Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F28 I1 R1
|
161 |
75.5 |
2581324 |
99.3% |
2563254 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,318,030 |
(A)7→8 |
intergenic (‑24/+183) |
rimP ← / ← metY |
ribosome maturation factor RimP/tRNA‑Met |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,318,023 | 1 | . | A | 98.7%
| 270.8
/ ‑3.6
| 76 | intergenic (‑17/+190) | rimP/metY | ribosome maturation factor RimP/tRNA‑Met |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base A (32/43); total (33/43) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
TCAATATAGATGCGCAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACAT‑AAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGCACTTTCCAGAAGGATTTTTTCAAAT > NC_000913/3317885‑3318155
|
tCAATATAGATGCGCAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCT‑ATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACAT‑aa > 1:673215/1‑140 (MQ=255)
atatAGATGCGCAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACAT‑aaaa > 2:321004/1‑140 (MQ=255)
atatAGATGCGCAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACAT‑aaaa > 1:1288731/1‑140 (MQ=255)
tataGATGCGCAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACAT‑aaaaa < 2:63769/140‑1 (MQ=255)
aGATGCGCAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACAT‑aaaaaaaa < 2:999899/140‑2 (MQ=255)
gATGCGCAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACAT‑aaaaaaaag > 1:807362/1‑138 (MQ=255)
gATGCGCAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACAT‑aaaaaaaag > 1:422748/1‑138 (MQ=255)
tGCGCAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACAT‑AAAAAAAaggg > 1:360257/1‑139 (MQ=255)
cgcAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGcc > 1:748969/1‑140 (MQ=255)
gcAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCt > 2:1194924/1‑140 (MQ=255)
gcAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCt < 2:464791/140‑1 (MQ=255)
cAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTa > 2:503884/1‑140 (MQ=255)
cAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTa > 1:767957/1‑140 (MQ=255)
cAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTa > 2:906097/1‑140 (MQ=255)
cAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTa > 2:871893/1‑140 (MQ=255)
tgtgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg < 2:892243/140‑1 (MQ=255)
tgtgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg < 2:422748/140‑1 (MQ=255)
tgtgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg < 1:31954/140‑1 (MQ=255)
tgtgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg < 1:871893/140‑1 (MQ=255)
tgtgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg > 1:1029574/1‑140 (MQ=255)
tgtgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg > 2:31954/1‑140 (MQ=255)
gtgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGc > 1:649581/1‑140 (MQ=255)
tgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGcc > 2:1008301/1‑140 (MQ=255)
tgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGcc < 1:321004/140‑1 (MQ=255)
tgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGcc > 2:412874/1‑140 (MQ=255)
tgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGcc < 1:1008301/140‑1 (MQ=255)
tgGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCT‑ATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGccc < 2:673215/140‑1 (MQ=255)
aTGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTa > 1:625255/1‑132 (MQ=255)
aTGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTa < 2:625255/132‑1 (MQ=255)
gtgCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGtt < 2:748969/140‑1 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg > 2:1262952/1‑130 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg > 1:698628/1‑130 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg < 1:1262952/130‑1 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg < 2:698628/130‑1 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGcc > 1:557869/1‑132 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGcc < 2:557869/132‑1 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAg < 1:1016052/135‑1 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAg > 2:1016052/1‑135 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTAtt > 1:214873/1‑140 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTAtt > 2:775335/1‑140 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTAtt > 2:1184564/1‑140 (MQ=255)
cGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTAtt < 2:214873/140‑1 (MQ=255)
aCCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg < 2:573138/128‑1 (MQ=255)
aCCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAg > 1:573138/1‑128 (MQ=255)
aCCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCt < 1:711616/140‑1 (MQ=255)
cgAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAg > 2:177428/1‑140 (MQ=255)
aaaTTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGa < 2:218060/140‑1 (MQ=255)
gATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACaa > 2:1283548/1‑140 (MQ=255)
tGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACaaaa < 1:1210846/140‑1 (MQ=255)
ccAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACaaaaaa < 2:493561/140‑1 (MQ=255)
cAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAAc < 2:649581/140‑1 (MQ=255)
cAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATaaa > 2:711948/1‑140 (MQ=255)
aaaaCCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAAt < 1:775335/140‑1 (MQ=255)
aaaCCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCCCCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATc < 1:1056756/140‑1 (MQ=255)
aaCCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCg < 2:1029574/140‑1 (MQ=255)
ccAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg < 2:673492/140‑1 (MQ=255)
ccAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg < 2:767957/140‑1 (MQ=255)
ccAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg < 2:807362/140‑1 (MQ=255)
ccAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg < 1:282040/140‑1 (MQ=255)
ccAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg < 2:360257/140‑1 (MQ=255)
ccAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg < 2:358795/140‑1 (MQ=255)
ccAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg < 1:412874/140‑1 (MQ=255)
ccAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg < 1:711948/140‑1 (MQ=255)
ccAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg < 2:1221361/140‑1 (MQ=255)
cAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGc < 1:270263/140‑1 (MQ=255)
aGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCt < 1:177428/140‑1 (MQ=255)
gCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTta < 1:1184564/140‑1 (MQ=255)
cAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAGG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg > 1:1158116/1‑131 (MQ=255)
cAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAGG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCgggg < 2:1158116/131‑1 (MQ=255)
cAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCt < 1:1234314/133‑1 (MQ=255)
cAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCt > 2:1234314/1‑133 (MQ=255)
cgcAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTTTAATGTGGACAACCCCCCCCCCAAGAAAAA‑AAAAAAAGGGCCAAAAGCCCATTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAACCCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAAc < 2:880928/140‑1 (MQ=255)
tGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACt > 2:508353/1‑140 (MQ=255)
tttGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTg < 1:374394/140‑1 (MQ=255)
gCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAg < 2:1288731/140‑1 (MQ=255)
ctctAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGc > 1:209874/1‑140 (MQ=255)
gCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGCACTTTCCAGAAGGAt > 2:1206275/1‑140 (MQ=255)
gCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGCACTTTCCAGAAGGAt > 1:1272730/1‑140 (MQ=255)
gCCCACCCCCAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGCACTTTCCAGAAGGAt > 2:344071/1‑140 (MQ=255)
ccccAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGCACTTTCCAGAAGGATTTTTTc > 1:402086/1‑140 (MQ=255)
ccccAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGCACTTTCCAGAAGGATTTTTTc > 1:712710/1‑140 (MQ=255)
cccAAG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGCACTTTCCAGAAGGATTTTTTCa < 1:1206275/140‑1 (MQ=255)
aaG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGCACTTTCCAGAAGGATTTTTTCAAAt < 1:614566/140‑1 (MQ=255)
aaG‑ACATAAAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGCACTTTCCAGAAGGATTTTTTCAAAt < 1:1194924/140‑1 (MQ=255)
|
TCAATATAGATGCGCAGTGTGGATGTGCGACCGCGAATAAATTCGATGCCAACCAGTTCAAAACCCAGGGCCTCAACTGGCGCAGTAATCATCTCTGTTAATTTTTGCTCTAATGTGGACAAGCCCACCCCCAAG‑ACAT‑AAAAAAAGGGCCTAAAGCCCAGTTATTCTGTAGTCAGATAACAAAAAACCCCGATAAATCGGGGCTTTATATAACTGAACCCTATAACCGCAACTGCGGTCTGGAGCACTTTCCAGAAGGATTTTTTCAAAT > NC_000913/3317885‑3318155
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
