Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F28 I1 R1
|
258 |
142.3 |
4824480 |
99.1% |
4781059 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,674,655 |
(C)6→7 |
coding (743/1035 nt) |
tqsA → |
autoinducer 2 exporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,674,649 | 1 | . | C | 94.7%
| 310.9
/ 8.9
| 94 | coding (737/1035 nt) | tqsA | autoinducer 2 exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/3); new base C (39/50); total (41/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AAAACAGCCATCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑CCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTGGGGCT > NC_000913/1674510‑1674781
|
aaaaCAGCCATCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAt > 2:925204/1‑140 (MQ=255)
aaaaCAGCCATCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCAGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAt > 1:1495264/1‑140 (MQ=255)
aaaCAGCCATCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑c < 1:1462903/140‑1 (MQ=255)
aaCAGCCATCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑cc > 1:418193/1‑140 (MQ=255)
aCAGCCATCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑ccc < 2:897300/140‑1 (MQ=255)
cAGCCATCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCAATGTTCGCTTCGCTTTTGTCAGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑cccc < 2:1495264/140‑1 (MQ=255)
aGCCATCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑ccccc > 1:1837209/1‑140 (MQ=255)
ccATCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑ccccccc > 2:380961/1‑139 (MQ=255)
tCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑ccccccctat > 2:1434823/1‑136 (MQ=255)
tCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑ccccccctat < 2:27597/140‑5 (MQ=255)
tCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑ccccccctat < 2:308943/140‑5 (MQ=255)
cAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑ccccccctatc < 1:255004/140‑6 (MQ=255)
aGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCg > 1:1281893/1‑140 (MQ=255)
atcatcACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑ccccccctat < 1:1072916/135‑5 (MQ=255)
atcatcACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑ccccccctat > 2:1072916/1‑131 (MQ=255)
catcaCCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAg > 1:784862/1‑140 (MQ=255)
catcaCCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAg > 1:2281911/1‑140 (MQ=255)
atcaCCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAgg < 2:334707/140‑1 (MQ=255)
caCCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTa < 2:1837209/140‑1 (MQ=255)
caCCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTa < 2:1816233/140‑1 (MQ=255)
cccGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTAc < 1:1310979/139‑1 (MQ=255)
cccGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTAc < 2:625044/139‑1 (MQ=255)
aCCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGc > 1:1380573/1‑132 (MQ=255)
aCCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGc < 2:1380573/132‑1 (MQ=255)
aCCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTAc < 2:261072/140‑1 (MQ=255)
cGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTg < 2:647333/140‑1 (MQ=255)
ggCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTc > 1:1364159/1‑131 (MQ=255)
ggCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTc < 2:1364159/131‑1 (MQ=255)
ggCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTgg > 1:609697/1‑140 (MQ=255)
ggCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTgg > 2:1165586/1‑140 (MQ=255)
ggCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTgg < 1:1165586/140‑1 (MQ=255)
ggCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTgg > 2:1595378/1‑140 (MQ=255)
ggCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTgg > 2:1600019/1‑140 (MQ=255)
gCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGgt < 2:471493/140‑1 (MQ=255)
ggTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑CCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTa < 2:468288/140‑1 (MQ=255)
gTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTa < 1:1141770/140‑1 (MQ=255)
gTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTa < 1:597951/140‑1 (MQ=255)
cGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAAt < 2:822144/140‑1 (MQ=255)
cTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGc < 1:2066472/140‑1 (MQ=255)
tGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCt < 1:1091968/140‑1 (MQ=255)
gggCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCtt < 2:793477/140‑1 (MQ=255)
tGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACg < 1:741374/139‑1 (MQ=255)
tGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACg > 2:741374/1‑139 (MQ=255)
cTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGGTTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAg > 1:2292837/1‑140 (MQ=255)
cTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAAt < 1:514036/127‑1 (MQ=255)
cTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAg < 2:2281911/140‑1 (MQ=255)
cgccgcACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCg < 2:497842/140‑1 (MQ=255)
aTGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgct < 1:338788/140‑1 (MQ=255)
gTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgctgg < 2:955141/140‑1 (MQ=255)
gTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgctgg < 2:1709059/140‑1 (MQ=255)
cgcttcgcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCgg > 1:1150011/1‑140 (MQ=255)
gcttcgcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCggg < 1:1510167/140‑1 (MQ=255)
cttcgcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGa > 2:123144/1‑140 (MQ=255)
cttcgcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑CCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGat < 2:2038060/140‑1 (MQ=255)
tcgcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGata > 2:2022964/1‑140 (MQ=255)
gcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgct < 1:884990/129‑1 (MQ=255)
gcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgct > 2:884990/1‑129 (MQ=255)
gcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATc > 1:1811472/1‑140 (MQ=255)
gcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATc < 2:1411082/140‑1 (MQ=255)
cttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATct < 1:1822299/140‑1 (MQ=255)
cttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATct < 2:154882/140‑1 (MQ=255)
cttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATct < 1:588987/140‑1 (MQ=255)
ttttGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATctg < 1:1434823/140‑1 (MQ=255)
gTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGa < 2:418193/140‑1 (MQ=255)
tCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGAt > 1:733444/1‑140 (MQ=255)
gggATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAAt > 1:1622931/1‑140 (MQ=255)
aTTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTg < 2:733444/140‑1 (MQ=255)
ttGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTgg < 1:925204/140‑1 (MQ=255)
cTGGCCTGTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGGTGATTAATGTGGTCt > 2:857875/1‑140 (MQ=255)
cTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCgg < 2:735927/139‑1 (MQ=255)
cTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCgg > 1:735927/1‑139 (MQ=255)
tttGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCa < 2:1811472/140‑1 (MQ=255)
tGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATTTGGTCTTCGGCAat > 1:564148/1‑140 (MQ=255)
aaTTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑CCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGa < 2:698974/140‑1 (MQ=255)
tACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGc < 1:2384172/140‑1 (MQ=255)
aCATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGTTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGcc < 1:380961/140‑1 (MQ=255)
aCATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGcc < 2:51605/140‑1 (MQ=255)
aTCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCcgc < 1:123144/140‑1 (MQ=255)
tCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCcgcg > 1:1106403/1‑140 (MQ=255)
cccGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGt > 2:118070/1‑140 (MQ=255)
cccGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGt < 2:88593/140‑1 (MQ=255)
ggAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGTAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTAt > 1:840562/2‑140 (MQ=255)
cGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCcgc > 2:195608/1‑136 (MQ=255)
cGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCcgc < 1:195608/136‑1 (MQ=255)
cGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTAt > 1:2169185/1‑140 (MQ=255)
cGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTAt > 2:1715274/1‑140 (MQ=255)
cGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTAt > 1:1986788/1‑140 (MQ=255)
cGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGATGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGCAt > 1:485085/1‑140 (MQ=255)
aaTATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCa > 1:1971341/1‑140 (MQ=255)
gTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGt > 2:69483/1‑129 (MQ=255)
gTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGt < 1:69483/129‑1 (MQ=255)
gTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCg < 1:857875/140‑1 (MQ=255)
gTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTCGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAGTCTGGTCTTCGGAAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCg < 2:1622931/140‑1 (MQ=255)
gTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGc < 1:1196250/140‑1 (MQ=255)
gTCCTCGCGGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGc > 2:1405359/1‑140 (MQ=255)
cgcgGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTgggg > 1:2139886/1‑140 (MQ=255)
cgcgGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTgggg < 1:118070/140‑1 (MQ=255)
cgcgGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTgggg < 2:2139886/140‑1 (MQ=255)
gcgGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTGGGGc > 2:1300832/1‑140 (MQ=255)
cgGCAATCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTGGGGCt < 1:647348/140‑1 (MQ=255)
|
AAAACAGCCATCAGCATCATCACCGGCCTGGTCGCCTGGGCGATGCTCGCCGCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAT‑CCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTGGGGCT > NC_000913/1674510‑1674781
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
