Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F13 I1 R1
|
28 |
562.2 |
19051950 |
96.7% |
18423235 |
140.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,545,070 |
C→T |
intergenic (+41/‑26) |
fimC → / → fimD |
type 1 fimbriae periplasmic chaperone/type I fimbriae usher protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,545,070 | 0 | C | T | 99.0%
| 2604.9
/ 3.2
| 607 | intergenic (+41/‑26) | fimC/fimD | type 1 fimbriae periplasmic chaperone/type I fimbriae usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/4); new base T (296/304); total (299/308) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 607 total aligned reads displayed.
GCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCAC > NC_000913/4544923‑4545216
|
gCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCg > 2:9058436/1‑150 (MQ=255)
cGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCgg < 1:9057733/150‑1 (MQ=255)
aCGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGGAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAATAATTGACTGTCGGGTGAttt > 2:9058450/1‑150 (MQ=255)
aCGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGAttt < 2:9058072/150‑1 (MQ=255)
aCGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGAttt > 1:9058450/1‑150 (MQ=255)
aCGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGAttt < 1:9058072/150‑1 (MQ=255)
ggTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAGAAGAATTGACTGTCGGGt > 2:9058458/1‑143 (MQ=255)
aaaTTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGc < 1:9058216/149‑1 (MQ=255)
aaTTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCg < 1:9057925/150‑1 (MQ=255)
aaTTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCg > 1:9058469/1‑150 (MQ=255)
tGCCATCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCggag > 2:9058474/1‑150 (MQ=255)
ccTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCggagg < 1:9057481/149‑1 (MQ=255)
cTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGaa < 1:9057895/150‑1 (MQ=255)
ttCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGaa > 2:9058484/1‑149 (MQ=255)
tCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGaat > 1:9058487/1‑149 (MQ=255)
cTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGaata < 2:9058057/149‑1 (MQ=255)
aTGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCagagga < 2:9057924/143‑1 (MQ=255)
aTGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATg < 2:9057776/149‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAAGGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTc < 1:9057844/150‑1 (MQ=255)
gCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCa > 1:9058494/1‑150 (MQ=255)
aGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCata > 2:9058499/1‑150 (MQ=255)
aaGCAATATTACTTACTGAACAATAAATGATTATGGCGCTCTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCt < 2:9057875/150‑1 (MQ=255)
aGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTg < 2:9058180/150‑1 (MQ=255)
gCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCAAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAATCCGGACGAATAATGTCATATCTg > 1:9058510/1‑149 (MQ=255)
cAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGaa > 2:9058511/1‑150 (MQ=255)
atatTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAtt > 2:9058521/1‑150 (MQ=255)
atTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt > 1:9058529/1‑149 (MQ=255)
ttacttacCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTa < 2:9058095/149‑1 (MQ=255)
ttacttacCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTa < 1:9057951/149‑1 (MQ=255)
tacttacCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCggg > 2:9058534/1‑109 (MQ=255)
tacCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACtt > 1:9058545/1‑150 (MQ=255)
tacCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACtt > 2:9058544/1‑150 (MQ=255)
ccGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTa < 1:9058003/150‑1 (MQ=255)
cGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAc > 2:9058554/1‑150 (MQ=255)
cGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAc < 1:9057973/150‑1 (MQ=255)
gAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAc > 1:9058557/1‑149 (MQ=255)
cAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc < 1:9058259/150‑1 (MQ=255)
cAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATGTAAGACtt > 2:9058564/1‑143 (MQ=255)
aaTAAATGATCATGGCGCACTTACCCCCAAACTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGa < 2:9058137/139‑1 (MQ=255)
aTAAATGATTATGGCGCACGTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa < 2:9057701/150‑1 (MQ=255)
tAAATGAGTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGaa < 1:9057936/150‑1 (MQ=255)
aaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGTATTTAAGCCGGAGGAANAATGACATATCTGAATTTAAGACTGTACCAGCGaaa > 2:9058572/1‑149 (MQ=255)
aaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGaaa < 1:9058119/149‑1 (MQ=255)
gATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca > 1:9058579/1‑150 (MQ=255)
aTTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 2:9058227/149‑1 (MQ=255)
aTTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 2:9057609/149‑1 (MQ=255)
aTGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAAt > 2:9058585/1‑150 (MQ=255)
aTGGCGCACTGACCCCCAAAATGAGGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGaaa < 2:9057958/142‑1 (MQ=255)
tGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATg < 1:9057786/150‑1 (MQ=255)
gcgcACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTCCCAGCGAAACACACAATGc > 1:9058591/1‑149 (MQ=255)
gcgcACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCt < 1:9058167/150‑1 (MQ=255)
gcACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTg < 1:9058085/150‑1 (MQ=255)
cACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg < 2:9057737/131‑1 (MQ=255)
ttACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAGGACTGTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCata > 1:9058601/1‑150 (MQ=255)
tACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCata > 2:9058604/1‑149 (MQ=255)
cccAAAATGACGGGCGTAATGGAGTAACGCAGGAGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCg > 2:9058613/1‑149 (MQ=255)
cccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCg > 1:9058616/1‑149 (MQ=255)
ccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTa < 2:9057998/150‑1 (MQ=255)
cAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCtt < 2:9058027/138‑1 (MQ=255)
cAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGt > 1:9058624/1‑148 (MQ=255)
aaaTGACGGGCGTAATGGCATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAACAAGAATTGACTGCCGGGTGAttt > 2:9058628/1‑74 (MQ=255)
aaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGc < 1:9058015/150‑1 (MQ=255)
aTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCAt < 2:9058158/150‑1 (MQ=255)
gACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATc > 2:9058636/1‑149 (MQ=255)
aCGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCt < 2:9057978/95‑1 (MQ=255)
aCGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGt < 2:9058327/150‑1 (MQ=255)
gggCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGttt > 1:9058644/1‑150 (MQ=255)
gCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTgg > 2:9058646/1‑150 (MQ=255)
gTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCt > 1:9058654/1‑150 (MQ=255)
tAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTAGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGACTTTAAGACTTTAcc < 2:9057863/105‑1 (MQ=255)
aaaggAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGc < 2:9058201/118‑1 (MQ=255)
ggAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGttt > 2:9058662/1‑150 (MQ=255)
aaTAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGttttt > 1:9058665/1‑150 (MQ=255)
aaTAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGttttt < 1:9058134/150‑1 (MQ=255)
aaTAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAANAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGATACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGc < 2:9058109/142‑1 (MQ=255)
aCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTg < 1:9057681/149‑1 (MQ=255)
aCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTg < 2:9058018/149‑1 (MQ=255)
aCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGt < 2:9058300/150‑1 (MQ=255)
gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTcc > 1:9058675/1‑150 (MQ=255)
gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTcc < 1:9057805/150‑1 (MQ=255)
aGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGCATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATCTTCGTAATCATCGTTTGGCTGGCTTTTTTGt > 2:9058677/1‑146 (MQ=255)
ggAATTTTTCGCCTGGATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCg > 1:9058688/1‑150 (MQ=255)
gAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGt > 2:9058690/1‑150 (MQ=255)
aaTTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGtt < 1:9058304/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGTCTTGTTTTTTTGTCCGACTCGTTg > 1:9058698/1‑150 (MQ=255)
tttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACCGTCGGGTGATTTTAAGCCNGAGGACTAATGTCATATCTGAATTTAACACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGTATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACt < 2:9058367/142‑1 (MQ=255)
ttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCg < 1:9058196/149‑1 (MQ=255)
cGCCTGAATAAAAATAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTTTCGcc > 1:9058708/1‑149 (MQ=255)
cGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATGTTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTATGTCCGa > 2:9058708/1‑137 (MQ=255)
tGAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGc > 1:9058718/1‑150 (MQ=255)
gAATAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCt > 2:9058720/1‑150 (MQ=255)
aTAAAAAGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCtt < 1:9058360/149‑1 (MQ=255)
aaaaaGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGACTTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTg > 1:9058728/1‑150 (MQ=255)
aaaaGAATTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTg < 1:9058033/149‑1 (MQ=255)
aaaGAATTGACTGTCGGGCGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTggg > 2:9058734/1‑113 (MQ=255)
aaTTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGca > 1:9058742/1‑149 (MQ=255)
aTTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCNTATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATCCTTGCATATCCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGcaca < 2:9058247/150‑1 (MQ=255)
aTTGACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGcaca < 1:9058234/150‑1 (MQ=255)
gACTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAgg > 1:9058749/1‑149 (MQ=255)
cTGTCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTCAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGGCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCAc > 1:9058757/1‑150 (MQ=255)
|
GCGAAAGCACGGTTAAATTGCCTTCTGATGCAGGAAGCAATATTACTTACCGAACAATAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCTGGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCAC > NC_000913/4544923‑4545216
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
