Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F28 I1 R1
|
258 |
142.3 |
4824480 |
99.1% |
4781059 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,778,930 |
(C)6→7 |
coding (3797/4581 nt) |
ypjA ← |
adhesin‑like autotransporter YpjA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,778,924 | 1 | . | C | 97.8%
| 484.7
/ 2.0
| 139 | coding (3803/4581 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base C (60/76); total (62/77) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.63e-01 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
ATAGCCCATAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACGGCTGCCGTAGAAGGCGT > NC_000913/2778785‑2779054
|
aTAGCCCATAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCg < 2:2073293/140‑1 (MQ=255)
aTAGCCCATAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCg < 2:371027/140‑1 (MQ=255)
aTAGCCCATAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCg < 1:225465/140‑1 (MQ=255)
tAGCCCATAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑c > 1:1961817/1‑140 (MQ=255)
aGCCCATAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑cc < 2:2079020/140‑1 (MQ=255)
cccATAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑cccc > 2:921877/1‑140 (MQ=255)
cccATAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑cccc < 1:17348/140‑1 (MQ=255)
aTAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑ccccccc < 1:818904/140‑2 (MQ=255)
aTAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑ccccccc < 2:633764/140‑2 (MQ=255)
tAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑cccccccc > 2:1277319/1‑138 (MQ=255)
tAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑cccccccc > 2:1900878/1‑138 (MQ=255)
tAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑ccccccca < 1:652879/140‑3 (MQ=255)
tAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑ccccccca < 2:1778178/140‑3 (MQ=255)
tAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑ccccccca > 2:1996452/1‑138 (MQ=255)
tAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑ccccccca > 1:459721/1‑138 (MQ=255)
aaaaGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑cccccccag > 1:2178942/1‑137 (MQ=255)
aaaGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑cccccccaga < 1:302666/140‑5 (MQ=255)
aaaGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑cccccccaga < 1:1087859/140‑5 (MQ=255)
cgcCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACatt > 2:1872585/1‑140 (MQ=255)
cgcCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACatt > 2:1165798/1‑140 (MQ=255)
cgcCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACatt > 2:1219811/1‑140 (MQ=255)
gcCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACatta > 1:2046549/1‑140 (MQ=255)
gCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTAttgtt < 2:542133/140‑1 (MQ=255)
cGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑ccccccc < 1:1235822/126‑2 (MQ=255)
ggTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTtgtgt > 2:1578770/1‑140 (MQ=255)
aaTTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGa < 1:1682349/140‑1 (MQ=255)
aaTTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGa < 1:952134/140‑1 (MQ=255)
ttCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACt < 2:83142/140‑1 (MQ=255)
tCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGGTCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTc > 2:777850/1‑140 (MQ=255)
ccTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCACATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCg < 1:2155889/140‑1 (MQ=255)
ttCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCt < 1:1872585/140‑1 (MQ=255)
ttCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCt < 2:2173139/140‑1 (MQ=255)
tCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCtt > 1:1588035/1‑140 (MQ=255)
tCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCtt > 2:1664399/1‑140 (MQ=255)
tCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCtt > 1:2376252/1‑140 (MQ=255)
ggAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCa < 2:1961817/140‑1 (MQ=255)
ggAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCa < 1:1397760/140‑1 (MQ=255)
gAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGCCCCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCa < 1:1900878/140‑1 (MQ=255)
gAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGCCCCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCa < 1:1277319/140‑1 (MQ=255)
ttACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCt > 1:724586/1‑127 (MQ=255)
cGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAAcc > 1:79795/1‑140 (MQ=255)
cGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAAcc > 2:1801903/1‑140 (MQ=255)
ggCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCg < 2:1588035/140‑1 (MQ=255)
ggCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCg > 1:1433819/1‑140 (MQ=255)
ggCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCg < 2:203320/140‑1 (MQ=255)
cTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCt > 2:592644/1‑140 (MQ=255)
tGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTc > 2:700393/1‑140 (MQ=255)
gTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTcg > 1:1657887/1‑140 (MQ=255)
gTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTcg > 1:1355425/1‑140 (MQ=255)
gTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTcg > 2:1245414/1‑140 (MQ=255)
tCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTcgc > 1:1529012/1‑140 (MQ=255)
tCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTcgc > 1:2349731/1‑140 (MQ=255)
tCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTcgc < 2:2121612/140‑1 (MQ=255)
tCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTcgc > 1:2004149/1‑140 (MQ=255)
gATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGa > 1:566211/1‑140 (MQ=255)
aTCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTTGCGaa < 2:1873352/140‑1 (MQ=255)
aTCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGaa < 2:1391968/140‑1 (MQ=255)
aTCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGaa < 2:2376252/140‑1 (MQ=255)
ccccACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATa < 1:1219811/140‑1 (MQ=255)
ccccACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATa < 2:1525245/140‑1 (MQ=255)
ccccACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATa < 1:1200518/140‑1 (MQ=255)
ccccACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATa < 2:1720188/140‑1 (MQ=255)
ccccACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATa < 1:1520296/140‑1 (MQ=255)
ccccACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATa < 1:1165798/140‑1 (MQ=255)
cACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTg < 1:10861/140‑1 (MQ=255)
tGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTATGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGttt > 1:2145564/1‑140 (MQ=255)
tCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAg < 1:2020747/140‑1 (MQ=255)
tCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAg > 2:1762825/1‑140 (MQ=255)
aTTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCt < 2:2046549/140‑1 (MQ=255)
aTTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCt < 2:801523/140‑1 (MQ=255)
aTTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCt < 1:1552043/140‑1 (MQ=255)
ttCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTc < 2:2349731/140‑1 (MQ=255)
gTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCAt < 2:1433819/140‑1 (MQ=255)
gTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCAt > 2:1291307/1‑140 (MQ=255)
tCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATAc < 1:617531/140‑1 (MQ=255)
gCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCaa > 1:970048/1‑140 (MQ=255)
aaaCCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGt < 2:1749854/140‑1 (MQ=255)
aCCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTaa < 1:1762825/140‑1 (MQ=255)
cGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGt < 2:2178942/140‑1 (MQ=255)
gCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTtg < 1:1893769/140‑1 (MQ=255)
gCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTtg < 1:831505/140‑1 (MQ=255)
gCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTtgc > 2:2089664/1‑140 (MQ=255)
aCCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTtgct < 1:2111246/140‑1 (MQ=255)
cccGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTtgctg < 2:500319/140‑1 (MQ=255)
cccGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTtgctg < 2:1135712/140‑1 (MQ=255)
cccGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTtgctg < 2:2282914/140‑1 (MQ=255)
cccGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTtgctg < 1:995563/140‑1 (MQ=255)
cGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGcc < 2:566211/140‑1 (MQ=255)
cGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGcc < 1:1801903/140‑1 (MQ=255)
aTCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATGCGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCata < 1:1790095/140‑1 (MQ=255)
aCATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACgg < 2:1434719/140‑1 (MQ=255)
aCATTATTACGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACgg < 2:975227/140‑1 (MQ=255)
attaCGGGTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACGGCTGcc > 1:991120/1‑140 (MQ=255)
gggTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACGGCTGCCGTAGa > 2:1285744/1‑140 (MQ=255)
gggTGTTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACGGCTGCCGTAGa > 1:332804/1‑140 (MQ=255)
gtgtTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACGGCTGCCGTAGAAg > 2:468361/1‑140 (MQ=255)
gtgtTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACGGCTGCCGTAGAAg > 1:2291196/1‑140 (MQ=255)
gtTATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACGGCTGCCGTAGAAGGc > 2:1174658/1‑140 (MQ=255)
ttATACGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACGGCTGCCGTAGAAGGCg > 2:618605/1‑140 (MQ=255)
tataCGTCGC‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACGGCTGCCGTAGAAGGCGt > 1:1941849/1‑140 (MQ=255)
|
ATAGCCCATAAAAGCGCCTAGCGTGGTAATTCCTTCAGGAATATCATTACGGCTGTCGATCCCCACTGTCATTCCGGTCAGCGTCTGCTCAAACCCGGCACCCGCATCGGTGGTGACATTATTACGGGTGTTATACGTCG‑‑CCCCCCAGACATTATTGTTGTGTGGACTCGCTTTCATTATGTTCAACCGCTCGCGAATACTGTTTAGCTCAGCATCAAATACCAACGGTAATGTTGCTGCCATATTGAGTACGGCTGCCGTAGAAGGCGT > NC_000913/2778785‑2779054
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
