctc < 2:26878/140‑1 (MQ=255)
aCGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTctctct < 2:187418/140‑1 (MQ=255)
aaTTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTc < 2:532217/140‑1 (MQ=255)
aTTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCa < 2:129679/140‑1 (MQ=255)
tGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACt > 1:240271/1‑140 (MQ=255)
tGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTtat > 1:473995/1‑140 (MQ=255)
gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat > 2:546480/1‑140 (MQ=255)
gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat < 2:240271/140‑1 (MQ=255)
gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat > 1:281440/1‑140 (MQ=255)
gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat > 1:342257/1‑140 (MQ=255)
aGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAc > 2:852677/1‑140 (MQ=255)
aGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAc < 2:473995/140‑1 (MQ=255)
aGTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAc > 1:231275/1‑140 (MQ=255)
gTCGCCCGTTTTGCC‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACg < 1:852677/140‑1 (MQ=255)
ttG‑C‑CCCCACCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGAGGGCAAAgg < 2:356477/140‑1 (MQ=255)
|
TCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑C‑CCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGAGGGCAAAGG > NC_000913/2601871‑2602146
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
