Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F28 I1 R1
|
227 |
52.0 |
1764248 |
99.3% |
1751898 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,310,738 |
A→G |
G81G (GGT→GGC) |
alsA ← |
D‑allose ABC transporter ATP binding subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,310,738 | 0 | A | G | 98.1%
| 181.0
/ ‑4.3
| 53 | G81G (GGT→GGC) | alsA | D‑allose ABC transporter ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (25/27); total (25/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 |
CGCGGACACGCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTCCTAGT > NC_000913/4310605‑4310873
|
cgcgGACACGCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGt > 1:200702/1‑140 (MQ=255)
cgcgGACACGCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGt > 2:272959/1‑140 (MQ=255)
cgGACACGCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTtg > 2:475108/1‑140 (MQ=255)
acGCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCg < 1:116895/140‑1 (MQ=255)
acGCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCg < 2:815205/140‑1 (MQ=255)
gCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCt < 1:204663/140‑1 (MQ=255)
gCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCt < 1:818834/140‑1 (MQ=255)
cATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTa > 1:200590/1‑140 (MQ=255)
ctcGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTa > 1:317844/1‑140 (MQ=255)
tCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAg > 1:24880/1‑140 (MQ=255)
tCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAg < 1:283135/140‑1 (MQ=255)
tCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAg > 1:515658/1‑140 (MQ=255)
cGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTGATTTATGATCCAGc < 2:33030/140‑1 (MQ=255)
cGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGc < 2:200590/140‑1 (MQ=255)
aataTTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGt < 2:214632/140‑1 (MQ=255)
ttGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTtata > 1:869806/1‑140 (MQ=255)
gACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGc < 2:750627/140‑1 (MQ=255)
gACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGc < 1:492160/140‑1 (MQ=255)
gACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGc < 1:877622/140‑1 (MQ=255)
aCGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTGTAGCt > 1:711636/1‑140 (MQ=255)
ccACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAAt < 1:514529/140‑1 (MQ=255)
aTTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGttatt < 1:618970/140‑1 (MQ=255)
ttttCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATtaatg < 1:630267/140‑1 (MQ=255)
gTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATtaatggtaat < 1:475108/140‑1 (MQ=255)
acCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATtaatggt < 2:713043/126‑1 (MQ=255)
acCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATtaatggt > 1:713043/1‑126 (MQ=255)
ccAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATtaatggtaatg < 1:594349/129‑1 (MQ=255)
ccAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATtaatggtaatg > 2:594349/1‑129 (MQ=255)
cAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTc < 2:766147/140‑1 (MQ=255)
atatatAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCgg < 2:200702/140‑1 (MQ=255)
taAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCAt > 2:541247/1‑140 (MQ=255)
ttCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTc > 1:462890/1‑140 (MQ=255)
tCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTTCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTcc > 2:187474/1‑140 (MQ=255)
cAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCgg < 1:549054/140‑1 (MQ=255)
tACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATa < 2:850261/140‑1 (MQ=255)
ttCATCAATAACGCTGAGTTTCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCa < 1:187474/140‑1 (MQ=255)
atcaATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTa > 1:545592/1‑140 (MQ=255)
tcaATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTc < 1:629317/135‑1 (MQ=255)
tcaATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTc > 2:629317/1‑135 (MQ=255)
tcaATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAg > 2:33824/1‑140 (MQ=255)
tcaATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAg > 1:60060/1‑140 (MQ=255)
caATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGc < 2:711636/140‑1 (MQ=255)
caATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGc < 1:33824/140‑1 (MQ=255)
tAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGc > 1:643190/1‑137 (MQ=255)
tAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGc < 2:643190/137‑1 (MQ=255)
ttCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCcg > 2:608468/1‑140 (MQ=255)
tCCTGATAAATAATCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATCCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCcgc < 2:506402/140‑1 (MQ=255)
ataaataaTCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTATTGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCcgc < 2:789789/135‑1 (MQ=255)
ataaataaTCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCcgc > 1:789789/1‑135 (MQ=255)
aaataaTCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCAttt > 2:317979/1‑140 (MQ=255)
atCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTcc > 2:482980/1‑140 (MQ=255)
tCCCGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTCCt > 2:295363/1‑140 (MQ=255)
ccGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTCCTAg > 2:576736/1‑140 (MQ=255)
cGATGCCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTCCTAGt < 2:456694/140‑1 (MQ=255)
|
CGCGGACACGCATTTCTCGCCAGTCGATAATATTGACGCCACAGATTTTTTTCGTCAGATGACGACCAATATATAAATTTTCCAGTACGGTTAATTCATCAATAACGCTGAGTTCCTGATAAATAATCCCGATACCGAGTTGTGCCGCTAATTTATGATCCAGCTTGTTATAGCTAATGTTATTAATGGTAATGGTGCCTTTGGTCGGCTCATGTATTCCGGATAAAACTTTCATTAGCGTGGATTTACCCGCGCCATTTTCTCCTAGT > NC_000913/4310605‑4310873
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
