Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F28 I1 R1
|
183 |
98.6 |
3427438 |
96.9% |
3321187 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,412,538 |
(T)6→5 |
coding (152/639 nt) |
yjfM → |
DUF1190 domain‑containing protein YjfM |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,412,533 | 0 | T | . | 100.0%
| 370.7
/ NA
| 86 | coding (147/639 nt) | yjfM | DUF1190 domain‑containing protein YjfM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (34/52); total (34/52) |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTGCGCGCGTGGCTGGAACAA > NC_000913/4412395‑4412664
|
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aaaaCGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCtt > 2:356955/1‑140 (MQ=255)
aaaaCGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCtt > 2:1183263/1‑140 (MQ=255)
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aaaaCGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCtt > 1:592956/1‑140 (MQ=255)
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aCGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCttttt < 1:214883/140‑1 (MQ=255)
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tCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTg < 2:189816/140‑1 (MQ=255)
cAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGa < 1:1493037/140‑1 (MQ=255)
aaaTAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAgg < 2:1003524/140‑1 (MQ=255)
aaTAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGt < 2:1667280/140‑1 (MQ=255)
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aaCAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGt > 1:726531/1‑140 (MQ=255)
aaCAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGt > 2:1328991/1‑140 (MQ=255)
aCAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTa < 1:1102603/140‑1 (MQ=255)
cAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAg < 2:87986/140‑1 (MQ=255)
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aGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGc < 1:356955/140‑1 (MQ=255)
aGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGc < 1:1610089/140‑1 (MQ=255)
tAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGa > 1:258099/1‑140 (MQ=255)
tAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAACGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGa > 2:576528/1‑140 (MQ=255)
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aaaaTTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGAt < 1:1507001/140‑1 (MQ=255)
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gTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCg < 1:1498936/140‑1 (MQ=255)
tCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGa < 1:482145/140‑1 (MQ=255)
cACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGAt < 2:589257/140‑1 (MQ=255)
cACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGAt < 2:1648361/140‑1 (MQ=255)
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aTTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGAtag < 1:46155/124‑1 (MQ=255)
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aTTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAac > 2:828426/1‑140 (MQ=255)
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ataatCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTAcg > 1:1242100/1‑140 (MQ=255)
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atCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 1:832162/140‑1 (MQ=255)
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tttGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATCGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTg < 2:1491320/140‑1 (MQ=255)
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aCCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGa < 2:16385/140‑1 (MQ=255)
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gTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGa < 2:318699/127‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTg < 1:1198355/131‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTg > 2:1198355/1‑131 (MQ=255)
tGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCa < 2:1321433/133‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCa > 1:1321433/1‑133 (MQ=255)
tGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGa < 1:1248263/136‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGa > 2:1248263/1‑136 (MQ=255)
gCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTa < 1:1123100/140‑1 (MQ=255)
gCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTa < 2:115935/140‑1 (MQ=255)
ccGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTAt > 2:442233/1‑140 (MQ=255)
aaTCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATtgat < 1:1461279/140‑1 (MQ=255)
aaTCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATtgat < 1:1645543/140‑1 (MQ=255)
aTCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATtgatg < 1:1098525/140‑1 (MQ=255)
aTCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAACGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATtgatg < 1:576528/140‑1 (MQ=255)
cGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGAc < 2:1606796/140‑1 (MQ=255)
gCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACg > 2:268456/1‑140 (MQ=255)
cGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTgcg > 1:1539470/1‑140 (MQ=255)
tGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTgcgcgc < 1:442233/140‑1 (MQ=255)
tGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTgcgcgc < 2:1242100/140‑1 (MQ=255)
tGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTgcgcgc < 1:828426/140‑1 (MQ=255)
tGGCGCTAATGGGCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTgcgcgc < 2:1539470/140‑1 (MQ=255)
tGGCGCTAATGCGCAGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCCATGTCGATAACGCCGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTgcgcgc < 2:1156478/140‑1 (MQ=255)
ggCGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTGCGCGCGTGGCTGGaac < 2:575140/140‑1 (MQ=255)
cGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTGCGCGCGTGGCTGGaacaa > 1:971514/1‑140 (MQ=255)
cGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTGCGCGCGTGGCTGGaacaa > 1:636137/1‑140 (MQ=255)
cGGTGCCGC‑TTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTGCGCGCGTGGCTGGaacaa > 2:858482/1‑140 (MQ=255)
|
AAAACGCAAATCAAGAAATAACAGTAAAATTGGTCACGGAGCGATTAGTCGCATTGGTAGACCGAATAATCCTTTTGAACCGTGCCGCAATCGCTACGCACAAAAATACTTAACGTTGGCGCTAATGGGCGGTGCCGCTTTTTTCGTATTGAAAGGTTGTAGCGATAGTAGCGATGTCGATAACGACGGCGACGGAACGTTTTACGCGACAGTGCAGGATTGTATTGATGACGGTAATAATGCCGACATTTGCGCGCGTGGCTGGAACAA > NC_000913/4412395‑4412664
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
