Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F56 I13 R1
|
121 |
87.9 |
3230772 |
95.5% |
3085387 |
127.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP006881 |
3,407,798 |
A→G |
S112G (AGC→GGC) |
U712_17495 → |
Uncharacterized protein yvpB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP006881 | 3,407,798 | 0 | A | G | 98.7%
| 263.1
/ ‑4.3
| 74 | S112G (AGC→GGC) | U712_17495 | Uncharacterized protein yvpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (39/34); total (40/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 |
ACAATCAAATGGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACAGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCTATGCGGGAGACAAAGTGTCTGATCTGACT > CP006881/3407664‑3407932
|
aCAATCAAATGGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATAcggca < 8:72488/138‑1 (MQ=255)
aCAATCAAATGGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATAcggca < 4:218591/138‑1 (MQ=255)
caatc‑aatGGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc < 6:128153/138‑1 (MQ=255)
cAATCAAATTGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc < 1:99756/139‑1 (MQ=255)
cAATCAAATGGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc < 8:179255/139‑1 (MQ=255)
tCAAATGGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGa > 5:277525/1‑139 (MQ=255)
tCAAATGGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGa < 3:216556/139‑1 (MQ=255)
aaTGGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTa < 5:208790/139‑1 (MQ=255)
aTGGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTa > 6:127456/1‑138 (MQ=255)
aCCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGAt > 1:224538/1‑139 (MQ=255)
aCCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGAt > 6:66587/1‑139 (MQ=255)
gCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc > 1:338318/1‑118 (MQ=255)
gCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc < 2:338318/118‑1 (MQ=255)
ctctATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATg > 1:142492/1‑139 (MQ=255)
tataACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc < 5:59768/114‑1 (MQ=255)
tataACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc > 6:59768/1‑114 (MQ=255)
taACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc > 6:234598/1‑112 (MQ=255)
taACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc < 5:234598/112‑1 (MQ=255)
taACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGa > 5:141383/1‑139 (MQ=255)
aaCGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGAt < 5:186325/139‑1 (MQ=255)
aaCGGCTGTGAAGTAACAAGCCATGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGGGATCCGAATGACGGAt < 7:20318/139‑1 (MQ=255)
aCGTCTGTTAAGTCACAATCCTGGCGATGTTGCTGAATTCTGCTTGAGACTAAGTGACAAAAAATACCCTGGAAAATAAGTTTGCCACAGTGCCTATTAAAAACGGCATCTTATTAAAGGGTGAGGCGACTGACTGAt < 4:273596/138‑1 (MQ=255)
aCGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGAt < 3:357405/138‑1 (MQ=255)
cGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGAttt < 2:224538/139‑1 (MQ=255)
gCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATAcggca < 4:105404/105‑1 (MQ=255)
gCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATAcggca > 3:105404/1‑105 (MQ=255)
gtgAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCgg > 2:216314/1‑139 (MQ=255)
gtgAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCgg > 8:20561/1‑139 (MQ=255)
gtgAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACACTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCgg > 5:9151/1‑139 (MQ=255)
tAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGatat < 5:66587/139‑1 (MQ=255)
aCAAGCCTTGCGTTGGTTCTGAATTATGCTGTATACGACGTGACAATAAATACCCTGTGAAATCTGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTTAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATgg < 5:44124/139‑1 (MQ=255)
aCAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATgg > 1:22319/1‑139 (MQ=255)
aCAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATgg < 7:272953/139‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGaa < 3:398723/139‑1 (MQ=255)
tGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGc > 8:332287/1‑139 (MQ=255)
tGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGc > 4:181899/1‑139 (MQ=255)
tGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGc > 7:201258/1‑139 (MQ=255)
tGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGc > 7:317556/1‑139 (MQ=255)
gCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc > 3:330574/1‑87 (MQ=255)
gCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACggcagc < 4:330574/87‑1 (MQ=255)
cGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGccc < 3:181899/139‑1 (MQ=255)
gATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAACTACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCt < 8:394282/139‑1 (MQ=255)
gTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGa > 5:239229/1‑127 (MQ=255)
gTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGa < 6:239229/127‑1 (MQ=255)
gTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGtc > 2:96782/1‑139 (MQ=255)
tGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGtct < 1:216314/139‑1 (MQ=255)
tGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGtct > 6:48411/1‑139 (MQ=255)
cTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCg < 2:22319/139‑1 (MQ=255)
cTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCg < 1:96782/139‑1 (MQ=255)
cTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCg < 6:9151/139‑1 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGAtt > 7:375706/1‑99 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGAtt > 5:352238/1‑99 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGAtt < 6:352238/99‑1 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGAtt < 8:375706/99‑1 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCg > 1:175921/1‑131 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCg < 2:175921/131‑1 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTAc > 7:382613/1‑139 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTAc > 7:375725/1‑139 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTAc > 7:187811/1‑139 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTAc > 6:3259/1‑139 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTAc > 5:22585/1‑139 (MQ=255)
tGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATAAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTAc > 6:327766/1‑139 (MQ=255)
gATACGACGTGACAAAAAATACCCTTGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCg < 2:241396/139‑1 (MQ=255)
gATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGgtgt < 4:393051/130‑1 (MQ=255)
gATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGgtgt > 3:393051/1‑130 (MQ=255)
gATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATc > 1:75080/1‑138 (MQ=255)
gATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCg > 3:328434/1‑139 (MQ=255)
cgacgTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGAcc < 1:88945/138‑1 (MQ=255)
acgTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGAt < 4:189902/139‑1 (MQ=255)
gACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTAt > 3:175348/1‑139 (MQ=255)
gACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCAACGACCGATCTAt > 2:276089/1‑139 (MQ=255)
cccTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGaa < 7:332287/139‑1 (MQ=255)
cccTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGGCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGaa < 2:142492/139‑1 (MQ=255)
tGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAAc > 5:333248/1‑139 (MQ=255)
ggCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAAc > 4:398797/1‑138 (MQ=255)
gCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAAcc > 4:196077/1‑138 (MQ=255)
gCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCt < 8:366002/139‑1 (MQ=255)
atgTTGCCACAGTTCCTTTGACATACGGCAGCGTATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCTATGCgg < 6:277525/136‑1 (MQ=255)
ggTTGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCTATGCGGga < 8:382613/139‑1 (MQ=255)
ttGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGcc > 6:151782/1‑81 (MQ=255)
ttGCCACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGcc < 5:151782/81‑1 (MQ=255)
ccACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCTATGCGGGAGACaa < 6:138284/139‑1 (MQ=255)
ccACAGTGCCTTTGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCTATGCGGGAGACaa < 1:376310/139‑1 (MQ=255)
tGCCTTTGACATACAGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCTATGCGGGAGACAAAGTGtc > 8:180435/1‑139 (MQ=255)
tttGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCt > 7:94908/1‑116 (MQ=255)
tttGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCt < 8:94908/116‑1 (MQ=255)
ttGACATACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCTATGCGGGAGACAAAGTGtctgatc > 7:48417/1‑139 (MQ=255)
aTACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCTATGCGGGAGACAAAGTGTCTGATCTGACt > 7:55/1‑139 (MQ=255)
aTACGGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCTATGCGGGAGACAAAGTGTCTGATCTGACt > 5:321494/1‑139 (MQ=255)
|
ACAATCAAATGGACGCACCCCGGCTCTATAACGGCTGTGAAGTAACAAGCCTTGCGATGGTGCTGAATTATGCGGGATACGACGTGACAAAAAATACCCTGGCAAATCAGGTTGCCACAGTGCCTTTGACATACAGCAGCGGATTAAAGGGTGATCCGAATGACGGATTTGTCGGGGATATGGCGAATGGCCCTGGTCTCGGTGTCTACCATCGACCGATCTATCAGCTGGCGAAAACCTATGCGGGAGACAAAGTGTCTGATCTGACT > CP006881/3407664‑3407932
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
