Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F28 I1 R1
|
227 |
52.0 |
1764248 |
99.3% |
1751898 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,074,362 |
(C)6→7 |
coding (2824/3120 nt) |
flu → |
CP4‑44 prophage; self recognizing antigen 43 (Ag43) autotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,074,356 | 1 | . | C | 95.5%
| 143.5
/ 0.1
| 44 | coding (2818/3120 nt) | flu | CP4‑44 prophage; self recognizing antigen 43 (Ag43) autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (18/24); total (19/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
CAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGT > NC_000913/2074218‑2074494
|
cAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑c > 1:247921/1‑140 (MQ=255)
aGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑cc > 1:814516/1‑140 (MQ=255)
aGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑cc > 1:152816/1‑140 (MQ=255)
ggACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑cccc < 2:152816/140‑1 (MQ=255)
aCTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑cccccc > 2:767926/1‑140 (MQ=255)
tCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑ccccccctgc > 2:601468/1‑136 (MQ=255)
tCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑ccccccctgc > 2:265387/1‑136 (MQ=255)
cTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCCTGCGTGa < 2:534156/140‑1 (MQ=255)
tGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGa < 1:843290/140‑1 (MQ=255)
ggATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGAc > 2:272258/1‑140 (MQ=255)
aCGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGc < 1:680696/140‑1 (MQ=255)
aCGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGc < 1:822387/140‑1 (MQ=255)
cGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCa > 2:448478/1‑140 (MQ=255)
aGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAaca < 2:247921/140‑1 (MQ=255)
gACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAAcaca < 1:334071/140‑1 (MQ=255)
cGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGtgtg < 2:433481/140‑1 (MQ=255)
ccGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgag < 2:31719/140‑1 (MQ=255)
gTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagtga > 2:104458/1‑140 (MQ=255)
tATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAAt < 1:104458/140‑1 (MQ=255)
gAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCg < 2:208386/140‑1 (MQ=255)
gTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTg < 1:244116/140‑1 (MQ=255)
tCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGaa < 2:814516/140‑1 (MQ=255)
tCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGaa < 2:52974/140‑1 (MQ=255)
tCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGaa < 1:272258/140‑1 (MQ=255)
cGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAAc > 1:295294/1‑140 (MQ=255)
gCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtgg < 1:253657/140‑1 (MQ=255)
cATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtggt < 1:601468/140‑1 (MQ=255)
cATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtggt < 1:265387/140‑1 (MQ=255)
cAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTa < 2:295294/140‑1 (MQ=255)
cacaACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGcc < 2:252764/140‑1 (MQ=255)
caTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCATGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTg > 2:808604/1‑140 (MQ=255)
gtgcgtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTa > 1:161326/1‑140 (MQ=255)
gtgcgtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTa > 1:468776/1‑140 (MQ=255)
gcgtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATc > 2:544077/1‑140 (MQ=255)
gtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCg < 1:448478/140‑1 (MQ=255)
tgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGc > 1:560695/1‑140 (MQ=255)
ccGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCAc > 1:441980/1‑140 (MQ=255)
ccGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCAc > 2:544195/1‑140 (MQ=255)
ccGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCAc > 2:41661/1‑140 (MQ=255)
ccGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCAc > 2:461572/1‑140 (MQ=255)
cGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCAcc > 2:30146/1‑140 (MQ=255)
tCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAg < 1:544195/140‑1 (MQ=255)
gCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCgggg < 2:441980/140‑1 (MQ=255)
gCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGgaga > 1:364769/1‑140 (MQ=255)
tatGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGtgtg > 1:134107/1‑140 (MQ=255)
tatGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGtgtg < 2:134107/140‑1 (MQ=255)
tGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGtgtg > 1:28087/1‑131 (MQ=255)
tGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGtgtg < 2:28087/131‑1 (MQ=255)
gAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTg < 1:30146/140‑1 (MQ=255)
tCCCGTGCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGa > 1:612960/1‑140 (MQ=255)
tG‑CCCCCCTGCGTGACCGTGGAAAACACGGGGGGAGTGAATTACCGGTGAACTTGGGGGTAAAGCCTTACGTTATCCCCCCCTTCCGCTTCCGGGGTGGTATGGGTGTGGGGGCCTCCACCGCAGGCAGCGGGATTACGt > 2:353796/1‑140 (MQ=255)
|
CAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGT > NC_000913/2074218‑2074494
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
