Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F28 I1 R1
|
258 |
142.3 |
4824480 |
99.1% |
4781059 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,545,573 |
A→T |
I160F (ATC→TTC) |
fimD → |
type I fimbriae usher protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,545,573 | 0 | A | T | 100.0%
| 714.6
/ NA
| 203 | I160F (ATC→TTC) | fimD | type I fimbriae usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (96/107); total (96/107) |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCA > NC_000913/4545439‑4545709
|
gTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAg < 2:1894796/140‑1 (MQ=255)
aTGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGc < 2:1955222/140‑1 (MQ=255)
tGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCa > 1:256489/1‑140 (MQ=255)
ggggCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCAt < 2:2088400/140‑1 (MQ=255)
cTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCGGGCATTTAt > 1:912105/1‑140 (MQ=255)
aaTACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAg > 1:894348/1‑129 (MQ=255)
aaTACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCAttt > 1:1468551/1‑135 (MQ=255)
aaTACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAg > 2:1407913/1‑140 (MQ=255)
aaTACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAg > 2:105267/1‑140 (MQ=255)
aaTACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAg > 2:491425/1‑140 (MQ=255)
aaTACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAg > 2:777658/1‑140 (MQ=255)
ggCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATc > 2:2170322/1‑140 (MQ=255)
cTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgc > 1:621684/1‑140 (MQ=255)
ttCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcg < 2:1215931/140‑1 (MQ=255)
tCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgc < 1:1879226/140‑1 (MQ=255)
cTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcg < 2:2330274/140‑1 (MQ=255)
cTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCCGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcg > 1:1349760/1‑140 (MQ=255)
cTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCACTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcg > 2:1294438/1‑140 (MQ=255)
tGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGATGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcgc < 1:1208521/140‑1 (MQ=255)
gTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcgcg < 2:2259681/140‑1 (MQ=255)
gTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcgcg < 2:917785/140‑1 (MQ=255)
gTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcgcg < 1:556281/140‑1 (MQ=255)
gTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcgcg < 1:503166/140‑1 (MQ=255)
gTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcgcg < 2:905855/140‑1 (MQ=255)
gTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcgcg < 1:2170322/140‑1 (MQ=255)
gTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATcgcgcgcg < 1:1295369/140‑1 (MQ=255)
aTGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTatat < 2:176329/140‑1 (MQ=255)
tCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATtcctc < 2:865659/140‑1 (MQ=255)
tgctgGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTcctcct < 1:2210541/140‑1 (MQ=255)
tgctgGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTcctcct < 2:884350/140‑1 (MQ=255)
tgctgGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTcctcct < 2:817048/140‑1 (MQ=255)
tgctgGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTcctcct < 1:108359/140‑1 (MQ=255)
tgctgGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTcctcct < 2:2311504/140‑1 (MQ=255)
tgctgGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTcctcct < 1:1407913/140‑1 (MQ=255)
gctgGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTAGATTCCTCCTg > 1:1653757/1‑140 (MQ=255)
ctgGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGt > 2:71134/1‑126 (MQ=255)
ctgGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGa > 2:1086207/1‑140 (MQ=255)
tgGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAg < 1:2217514/140‑1 (MQ=255)
ggCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGt > 1:2320887/1‑140 (MQ=255)
ggATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTAt < 2:766867/140‑1 (MQ=255)
gCCTGTGTGCCGTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATcc < 2:900581/140‑1 (MQ=255)
cTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCg < 2:283601/140‑1 (MQ=255)
tgtgCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTa > 2:566928/1‑140 (MQ=255)
gtgCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTAt < 1:163447/140‑1 (MQ=255)
gtgCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTAt < 2:672524/140‑1 (MQ=255)
tgCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTAtt > 2:1350803/1‑140 (MQ=255)
tgCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTAtt > 1:1372466/1‑140 (MQ=255)
ccATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTaa > 1:1424209/1‑140 (MQ=255)
ccATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTAAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTaa > 1:1836918/1‑140 (MQ=255)
tAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATg < 1:1169407/138‑1 (MQ=255)
tAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGcc > 2:2398991/1‑140 (MQ=255)
aaTGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGc > 1:837581/1‑140 (MQ=255)
tGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTc > 1:1755621/1‑140 (MQ=255)
tGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTc > 1:2248944/1‑140 (MQ=255)
ggTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCa < 2:1788818/140‑1 (MQ=255)
ggTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCa < 2:32110/140‑1 (MQ=255)
gTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCaa > 2:1555217/1‑140 (MQ=255)
tCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAAt > 2:2337253/1‑140 (MQ=255)
tCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAAt > 1:1003/1‑140 (MQ=255)
cAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATta > 2:432489/1‑140 (MQ=255)
aGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATtat < 2:241374/140‑1 (MQ=255)
cTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTc > 2:2219783/1‑140 (MQ=255)
tACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGAAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCa > 2:505552/1‑140 (MQ=255)
aCTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAg < 1:475944/140‑1 (MQ=255)
gcgcATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCgg < 2:2320887/140‑1 (MQ=255)
cgcATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTc > 1:2279999/1‑134 (MQ=255)
cgcATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTc < 2:2279999/134‑1 (MQ=255)
cgcATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGa > 2:1174844/1‑140 (MQ=255)
gcATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGaa < 1:941991/140‑1 (MQ=255)
gcATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGaa < 1:1358/140‑1 (MQ=255)
tCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATa < 1:797672/140‑1 (MQ=255)
ggATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAgtg > 1:1789749/1‑140 (MQ=255)
aTGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTa < 1:777658/140‑1 (MQ=255)
tGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTAc > 2:2043429/1‑140 (MQ=255)
tGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCT‑AATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGaa > 2:1415915/1‑140 (MQ=255)
ggTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGaa < 2:1229036/140‑1 (MQ=255)
ggTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGaa > 1:1624980/1‑140 (MQ=255)
gTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATa < 1:2341607/129‑1 (MQ=255)
gTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAAt > 2:849044/1‑140 (MQ=255)
gTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAAt > 2:1486379/1‑140 (MQ=255)
gTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAAt > 2:1584306/1‑140 (MQ=255)
gTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAAt > 2:270471/1‑140 (MQ=255)
gTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAAt > 2:2379931/1‑140 (MQ=255)
gTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAAt < 1:1217886/140‑1 (MQ=255)
gTCAGCAGCGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTCATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGaaa < 2:1646341/140‑2 (MQ=255)
agcagcGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCgg > 1:1765245/1‑140 (MQ=255)
agcagcGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCgg > 2:1369707/1‑140 (MQ=255)
gcagcGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGa < 2:1691136/140‑1 (MQ=255)
gcagcGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGa < 1:1565944/140‑1 (MQ=255)
gcagcGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGa < 1:1294438/140‑1 (MQ=255)
cagcGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTa < 1:52217/129‑1 (MQ=255)
cagcGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTa > 2:52217/1‑129 (MQ=255)
cGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTgg < 2:1424209/140‑1 (MQ=255)
cGACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTgg > 2:1452904/1‑140 (MQ=255)
gACTGAACCTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTggg < 1:72509/140‑1 (MQ=255)
cTGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAg < 2:2141673/140‑1 (MQ=255)
tGACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGc < 1:1032160/140‑1 (MQ=255)
gACGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGcc < 1:381374/140‑1 (MQ=255)
aCGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCa < 2:1836918/140‑1 (MQ=255)
aCGTTCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCa < 1:2107239/140‑1 (MQ=255)
|
CCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATGATGCCTGTGTGCCATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGACGATCCCTCAGGCATTTATGAGTAATCGCGCGCGTGGTTATATTCCTCCTGAGTTATGGGATCCCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCA > NC_000913/4545439‑4545709
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
