Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F13 I1 R1
|
15 |
2083.3 |
68373553 |
99.6% |
68100058 |
141.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,549,187 |
C→T |
A127V (GCG→GTG) |
fimH → |
type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,549,187 | 0 | C | T | 99.7%
| 9319.9
/ 1.6
| 2048 | A127V (GCG→GTG) | fimH | type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/4); new base T (954/1086); total (956/1092) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 |
Only 100 of 2085 total aligned reads displayed.
CACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGG > NC_000913/4549040‑4549333
|
tGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCtt > 2:33470595/1‑149 (MQ=255)
gCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTa > 1:33470608/1‑150 (MQ=255)
cAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTa < 1:33469569/149‑1 (MQ=255)
aaCGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTAtt < 1:33468199/150‑1 (MQ=255)
aaCGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGCGGCCGCTGGTGCTTTAtt < 2:33469184/150‑1 (MQ=255)
gAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGa > 2:33470665/1‑150 (MQ=255)
gAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGa < 2:33469107/150‑1 (MQ=255)
gAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGa > 1:33470662/1‑150 (MQ=255)
ggCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCtgt > 1:33470703/1‑150 (MQ=255)
gCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCtgtg < 1:33468699/150‑1 (MQ=255)
ttATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGa > 2:33470732/1‑149 (MQ=255)
tATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAg > 1:33470739/1‑149 (MQ=255)
tGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAg < 2:33468403/150‑1 (MQ=255)
ggcggcGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAg < 1:33469630/149‑1 (MQ=255)
gcggcgTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTg < 1:33468994/150‑1 (MQ=255)
ggcgTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTgc > 2:33470779/1‑149 (MQ=255)
ggcgTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTacg > 1:33470780/1‑150 (MQ=255)
tATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCtgtgcg > 2:33470825/1‑134 (MQ=255)
tATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTgcgggc < 2:33468635/146‑1 (MQ=255)
tATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGAGAAGCCGTGGCNGGGGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGcgggcggg > 1:33470826/1‑149 (MQ=255)
aTCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCgggg < 1:33468776/149‑1 (MQ=255)
tCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGt < 2:33469402/149‑1 (MQ=255)
ctttttCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCACTGCGGGCGGGGTGGCg < 2:33469467/148‑1 (MQ=255)
aTTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGc < 1:33467744/148‑1 (MQ=255)
aTTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCg > 2:33470864/1‑149 (MQ=255)
aTTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCg < 2:33469026/149‑1 (MQ=255)
tttttCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGAt > 1:33470872/1‑150 (MQ=255)
tttttCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGAt < 1:33468622/150‑1 (MQ=255)
ttttCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTg < 2:33468861/117‑1 (MQ=255)
ccGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTaaa < 2:33469280/149‑1 (MQ=255)
cGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTaaa < 1:33468338/148‑1 (MQ=255)
gggACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCt > 1:33470914/1‑150 (MQ=255)
ggACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTg > 2:33470915/1‑150 (MQ=255)
cGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCt > 1:33470944/1‑149 (MQ=255)
gTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGc < 2:33468925/109‑1 (MQ=255)
aaaaTATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCAt > 2:33470962/1‑149 (MQ=255)
aaaTATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTa < 2:33468735/150‑1 (MQ=255)
atatAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGGGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAAt > 1:33470991/1‑150 (MQ=255)
tataGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATACGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCt > 2:33471004/1‑105 (MQ=255)
aGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGcc > 1:33471028/1‑150 (MQ=255)
gTGGCAGTAGCTATCCCTTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCg < 1:33468859/150‑1 (MQ=255)
gTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGcc < 1:33469179/149‑1 (MQ=255)
gCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTg < 1:33469302/149‑1 (MQ=255)
cAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCt > 2:33471055/1‑150 (MQ=255)
aGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAACCGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCtt < 2:33469345/150‑1 (MQ=255)
aGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCt > 1:33471067/1‑149 (MQ=255)
gCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTACAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTAttt > 2:33471097/1‑150 (MQ=255)
cTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTAtttt > 1:33471109/1‑150 (MQ=255)
ccATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGt > 2:33471145/1‑137 (MQ=255)
ccATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGa > 1:33471146/1‑150 (MQ=255)
ttCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGa > 2:33471186/1‑150 (MQ=255)
tCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGAc > 1:33471198/1‑150 (MQ=255)
ccTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGAc < 2:33467789/149‑1 (MQ=255)
cTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGAc < 1:33469899/148‑1 (MQ=255)
tACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACa < 1:33468477/144‑1 (MQ=255)
ccaccaGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACcaac > 1:33471233/1‑149 (MQ=255)
caccaGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACcaacaa < 2:33470349/150‑1 (MQ=255)
caccaGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACcaacaa > 2:33471232/1‑150 (MQ=255)
caccaGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACcaac < 1:33469996/148‑1 (MQ=255)
gCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACtat > 1:33471273/1‑149 (MQ=255)
gAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATaa > 2:33471276/1‑149 (MQ=255)
aaCGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAg < 2:33470123/150‑1 (MQ=255)
gccgcGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGCGCGGGGTGGCGAGTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTAtt > 2:33471314/1‑121 (MQ=255)
gacgcgcgTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGa < 2:33468307/125‑1 (MQ=255)
ccgcGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCgat > 1:33471318/1‑150 (MQ=255)
ccgcGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTACGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCgat < 1:33468929/150‑1 (MQ=255)
cgcgTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCgatgat > 1:33471354/1‑150 (MQ=255)
gcgTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCgatg < 2:33469720/147‑1 (MQ=255)
gcgTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGAtt > 2:33471360/1‑150 (MQ=255)
gttgttTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTc < 1:33469685/150‑1 (MQ=255)
tgttTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGc > 2:33471398/1‑139 (MQ=255)
gttTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCa < 1:33469505/149‑1 (MQ=255)
gttTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCa < 2:33469783/149‑1 (MQ=255)
gttTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAg > 1:33471403/1‑150 (MQ=255)
tataATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGtt < 1:33470469/149‑1 (MQ=255)
tataATTCGAGAACGGATAAGCAGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGtt < 1:33469242/149‑1 (MQ=255)
ataATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTtg > 2:33471431/1‑150 (MQ=255)
aaTTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTtgtg > 1:33471450/1‑150 (MQ=255)
aTTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTtgtg < 1:33469441/149‑1 (MQ=255)
aTTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTtgtg < 1:33469361/149‑1 (MQ=255)
tCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGt < 2:33469858/142‑1 (MQ=255)
gagaACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGaa > 1:33471482/1‑150 (MQ=255)
agaACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGaa > 2:33471485/1‑149 (MQ=255)
aaCGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAata < 1:33469129/149‑1 (MQ=255)
aCGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAatat < 2:33469548/149‑1 (MQ=255)
cGGATAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATAttt < 1:33470196/150‑1 (MQ=255)
cGGATAAGCCGTGGACGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATAttt < 1:33469054/150‑1 (MQ=255)
ggATGAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTtg < 2:33468535/137‑1 (MQ=255)
aTAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGa > 2:33471530/1‑141 (MQ=255)
aTAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACg > 1:33471526/1‑150 (MQ=255)
tAAGCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACg < 1:33468018/149‑1 (MQ=255)
gCCGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACcaa > 1:33471565/1‑102 (MQ=255)
ccGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATAtt < 2:33466884/141‑1 (MQ=255)
ccGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCaat < 1:33469791/150‑1 (MQ=255)
ccGTGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCGGTGAGCAGGGCGGGCGGGGTGGCGGTTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCgat < 2:33468108/117‑1 (MQ=255)
tGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCaataat > 1:33471591/1‑150 (MQ=255)
tGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCaataat < 1:33466676/150‑1 (MQ=255)
tGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCaa < 2:33469624/146‑1 (MQ=255)
tGGCCGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCCGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCaataat > 2:33471589/1‑150 (MQ=255)
ccGGTGGTGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAatgat < 2:33470014/150‑1 (MQ=255)
|
CACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGG > NC_000913/4549040‑4549333
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
