Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I1 R1
|
155 |
60.3 |
2039550 |
99.3% |
2025273 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,931,183 |
(G)7→9 |
intergenic (‑90/‑133) |
ravA ← / → kup |
regulatory ATPase RavA/K(+):H(+) symporter Kup |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,931,176 | 1 | . | G | 98.1%
| 184.9
/ ‑3.2
| 53 | intergenic (‑83/‑140) | ravA/kup | regulatory ATPase RavA/K(+):H(+) symporter Kup |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (20/32); total (20/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.78e-01 |
| * | NC_000913 | 3,931,176 | 2 | . | G | 94.3%
| 177.0
/ 3.3
| 53 | intergenic (‑83/‑140) | ravA/kup | regulatory ATPase RavA/K(+):H(+) symporter Kup |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base G (19/31); total (20/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 |
TCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACG > NC_000913/3931051‑3931303
||
tCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑‑gg‑‑gggggggtattt < 1:786540/140‑8 (MQ=255)
gCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCT‑‑AGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCttt > 1:27305/1‑140 (MQ=255)
cGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑‑GGGCGGGGGTATTTTTCtt < 2:158196/140‑1 (MQ=255)
ggAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGGGGG‑‑GGGGGTATTTTTCttt > 1:447917/1‑140 (MQ=255)
aaaTTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAg < 1:795402/140‑1 (MQ=255)
aaaTTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAg < 1:78560/140‑1 (MQ=255)
aaaTTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAg < 1:865910/140‑1 (MQ=255)
aaTTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGc < 1:160074/140‑1 (MQ=255)
aaTTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGc < 2:225051/140‑1 (MQ=255)
aaTTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGc < 1:938048/140‑1 (MQ=255)
cTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAgg < 1:250694/140‑1 (MQ=255)
tttCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGt < 1:276545/140‑1 (MQ=255)
ttCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCT‑‑AGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTaa < 2:27305/140‑1 (MQ=255)
aataaATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTgg < 2:242652/140‑1 (MQ=255)
ataaATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGc < 2:547534/140‑1 (MQ=255)
ataaATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGc < 2:364275/140‑1 (MQ=255)
aTGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCa < 1:784615/140‑1 (MQ=255)
aGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGGGGG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCAtt < 2:447917/140‑1 (MQ=255)
ggTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAg > 2:556408/1‑140 (MQ=255)
gTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAgg > 1:895038/1‑140 (MQ=255)
aaTGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAtt > 2:476292/1‑140 (MQ=255)
aaTGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAtt > 1:939001/1‑140 (MQ=255)
gTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCg > 1:676546/1‑140 (MQ=255)
gTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCg > 2:587555/1‑140 (MQ=255)
tGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGt < 1:556408/140‑1 (MQ=255)
tGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGt < 1:1005468/140‑1 (MQ=255)
gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAtt > 2:389196/1‑131 (MQ=255)
gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGAtt < 1:389196/131‑1 (MQ=255)
gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa > 2:454161/1‑140 (MQ=255)
gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa > 1:654893/1‑140 (MQ=255)
gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 1:476292/140‑1 (MQ=255)
gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 2:337507/140‑1 (MQ=255)
gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 1:315334/140‑1 (MQ=255)
gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCA‑GTTAATGTGGCCGCATTTATGAGAACGATTTTTCCGTTaa > 2:232268/1‑140 (MQ=255)
gCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTCGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 2:888537/140‑1 (MQ=255)
cGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTaa > 1:951126/1‑140 (MQ=255)
gTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAAt < 2:951126/140‑1 (MQ=255)
tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 2:664715/137‑1 (MQ=255)
tCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa > 1:664715/1‑137 (MQ=255)
tCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa > 1:152748/1‑128 (MQ=255)
tCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAG‑‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCCTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTa < 2:152748/128‑1 (MQ=255)
cGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCttttt > 1:808645/1‑140 (MQ=255)
aaTTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTtgtg < 1:1012834/140‑1 (MQ=255)
ttGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTggg < 2:939001/140‑1 (MQ=255)
cGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCa < 1:587555/140‑1 (MQ=255)
tataGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAggg < 2:386710/140‑1 (MQ=255)
ataGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGa < 1:454161/140‑1 (MQ=255)
aCGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGCATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTaa > 1:865999/1‑140 (MQ=255)
ttCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGcac > 1:607924/1‑140 (MQ=255)
tCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGcaca > 1:332945/1‑140 (MQ=255)
tCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGcaca > 2:242214/1‑140 (MQ=255)
ttGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGcacaca < 2:698255/140‑1 (MQ=255)
ggCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGcac < 1:828035/129‑1 (MQ=255)
ggCTAAAATAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGcac > 2:828035/1‑129 (MQ=255)
aTAGTCTCAAAGG‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACg < 2:607924/140‑1 (MQ=255)
||
TCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGCGAGTATAGACGTTTCTTGCTGGTGGCTAAAATAGTCTCAAA‑‑‑GG‑‑GGGGGTATTTTTCTTTGAGCCAGGTTAATGTGGCCGCATTTAGGAGTACGATTTTGCCGTTAATCGTGCATACTGTGCGCTTTTTTGTGGGCCAAGGGACTAAGCACACATTTCATATTTCAACG > NC_000913/3931051‑3931303
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
