Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F28 I1 R1
|
227 |
52.0 |
1764248 |
99.3% |
1751898 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,330,361 |
A→G |
intergenic (+123/‑141) |
yjcZ → / → proP |
uncharacterized protein YjcZ/osmolyte:H(+) symporter ProP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,330,361 | 0 | A | G | 94.6%
| 115.5
/ ‑1.6
| 37 | intergenic (+123/‑141) | yjcZ/proP | uncharacterized protein YjcZ/osmolyte:H(+) symporter ProP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (19/16); total (20/17) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
TGGCGTAAATAATCAGTTACATCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAA > NC_000913/4330231‑4330497
|
tGGCGTAAATAATCAGTTACATCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTa > 1:503483/1‑140 (MQ=255)
gCGTAAATAATCAGTTACATCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAAc > 1:651460/1‑140 (MQ=255)
gTAAATAATCAGTTACATCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCg > 2:719309/1‑140 (MQ=255)
aaaTAATCAGTTACATCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGa < 2:863691/140‑1 (MQ=255)
aaaTAATCAGTTACATCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGa < 1:363540/140‑1 (MQ=255)
cAGTTACATCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTa > 1:809128/1‑140 (MQ=255)
aTCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAAc > 1:760719/1‑140 (MQ=255)
tGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCt < 1:353413/140‑1 (MQ=255)
gTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACg < 1:719309/140‑1 (MQ=255)
tCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGc < 2:213336/140‑1 (MQ=255)
tCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGc < 2:809128/140‑1 (MQ=255)
tCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGc < 2:651460/140‑1 (MQ=255)
tCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGc < 2:496777/140‑1 (MQ=255)
ccTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCt < 1:178891/140‑1 (MQ=255)
ccTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCt > 2:579654/1‑140 (MQ=255)
aaTCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACaga > 1:115142/1‑140 (MQ=255)
tCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAgaga < 1:163132/140‑1 (MQ=255)
cATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGAtt < 1:579654/140‑1 (MQ=255)
gtgtgAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCa < 2:760719/140‑1 (MQ=255)
gtgtgAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCa > 2:189439/1‑140 (MQ=255)
gtgtgAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCa < 1:189439/140‑1 (MQ=255)
aaGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTg > 2:365543/1‑140 (MQ=255)
ggTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTTTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGc > 2:754855/1‑140 (MQ=255)
gTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGcc > 1:469561/1‑140 (MQ=255)
cATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGAttttt > 1:459602/1‑140 (MQ=255)
gCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGtt > 2:343624/1‑140 (MQ=255)
gCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGtt > 1:361695/1‑140 (MQ=255)
cAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGc < 2:361695/140‑1 (MQ=255)
ttCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGa > 2:481384/1‑140 (MQ=255)
cAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGaaa < 2:459602/140‑1 (MQ=255)
gCGTCAACTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATgg > 2:522506/1‑140 (MQ=255)
aaCTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCaa > 1:428156/1‑140 (MQ=255)
aaCTGGTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCaa > 2:865394/1‑140 (MQ=255)
ggTTTGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAActct < 2:115142/140‑1 (MQ=255)
ttGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCg > 2:702369/1‑140 (MQ=255)
tGATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGa > 1:660416/1‑140 (MQ=255)
gATTGTGCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAg < 2:660416/140‑1 (MQ=255)
tgtgCATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGaa > 1:203489/1‑140 (MQ=255)
|
TGGCGTAAATAATCAGTTACATCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAA > NC_000913/4330231‑4330497
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
