Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F13 I1 R1
|
106 |
290.2 |
13814944 |
99.7% |
13773499 |
98.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,767,507 |
(C)7→8 |
intergenic (+152/‑203) |
rnlB → / → yfjP |
CP4‑57 prophage; antitoxin RnlB/CP4‑57 prophage; putative GTP‑binding protein YfjP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,767,500 | 1 | . | C | 95.1%
| 892.2
/ 30.3
| 224 | intergenic (+145/‑210) | rnlB/yfjP | CP4‑57 prophage; antitoxin RnlB/CP4‑57 prophage; putative GTP‑binding protein YfjP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/9); new base C (96/117); total (98/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTG > NC_000913/2767400‑2767595
|
cATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAAtt‑t > 2:4025079/1‑101 (MQ=255)
aTGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAAtt‑t < 1:4024785/101‑1 (MQ=255)
aTGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑c < 2:4024497/101‑1 (MQ=255)
aTGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑c < 2:4024741/101‑1 (MQ=255)
ttAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑ccccccc < 1:4024639/101‑1 (MQ=255)
tAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑cccccccc < 1:4024895/101‑2 (MQ=255)
aaCTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑cccccccct < 2:4024714/101‑3 (MQ=255)
aCTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑cccccccct < 1:4024604/101‑3 (MQ=255)
aCTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑cccccccct < 1:4024879/101‑3 (MQ=255)
gTCCAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTaaa < 1:4024359/101‑1 (MQ=255)
tCCAATATGATCAAATAGCATTAACCCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTaaa < 1:4024934/101‑1 (MQ=255)
ccAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACt < 2:4024779/101‑1 (MQ=255)
ccAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACt < 2:4024834/101‑1 (MQ=255)
cAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACtt < 1:4024842/101‑1 (MQ=255)
aaTATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTtc < 2:4024675/101‑1 (MQ=255)
gATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAAAACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCaat > 2:4025110/1‑101 (MQ=255)
aTCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑CCCCCCCcttta > 1:4025113/1‑87 (MQ=255)
cAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCaataat < 1:4024661/101‑1 (MQ=255)
aaaTAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATg < 1:4024561/101‑1 (MQ=255)
aaaTAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑c > 2:4025119/1‑75 (MQ=255)
aaTAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGt > 1:4025122/1‑101 (MQ=255)
aTAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTc < 2:4024970/101‑1 (MQ=255)
tAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCa < 2:4024104/101‑1 (MQ=255)
tAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCa < 2:4024801/101‑1 (MQ=255)
aGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑cac > 1:4025126/1‑71 (MQ=255)
aTTAACCCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCa > 2:4025129/1‑101 (MQ=255)
ttAA‑CCCCACCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTc > 1:4025131/1‑96 (MQ=255)
aa‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAAttt < 1:4024824/101‑1 (MQ=255)
cccc‑cccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAAt < 1:4024797/97‑1 (MQ=255)
cccc‑cccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTc < 1:4024601/101‑1 (MQ=255)
ccc‑cccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCt < 2:4024609/101‑1 (MQ=255)
cc‑cccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTg > 2:4025141/1‑101 (MQ=255)
cc‑cccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTg > 1:4025138/1‑101 (MQ=255)
cc‑cccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTg > 1:4025140/1‑101 (MQ=255)
c‑cccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTgg < 1:4024710/101‑1 (MQ=255)
c‑cccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTgg < 2:4024913/101‑1 (MQ=255)
ccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGaa < 2:4024726/101‑1 (MQ=255)
ccTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGaa < 2:4024811/101‑1 (MQ=255)
cTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGaaa > 2:4025143/1‑101 (MQ=255)
cTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGaaa > 2:4025146/1‑101 (MQ=255)
cacaACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATc > 1:4025148/1‑101 (MQ=255)
acaACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATcc < 2:4024854/101‑1 (MQ=255)
caACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCt < 1:4024479/101‑1 (MQ=255)
caACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCt < 2:4024788/101‑1 (MQ=255)
aaCGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTa > 2:4025152/1‑101 (MQ=255)
aaCGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTa > 1:4025154/1‑101 (MQ=255)
aCGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTat > 2:4025156/1‑101 (MQ=255)
cGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatg < 1:4024804/101‑1 (MQ=255)
tCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgat < 1:4024702/101‑1 (MQ=255)
tCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgat > 1:4025159/1‑101 (MQ=255)
ccTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatgatg > 2:4025160/1‑101 (MQ=255)
tGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGcc > 2:4025163/1‑101 (MQ=255)
tGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGcc > 2:4025165/1‑101 (MQ=255)
gCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCt > 2:4025169/1‑101 (MQ=255)
gCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCt < 2:4024765/101‑1 (MQ=255)
cATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCtt > 2:4025171/1‑101 (MQ=255)
aTAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCATCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCttt > 2:4025175/1‑101 (MQ=255)
aTAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCttt > 1:4025174/1‑101 (MQ=255)
tAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTc < 2:4024925/101‑1 (MQ=255)
aGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTcc > 1:4025180/1‑101 (MQ=255)
aGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTcc > 2:4025179/1‑101 (MQ=255)
aGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTcc > 2:4025182/1‑101 (MQ=255)
ggAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCg < 1:4024682/101‑1 (MQ=255)
gAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATTCC‑‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCgg < 1:4025049/101‑1 (MQ=255)
aaCACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGt < 1:4024906/101‑1 (MQ=255)
aaCACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGt < 1:4024773/101‑1 (MQ=255)
acacGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTa < 1:4024806/101‑1 (MQ=255)
acacGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTa > 1:4025186/1‑101 (MQ=255)
acGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTaaa > 1:4025188/1‑101 (MQ=255)
cGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAAt < 2:4024886/101‑1 (MQ=255)
cGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑cccccccc < 1:4024757/39‑2 (MQ=255)
gTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATg < 2:4024873/101‑1 (MQ=255)
gTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATg > 2:4025190/1‑101 (MQ=255)
ttttCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TCCCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATg < 2:4024945/101‑1 (MQ=255)
ttttCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATgg < 2:4024868/101‑1 (MQ=255)
ttttCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATgg < 1:4024849/101‑1 (MQ=255)
tttCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGt < 2:4024466/101‑1 (MQ=255)
tttCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGt < 2:4025054/101‑1 (MQ=255)
ttCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑TCCCCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGt > 2:4025193/1‑101 (MQ=255)
cccTGTGCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCtg < 2:4024820/101‑1 (MQ=255)
tgtgCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGa < 1:4024830/101‑1 (MQ=255)
gtgCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAg > 1:4025197/1‑101 (MQ=255)
tgCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGt < 1:4024923/101‑1 (MQ=255)
gCACCCACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGtt > 2:4025198/1‑101 (MQ=255)
cccACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCaata < 1:4024648/39‑1 (MQ=38)
cccACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTatga < 1:4024874/68‑1 (MQ=255)
cccACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAg > 1:4025200/1‑101 (MQ=255)
ccACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGa > 2:4025203/1‑101 (MQ=255)
cACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGaa > 2:4025206/1‑101 (MQ=255)
cACGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGaa > 1:4025208/1‑101 (MQ=255)
aCGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTc < 1:4024737/51‑1 (MQ=39)
aCGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGaaa < 1:4024768/101‑1 (MQ=255)
aCGACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGaaa < 2:4024897/101‑1 (MQ=255)
gACTAAATTCC‑‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGa < 1:4024863/101‑1 (MQ=255)
gACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGaa > 2:4025214/1‑98 (MQ=255)
gACTAAATT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGa > 1:4025210/1‑101 (MQ=255)
aaaTT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCt > 2:4025217/1‑101 (MQ=255)
aaaTT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCt > 2:4025219/1‑101 (MQ=255)
aaaTT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCt < 1:4024749/101‑1 (MQ=255)
aaTT‑TC‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTg < 1:4025101/101‑1 (MQ=255)
|
CATGATATTAACTTGTCCAATATGATCAAATAGCATTAA‑CCCC‑CCCTCACAACGTCCTGCATAGGGAACACGTTTTCCCCTGTGCACCCACGACTAAATT‑T‑‑CCCCCCCTTTAAACTTCTCAATAATGTCACCAATTTTCTGGAAATCCTATGATGCCTTTCCCGGTAAATGGTGCTGTGAGTTCAGAAAGATTCTG > NC_000913/2767400‑2767595
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
