Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F28 I1 R1
|
161 |
75.5 |
2581324 |
99.3% |
2563254 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,002,708 |
(C)6→7 |
coding (92/381 nt) |
yigF ← |
DUF2628 domain‑containing protein YigF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,002,702 | 1 | . | C | 98.1%
| 373.2
/ ‑0.6
| 105 | coding (98/381 nt) | yigF | DUF2628 domain‑containing protein YigF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (51/52); total (52/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TAGAACTATAATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTTGATGAATCAGTA > NC_000913/4002563‑4002834
|
tAGAACTATAATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTg > 2:1144337/1‑140 (MQ=255)
aGAACTATAATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCCTTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑c < 2:1198828/140‑1 (MQ=255)
aGAACTATAATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑c < 2:940868/140‑1 (MQ=255)
aGAACTATAATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑c < 2:685011/140‑1 (MQ=255)
aaCTAAAAATGCTTTTTTTCAAAAACCCAGGACAAATAAATATATCCAGGGACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑ccc < 2:632026/140‑1 (MQ=255)
cTATAATTGCTTTTTTCCATAACCCCGGGACAAAAAAATATATCCAGGGACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTAACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑ccccc > 1:632026/1‑140 (MQ=255)
ataATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑ccccccc > 1:989759/1‑139 (MQ=255)
ataATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑ccccccc > 2:324657/1‑139 (MQ=255)
ataATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑ccccccc > 2:666614/1‑139 (MQ=255)
taATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑ccccccca < 2:1143430/140‑3 (MQ=255)
taATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑ccccccca > 1:1143430/1‑138 (MQ=255)
taATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑ccccccca > 1:796123/1‑138 (MQ=255)
ttGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑cccccccagaa < 2:1036327/140‑6 (MQ=255)
ttGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑cccccccagaa < 1:337282/140‑6 (MQ=255)
cTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAAGTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑CCCCCCAGAATCCa > 2:890998/1‑140 (MQ=255)
tttttCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAg > 2:844778/1‑140 (MQ=255)
ccATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGaaaa < 2:805877/140‑1 (MQ=255)
ccATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGaaaa < 1:844778/140‑1 (MQ=255)
aCCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATg < 2:1096730/140‑1 (MQ=255)
aCAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCAt < 1:722965/140‑1 (MQ=255)
ataaataTATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATaaaa > 1:26074/1‑140 (MQ=255)
ataaataTATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATaaaa > 1:525074/1‑140 (MQ=255)
ataaataTATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATaaaa > 2:488636/1‑140 (MQ=255)
ataaataTATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATaaaa > 1:49461/1‑140 (MQ=255)
ataaataTATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATaaaa > 1:372808/1‑140 (MQ=255)
ataaataTATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATaaaa > 2:188148/1‑140 (MQ=255)
ataaataTATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATaaaa > 1:1126237/1‑140 (MQ=255)
tatatCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTaa > 1:990994/1‑140 (MQ=255)
atCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATc > 2:605658/1‑140 (MQ=255)
ccAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCgg > 2:1013394/1‑140 (MQ=255)
ggAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTAt > 1:1200662/1‑140 (MQ=255)
gAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTAtt > 2:306276/1‑140 (MQ=255)
aaCAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTAttt > 2:180985/1‑140 (MQ=255)
cAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTcc > 1:13244/1‑140 (MQ=255)
gaagaaAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCAt > 1:1051683/1‑140 (MQ=255)
aagaaAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCAtt > 2:939521/1‑140 (MQ=255)
agaaAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCAttt < 2:863777/140‑1 (MQ=255)
aaaGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCAttttt < 2:13244/140‑1 (MQ=255)
aaaGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTc < 1:890998/140‑1 (MQ=255)
aGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCa < 1:324657/140‑1 (MQ=255)
aGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCa > 2:539707/1‑140 (MQ=255)
aGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCa > 1:961811/1‑140 (MQ=255)
cAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACt < 2:961811/140‑1 (MQ=255)
aaTGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACtt > 2:154309/1‑140 (MQ=255)
tGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTaa > 1:907293/1‑140 (MQ=255)
aaaTTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGTTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCa < 1:838553/133‑1 (MQ=255)
aTTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGaa < 2:383351/140‑1 (MQ=255)
aTTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGaa < 1:188148/140‑1 (MQ=255)
tCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAAcc < 2:989759/140‑1 (MQ=255)
aTTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCAt < 2:1200662/140‑1 (MQ=255)
ttGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCg > 2:175795/1‑140 (MQ=255)
ttGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCg < 1:992764/140‑1 (MQ=255)
tAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCat < 2:1051683/140‑1 (MQ=255)
aaGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATAtt > 1:756802/1‑140 (MQ=255)
cGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCat < 1:1010293/132‑1 (MQ=255)
cGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCt > 2:255292/1‑140 (MQ=255)
cGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCt < 1:605658/140‑1 (MQ=255)
cGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCt < 1:745921/140‑1 (MQ=255)
cGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCt < 2:468131/140‑1 (MQ=255)
cGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCt < 1:822917/140‑1 (MQ=255)
cGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCt < 1:1013394/140‑1 (MQ=255)
cGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCt < 1:860809/140‑1 (MQ=255)
ttGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTa < 2:756802/140‑1 (MQ=255)
ttGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTa < 2:372808/140‑1 (MQ=255)
ttGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTa < 1:1186103/140‑1 (MQ=255)
ttGTCTTACTTTTAATGCTTTAAAAGCTACTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGTTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTa < 2:1126237/140‑1 (MQ=255)
gTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACt < 1:517073/140‑1 (MQ=255)
gTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACt < 2:907293/140‑1 (MQ=255)
gTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACt < 1:539707/140‑1 (MQ=255)
gTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACt < 2:226685/140‑1 (MQ=255)
tCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTa < 2:8082/137‑1 (MQ=255)
tCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTa > 1:8082/1‑137 (MQ=255)
tCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTc < 2:842976/140‑1 (MQ=255)
tCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTc < 2:582895/140‑1 (MQ=255)
tCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTc > 2:575348/1‑140 (MQ=255)
tCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTc > 1:1078859/1‑140 (MQ=255)
cTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATaaa < 2:49461/140‑1 (MQ=255)
cTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATaaa < 2:1086918/140‑1 (MQ=255)
tttAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATa < 1:575348/140‑1 (MQ=255)
ttAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCAt < 1:1229296/134‑1 (MQ=255)
aaTGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTc > 2:1178800/1‑140 (MQ=255)
aaTGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTc > 1:36732/1‑140 (MQ=255)
aaTGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTc > 1:764614/1‑140 (MQ=255)
ttAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGCCCCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATaa > 1:1157753/1‑140 (MQ=255)
tAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACt < 2:764614/140‑1 (MQ=255)
aaaTGCTGCTTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTa > 1:220408/1‑140 (MQ=255)
gctgctTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGt < 1:154309/140‑1 (MQ=255)
tgctTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGttt > 1:1014121/1‑140 (MQ=255)
gctTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCAt < 1:1131981/128‑1 (MQ=255)
gctTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCAt > 2:1131981/1‑128 (MQ=255)
ctTTATATTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGATATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTtg > 2:1133837/1‑140 (MQ=255)
atatTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTtgatga < 1:939521/140‑1 (MQ=255)
atatTCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTtgatga < 1:255292/140‑1 (MQ=255)
tCTGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTTGATGAATCa > 1:831065/1‑140 (MQ=255)
tGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTtgat < 2:118668/132‑1 (MQ=255)
tGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTTGATGAATCAGt < 1:696692/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTTGATGAATCAGt < 1:666614/140‑1 (MQ=255)
tGGTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGATTTGATGAATCAGt > 2:616429/1‑140 (MQ=255)
ggTGTTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTTGATGAATCAGTa < 2:525074/140‑1 (MQ=255)
gtgtTGC‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTTGATGAATCAGt > 1:20346/1‑138 (MQ=255)
|
TAGAACTATAATTGCTTTTTTCCATAACCCCAGGACAAATAAATATATCCAGGAACAGAAGAAAGCAATGAAATTCATTTGAATAGTTAAGCGTTGTCTTACTTTTAATGCTTTAAATGCTGCTTTATATTCTGGTGTTG‑‑CCCCCCAGAATCCAGGAAAACCATGTTGATCATAAAAATTAAATCGGTATTTCCATTTTTCACTTAATGAACCATCGTTCATATATTCCTTACTCATAAATACTCCATAACTATTGTTTTGATGAATCAGTA > NC_000913/4002563‑4002834
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
