Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F13 I1 R1
|
21 |
2440.9 |
80198605 |
99.5% |
79797611 |
141.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,457,805 |
A→G |
N477D (AAC→GAC) |
gspD → |
Type II secretion system protein GspD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,457,805 | 0 | A | G | 99.3%
| 9941.1
/ 24.4
| 2381 | N477D (AAC→GAC) | gspD | Type II secretion system protein GspD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/8); new base G (1177/1187); total (1185/1196) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 2382 total aligned reads displayed.
GGAGTACTGCTTACCGCGCTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATAACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTCGACGCTCGGCCCGACG > NC_000913/3457658‑3457951
|
gCTTACCGCGCTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTa > 2:29368756/1‑149 (MQ=255)
cgtACCGCGCTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAAt < 2:29366641/148‑1 (MQ=255)
cTTACCGCGCTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTa < 1:29365755/148‑1 (MQ=255)
ttACCGCGCTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATa > 1:29368761/1‑150 (MQ=255)
aCCGCGCTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATa < 2:29366320/148‑1 (MQ=255)
aCCGCGCTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATAc < 1:29366818/149‑1 (MQ=255)
ccGCGCTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATAcc < 2:29366550/149‑1 (MQ=255)
cgcgCTGGCCAGTAACAATAAAAATGACCTCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCg < 2:29365369/149‑1 (MQ=255)
gcgcTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTc > 1:29368803/1‑150 (MQ=255)
cgcTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTGCAGGGGATGACGTCTTTAATACCg > 2:29368821/1‑147 (MQ=255)
gcTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGa < 1:29366907/150‑1 (MQ=255)
tGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGaa > 1:29368851/1‑149 (MQ=255)
gCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAAc < 1:29367217/148‑1 (MQ=255)
ccAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGc > 2:29368874/1‑149 (MQ=255)
aGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCaa > 1:29368904/1‑149 (MQ=255)
gTAACAATAAAAATGACATCCGCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATAACGTCGAACGCaaaa < 2:29365942/150‑1 (MQ=255)
tAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAAc < 2:29367828/150‑1 (MQ=255)
tAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAAc > 2:29368919/1‑150 (MQ=255)
aCAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACgg < 1:29362348/150‑1 (MQ=255)
aaTAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTg > 1:29368955/1‑150 (MQ=255)
aTAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACg > 2:29368978/1‑139 (MQ=255)
aaaaaTGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTggg > 1:29369000/1‑149 (MQ=255)
aaaaTGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGa < 1:29365932/150‑1 (MQ=255)
aaaTGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTgggg > 2:29369037/1‑148 (MQ=255)
aaaTGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGAc < 1:29367598/150‑1 (MQ=255)
aaTGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACa < 1:29366993/150‑1 (MQ=255)
aTGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACa > 1:29369048/1‑149 (MQ=255)
aCATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGa < 2:29366085/127‑1 (MQ=255)
cATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGaa > 2:29369079/1‑127 (MQ=255)
ccTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTACTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGAc > 1:29369115/1‑141 (MQ=255)
cTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCaaa < 1:29368012/150‑1 (MQ=255)
cTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCaaa < 1:29366699/150‑1 (MQ=255)
cTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCaaa < 2:29366741/150‑1 (MQ=255)
cTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCaa < 1:29367131/149‑1 (MQ=255)
tCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAg > 2:29369134/1‑150 (MQ=255)
gCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCCCAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGt < 1:29366585/149‑1 (MQ=255)
gCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGt < 1:29366494/149‑1 (MQ=255)
ccACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTa < 1:29367304/150‑1 (MQ=255)
ccACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTa > 1:29369163/1‑150 (MQ=255)
cACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCa < 2:29367174/143‑1 (MQ=255)
cACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTa > 2:29369183/1‑149 (MQ=255)
aCCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACt < 2:29366821/150‑1 (MQ=255)
aCCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACt > 1:29369202/1‑150 (MQ=255)
ccccAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTgg < 2:29366425/129‑1 (MQ=255)
ccAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTcc > 2:29369233/1‑149 (MQ=255)
aGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAg > 1:29369265/1‑150 (MQ=255)
gCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAgg > 2:29369270/1‑150 (MQ=255)
gCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAgg < 1:29365261/150‑1 (MQ=255)
cATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGt < 1:29367877/150‑1 (MQ=255)
tCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTc > 2:29369312/1‑141 (MQ=255)
tCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCa < 1:29367068/150‑1 (MQ=255)
cGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCaa > 1:29369320/1‑150 (MQ=255)
aCGCTGGCTAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGCTGCCGTCTTTACTACCGCCGAACGCAAAACgg > 2:29369363/1‑112 (MQ=255)
aCGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGa < 2:29367371/149‑1 (MQ=255)
aCGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGCGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGaa < 1:29367421/150‑1 (MQ=255)
gCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAgg > 1:29369373/1‑150 (MQ=255)
ggATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGGCAAAACTCAAAGTTACTCCGCAg > 1:29369417/1‑136 (MQ=255)
ggATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGa > 2:29369409/1‑150 (MQ=255)
taataaACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGtt > 2:29369449/1‑124 (MQ=255)
taaACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGgt < 1:29366112/150‑1 (MQ=255)
taaACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGgt < 1:29367494/150‑1 (MQ=255)
aaCTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGgtgt > 1:29369479/1‑150 (MQ=255)
cTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGtt < 2:29367289/149‑1 (MQ=255)
cTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTg > 2:29369492/1‑150 (MQ=255)
gcgTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTc < 2:29365687/150‑1 (MQ=255)
gcgGCCTTCAACGGGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCaaa < 2:29366230/111‑1 (MQ=255)
cgTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCt > 1:29369531/1‑148 (MQ=255)
cgTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCg < 1:29368541/150‑1 (MQ=255)
gTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCGCTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCt > 2:29369543/1‑147 (MQ=255)
cTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATACGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGNGACGCGGTGTTGCTCGaaa < 2:29367495/149‑1 (MQ=255)
tCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGaaa > 2:29369577/1‑147 (MQ=255)
aaCGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATagag > 1:29369592/1‑150 (MQ=255)
aaCGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATagag < 1:29366410/150‑1 (MQ=255)
gTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGc < 2:29367691/148‑1 (MQ=255)
ggggCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAgg > 1:29369631/1‑149 (MQ=255)
ggCAGGCTGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCCCTTCCGGGGATGACGTCTTTCATACCGTCGaa > 2:29369640/1‑68 (MQ=255)
ggATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGtctc > 1:29369682/1‑150 (MQ=255)
ggATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGtct > 2:29369684/1‑149 (MQ=255)
tgCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACg > 2:29369722/1‑68 (MQ=255)
cGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGtt > 1:29369738/1‑149 (MQ=255)
gTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGAc < 1:29366333/150‑1 (MQ=255)
cTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGActct > 2:29369770/1‑150 (MQ=255)
tATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCtt > 1:29369783/1‑150 (MQ=255)
cGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCACAGTTACTCCGCAGGCCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCctc > 2:29369815/1‑150 (MQ=255)
cGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCct < 2:29366904/149‑1 (MQ=255)
gTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGc < 1:29366251/94‑1 (MQ=255)
gTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGgtg < 2:29366984/103‑1 (MQ=255)
gTCACAGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTa > 1:29369836/1‑149 (MQ=255)
acaGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTc < 2:29367593/150‑1 (MQ=255)
aGACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAgg > 2:29369867/1‑78 (MQ=255)
gACCACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTCGAc < 2:29368533/150‑1 (MQ=255)
ccACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTCGACg < 1:29367705/149‑1 (MQ=255)
ccACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTCGACGc > 1:29369879/1‑150 (MQ=255)
cACTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTCGACGCt < 2:29368160/150‑1 (MQ=255)
cTTCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTCGACGCTCg < 1:29368257/150‑1 (MQ=255)
ttCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTCGACGCTCgg > 2:29369917/1‑150 (MQ=255)
tCAGGGGATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTCGACGCTCGGc > 1:29369926/1‑150 (MQ=255)
ggggATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGtt < 2:29367085/120‑1 (MQ=255)
ggATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCa < 2:29367956/113‑1 (MQ=255)
gATGACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTCGACGCTCGGCCCGAc > 1:29369967/1‑149 (MQ=255)
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GGAGTACTGCTTACCGCGCTGGCCAGTAACAATAAAAATGACATCCTCGCCACCCCAAGCATCGTAACGCTGGATAATAAACTCGCGTCCTTCAACGTGGGGCAGGATGTGCCGGTGCTATCCGGGTCACAGACCACTTCAGGGGATAACGTCTTTAATACCGTCGAACGCAAAACGGTGGGGACAAAACTCAAAGTTACTCCGCAGGTCAATGAAGGCGACGCGGTGTTGCTCGAAATAGAGCAGGAAGTCTCCAGCGTTGACTCTTCCTCTAACTCGACGCTCGGCCCGACG > NC_000913/3457658‑3457951
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
