Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I1 R1
|
155 |
60.3 |
2039550 |
99.3% |
2025273 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,034,211 |
T→C |
V356A (GTG→GCG) |
trkH → |
K(+) transporter TrkH |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,034,211 | 0 | T | C | 96.5%
| 93.7
/ ‑4.0
| 29 | V356A (GTG→GCG) | trkH | K(+) transporter TrkH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (1/27); total (1/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
CAGGTGGTGTCGATGGCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATCGCGCACTGCCGGAACGTATCCTCGAAGCCGTTTGGGGATTTTTC > NC_000913/4034075‑4034347
|
cgggtggtGTCGATGGCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGAt < 2:375631/138‑1 (MQ=255)
cAGGTGGTGTCGATGGCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGAt < 1:138788/140‑1 (MQ=255)
gtggtgTCGATGGCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCg < 2:491051/140‑1 (MQ=255)
cGATGGCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCctg < 1:170499/140‑1 (MQ=255)
aTGGCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCGCCCGGGGCACCGGG‑GGGGGCCTGGAGGGGGTCCGCCTCctgcc > 1:176210/1‑139 (MQ=255)
aTGGCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTCGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCctgct < 1:930008/140‑1 (MQ=255)
tGGCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCctgctg < 2:872687/140‑1 (MQ=255)
gACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGt < 1:192782/140‑1 (MQ=255)
aaCCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTa < 1:194121/140‑1 (MQ=255)
ccgccgGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAg < 1:298916/140‑1 (MQ=255)
ccgccgGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAg < 2:205954/140‑1 (MQ=255)
aCAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTTTG‑CCGGGGGCACCGGGGGGGGGCTGGAGGCGGGCCGCCTCCTCCTGCTGTTTTAGGAgggggagcg > 2:14315/1‑135 (MQ=255)
tGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCCGGGGAAGGGGGGGGGGGCCGAAAGAGATGCGCGCCCTGCTGCTGTTTTAGCGGGGGGAACGCGGGCTGGAAAGAc > 2:86045/1‑140 (MQ=255)
cccGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTg < 2:801240/140‑1 (MQ=255)
cccGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATC‑‑‑CTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTg < 1:593074/140‑1 (MQ=255)
gCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGa < 1:525272/140‑1 (MQ=255)
ctTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACg < 2:300075/140‑1 (MQ=255)
ccGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCta < 2:176210/140‑1 (MQ=255)
ccGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCta < 1:523611/140‑1 (MQ=255)
cTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCAt < 2:169000/140‑1 (MQ=255)
gCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTa < 1:614998/140‑1 (MQ=255)
tATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTg < 1:14315/140‑1 (MQ=255)
tATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTg < 1:870486/140‑1 (MQ=255)
cTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATcgcg < 1:555573/140‑1 (MQ=255)
cTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATcgcg < 1:21282/140‑1 (MQ=255)
ttATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATCGCGCa < 1:315646/140‑1 (MQ=255)
ttATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATCGCGCa < 1:367432/140‑1 (MQ=255)
ggcggTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATCGCGCACTGcc < 1:943862/140‑1 (MQ=255)
gcggTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATCGCGCACTGCCg < 1:618772/140‑1 (MQ=255)
ttGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATCGCGCACTGCCGGAAc < 1:86045/140‑1 (MQ=255)
gAAGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATCGCGCACTGCCGGAACGTATCCTCGAAGCCGTTTGGGGAtttt > 2:905217/1‑140 (MQ=255)
aGGCGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATCGCGCACTGCCGGAACGTATCCTCGAAGCCGTTTGGGGATTTTtc < 2:224382/140‑1 (MQ=255)
|
CAGGTGGTGTCGATGGCGACAACCGCCGGGTTTACAACTGACAGCATTGCCCGCTGGCCGCTCTTTTTGCCGGTACTGCTTTTATGTTCAGCCTTTATCGGCGGTTGCG‑CCGGGTCAACGGGCGGTGGCCTGAAGGTGATCCGCATCCTGCTGCTGTTTAAGCAGGGGAACCGTGAGCTGAAACGACTGGTGCATCCGAACGCCGTCTATAGCATTAAGCTGGGGAATCGCGCACTGCCGGAACGTATCCTCGAAGCCGTTTGGGGATTTTTC > NC_000913/4034075‑4034347
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
