Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R1
|
163 |
52.9 |
1786516 |
99.3% |
1774010 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,989,323 |
(A)8→7 |
coding (20/483 nt) |
yqeJ → |
protein YqeJ |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,989,316 | 0 | A | . | 100.0%
| 211.5
/ NA
| 50 | coding (13/483 nt) | yqeJ | protein YqeJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (20/30); total (20/30) |
CATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTAATGACCAGGGACGAG > NC_000913/2989180‑2989451
|
cATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATaaaa < 1:172023/140‑1 (MQ=255)
aTCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGGAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATaaaaa > 1:124411/1‑140 (MQ=255)
ccGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATaaaaaaa > 2:774335/1‑140 (MQ=255)
tGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATaaaaaaactt > 2:532624/1‑137 (MQ=255)
aCTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTAttattt > 2:22680/1‑140 (MQ=255)
cccTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTatttattt < 1:99509/140‑1 (MQ=255)
ctctTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTa > 2:495656/1‑140 (MQ=255)
tctTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTatttattt < 2:415509/137‑1 (MQ=255)
tctTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTatttattt > 1:415509/1‑137 (MQ=255)
cAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttttt > 1:122755/1‑140 (MQ=255)
tCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAg < 2:589318/140‑1 (MQ=255)
cTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTg > 2:655543/1‑140 (MQ=255)
cccGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGt < 1:657048/139‑1 (MQ=255)
ggATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAtt > 1:441705/1‑140 (MQ=255)
atTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCtt < 1:471179/140‑1 (MQ=255)
gTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCAc < 1:134243/140‑1 (MQ=255)
gTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCAc < 2:607912/140‑1 (MQ=255)
tATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTg < 1:581842/140‑1 (MQ=255)
tGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTc < 1:495656/140‑1 (MQ=255)
tGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTc < 1:612231/140‑1 (MQ=255)
tGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTc > 1:184724/1‑140 (MQ=255)
tGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTc > 1:403714/1‑140 (MQ=255)
cAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCtt > 2:810886/1‑140 (MQ=255)
aaTAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTg > 2:614007/1‑130 (MQ=255)
aaTAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTg < 1:614007/130‑1 (MQ=255)
aaTAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTa < 2:606549/140‑1 (MQ=255)
aaTAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTa < 2:626218/140‑1 (MQ=255)
aTAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTac < 2:441705/140‑1 (MQ=255)
aaaaaCTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTacac < 2:122755/140‑1 (MQ=255)
tataACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGa < 1:731001/140‑1 (MQ=255)
tataACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGa < 1:112675/140‑1 (MQ=255)
taACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGaaa < 2:9797/140‑1 (MQ=255)
aaCCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGaaaa > 2:272242/1‑140 (MQ=255)
cATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACTCTGCAGAAAAAATGat < 2:403714/140‑1 (MQ=255)
cATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGat > 1:488754/1‑140 (MQ=255)
cATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGat < 1:577569/140‑1 (MQ=255)
aGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGAtatata > 2:570369/1‑140 (MQ=255)
aaCTGTTTAACCCTGTCTTGCCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAAc > 2:804064/1‑140 (MQ=255)
ccGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTaa > 2:535491/1‑140 (MQ=255)
cGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAAt < 2:321430/140‑1 (MQ=255)
aGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAAttttt > 1:804795/1‑140 (MQ=255)
aGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAAttttt > 2:336580/1‑140 (MQ=255)
ggTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTa < 1:810886/140‑1 (MQ=255)
ggTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTa < 2:381125/140‑1 (MQ=255)
ggTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTa < 1:804064/140‑1 (MQ=255)
ggTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTa < 1:75053/140‑1 (MQ=255)
ggTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTa < 1:336580/140‑1 (MQ=255)
ggTTAATCGTGATTGACTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTa < 2:800786/140‑1 (MQ=255)
aaTCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTAATGa > 1:424657/1‑140 (MQ=255)
tgattgatTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTAATGACCAgg < 2:124411/140‑1 (MQ=255)
attgattAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGTTAATTTTTa > 2:492922/1‑129 (MQ=255)
attgattAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGTTAATTTTTa < 1:492922/129‑1 (MQ=255)
attgattAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTAATGACCAGGGa > 2:710795/1‑140 (MQ=255)
attAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTAATGACCAGGGACGAg < 2:492685/140‑1 (MQ=255)
|
CATCCGTGGTTATACTTCCCTCTTGCAAAATCCTCACCGGGGATGATTGTTATGGCATGCAATAAAAACTATAACCAACATGAAGTGGCAAACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCTATTCTTACACTGCAGAAAAAATGATATATAACGAAACATGCACTGCAAATTGGGTAATTTTTAATGACCAGGGACGAG > NC_000913/2989180‑2989451
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
