Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F28 I1 R1
|
180 |
66.5 |
2263572 |
99.4% |
2249990 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,422,141 |
T→C |
W273R (TGG→CGG) |
yhdY → |
putative ABC transporter membrane subunit YhdY |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,422,141 | 0 | T | C | 97.9%
| 322.0
/ ‑3.8
| 93 | W273R (TGG→CGG) | yhdY | putative ABC transporter membrane subunit YhdY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (41/50); total (42/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGACAAATTGATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCG > NC_000913/3422008‑3422276
|
cGACAAATTGATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGaaaa < 2:629143/140‑1 (MQ=255)
aCAAATTTATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACt > 1:178176/1‑140 (MQ=255)
aCAAATTGATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACt < 2:522952/140‑1 (MQ=255)
aCAAATTGATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACt > 1:271244/1‑140 (MQ=255)
aaaTTGATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCa > 1:839996/1‑140 (MQ=255)
aTTGATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAgg > 2:577044/1‑140 (MQ=255)
ttGATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCTGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTTGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAggg > 2:1002025/1‑140 (MQ=255)
ttGATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAggg > 1:177042/1‑140 (MQ=255)
ttGATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAggg < 2:1116704/140‑1 (MQ=255)
aTCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCt < 1:269044/140‑1 (MQ=255)
cgcgcgCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGt > 2:59235/1‑140 (MQ=255)
cgcgcTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTa < 2:903860/140‑1 (MQ=255)
cgcTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGAGCTGGTTAtt > 1:1053401/1‑140 (MQ=255)
gATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACGGGCGt > 2:140196/1‑140 (MQ=255)
tCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTg < 2:349949/140‑1 (MQ=255)
cagtcagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGt < 1:85374/140‑1 (MQ=255)
cagtcagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGt < 2:293544/140‑1 (MQ=255)
gtcagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTaa > 2:786462/1‑140 (MQ=255)
gtcagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTaa > 2:460811/1‑140 (MQ=255)
gtcagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTaa > 2:902465/1‑140 (MQ=255)
gtcagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTaa > 2:784646/1‑140 (MQ=255)
cagCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAAtt > 1:318343/1‑140 (MQ=255)
agCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTc < 2:442936/140‑1 (MQ=255)
gCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTcc < 1:255067/140‑1 (MQ=255)
gCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTcc > 1:150167/1‑140 (MQ=255)
atGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTggg < 2:203381/140‑1 (MQ=255)
atGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTggg < 2:150167/140‑1 (MQ=255)
atGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTggg < 2:839996/140‑1 (MQ=255)
tGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGc < 1:577044/140‑1 (MQ=255)
ttGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGTGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTg < 1:729231/140‑1 (MQ=255)
ggAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTaa > 2:669243/1‑140 (MQ=255)
ggAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTaa > 1:603171/1‑140 (MQ=255)
ggAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTaa > 1:457149/1‑140 (MQ=255)
ggAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTaa > 1:410021/1‑140 (MQ=255)
ggAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTaa > 1:373042/1‑140 (MQ=255)
ggAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTaa > 1:339069/1‑140 (MQ=255)
gAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTaaa < 2:594409/140‑1 (MQ=255)
gTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTggg < 2:775290/129‑1 (MQ=255)
gTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTggg > 1:775290/1‑129 (MQ=255)
gTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATa < 1:375433/139‑1 (MQ=255)
gTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATa > 2:375433/1‑139 (MQ=255)
gTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATAc < 2:410021/140‑1 (MQ=255)
tCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTaaa < 1:887275/136‑1 (MQ=255)
tCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTaaa > 2:887275/1‑136 (MQ=255)
gTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACcat > 1:1004262/1‑140 (MQ=255)
gTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGCCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACcat > 1:622315/1‑140 (MQ=255)
tGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACcatc > 2:259646/1‑140 (MQ=255)
aGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCg < 2:177042/140‑1 (MQ=255)
ggTGGATTACAGGCGCTGCCTAAGGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGc < 2:807232/140‑1 (MQ=255)
ggTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGc < 2:318343/140‑1 (MQ=255)
ggTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCT‑GTAAATACCATCATCGCa < 1:784646/140‑1 (MQ=255)
gTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACGGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCa < 1:140196/140‑1 (MQ=255)
gTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCa < 1:786462/140‑1 (MQ=255)
gTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGCGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCa < 2:1053401/140‑1 (MQ=255)
tGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCAc < 1:259646/140‑1 (MQ=255)
gATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCActc > 1:1055722/1‑140 (MQ=255)
gATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCActc < 2:339069/140‑1 (MQ=255)
cAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCaa < 2:1055722/140‑1 (MQ=255)
cAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCaa < 1:977343/140‑1 (MQ=255)
aGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCaaa < 1:59235/140‑1 (MQ=255)
ggCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAg > 2:221476/1‑140 (MQ=255)
gcgcTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGa > 2:1099835/1‑140 (MQ=255)
gcTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATa > 2:609467/1‑140 (MQ=255)
gcTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATa > 2:364216/1‑140 (MQ=255)
gcTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATa > 2:1109527/1‑140 (MQ=255)
cTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCa > 2:298219/1‑126 (MQ=255)
cTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCa < 1:298219/126‑1 (MQ=255)
cTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATAc > 2:123375/1‑140 (MQ=255)
cTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATAc > 1:432206/1‑140 (MQ=255)
cTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATAc < 1:460811/140‑1 (MQ=255)
cTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGc < 2:1004262/140‑1 (MQ=255)
tAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGcc < 2:271244/140‑1 (MQ=255)
gggCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGt < 2:373042/140‑1 (MQ=255)
gggCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGt < 1:902465/140‑1 (MQ=255)
cAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGAt < 2:610909/140‑1 (MQ=255)
cAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGAt < 2:945256/140‑1 (MQ=255)
cAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGAt < 1:1062753/140‑1 (MQ=255)
cAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGAt < 2:432206/140‑1 (MQ=255)
cAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGAt < 2:178176/140‑1 (MQ=255)
aaTATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGAt > 1:904100/1‑139 (MQ=255)
aaTATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGAt > 1:855169/1‑139 (MQ=255)
aaTATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGAt < 2:855169/139‑1 (MQ=255)
aaTATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGAt < 2:904100/139‑1 (MQ=255)
aGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCg > 2:617927/1‑140 (MQ=255)
aGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCg > 2:332225/1‑140 (MQ=255)
cAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGgttg > 2:33787/1‑140 (MQ=255)
gTCGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCg < 2:457149/140‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGAt < 2:338329/140‑1 (MQ=255)
gCTGGCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATc > 2:560973/1‑140 (MQ=255)
gCGTTGGGTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCtttt < 1:332225/140‑1 (MQ=255)
gggTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTa < 1:560973/140‑1 (MQ=255)
gTTACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATAGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGc < 1:669243/140‑1 (MQ=255)
ttACCGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCg < 1:829014/140‑1 (MQ=255)
|
CGACAAATTGATCCGCGCGCTGGTTGGCGTGATCCTGTTTCAGTCAGCATATGTTGCGGAAGTCGTGCGAGGTGGATTACAGGCGCTGCCTAAAGGGCAATATGAAGCGGCAGAGTCGCTGGCGTTGGGTTACTGGAAAACTCAGGGGCTGGTTATTCTGCCACAGGCGTTGAAGCTGGTAATTCCTGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCG > NC_000913/3422008‑3422276
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
