Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A22 F8 I1 R1
|
11 |
75.7 |
2655044 |
92.7% |
2461225 |
143.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_bme_pgi |
3,440,086 |
C→A |
G315V (GGC→GTC) |
rpoA ← |
RNA polymerase, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_bme_pgi | 3,440,086 | 0 | C | A | 99.1%
| 313.2
/ NA
| 110 | G315V (GGC→GTC) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (59/49); total (60/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCA > NC_000913_3_bme_pgi/3439942‑3440225
|
tAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCag > 1:1114609/1‑149 (MQ=255)
aGCCTGGCGATGGCTGCGGTTTGGGTTGAGTGGACGACTGCTCTTCCGATGGCGTAGGACCTTATCCTTCGCGGTAAAACCTTAAGCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTGGCCGGTGGCCAGTCTTCCAGGCGCGTGACCaga < 2:1120558/149‑1 (MQ=255)
ccTGGCGATGGCTGCGGTTGCGGTTCAGTTGACGCCCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAgaga < 1:721729/149‑1 (MQ=255)
cTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGAc > 2:246809/1‑149 (MQ=255)
ggCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCGGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAg < 2:679162/149‑1 (MQ=255)
gctgctGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACgg > 1:99519/1‑149 (MQ=255)
tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCTTGACCAGAGACAGTCCAGGGGa > 2:678971/1‑149 (MQ=255)
tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGa > 1:47195/1‑149 (MQ=255)
tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGa > 1:718174/1‑149 (MQ=255)
tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTGTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCCCgggc > 1:52874/1‑148 (MQ=255)
gctgTTGCGGTTCAGTTGACCACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCTATGCTTGCCGGTGGCCATTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGaa < 1:316426/149‑1 (MQ=255)
tggtGCGGTTCAGTTGACGAGAACGCTTACGATGGTGCATGAGCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTGCTCGTCAGCCATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCGACGGGAAGc < 2:259764/146‑1 (MQ=255)
ttGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGTTTGTCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGCAGccc > 2:141397/1‑148 (MQ=255)
ttgggTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAg < 1:55426/146‑1 (MQ=255)
gTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACg > 1:39637/1‑149 (MQ=255)
ttCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGt > 1:96829/1‑149 (MQ=255)
ttCAGTTGACGACCACTCTTACGACGGCGGATGACCTTACCCGTCTCAGGAAAACCTTTCCCGGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGt < 1:441883/149‑1 (MQ=255)
aGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCTTGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCtt < 1:983440/149‑1 (MQ=255)
aGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCtt < 1:347460/149‑1 (MQ=255)
gacgacCACTCTTACGAGGGCGCATGACCTGATCCTTCGCAGTAAAGCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAt < 2:1243932/149‑1 (MQ=255)
gacCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtctc < 2:718174/149‑1 (MQ=255)
gacCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtctc < 2:47195/149‑1 (MQ=255)
acCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCa < 2:1114609/149‑1 (MQ=255)
ccACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAg > 2:596215/1‑149 (MQ=255)
cACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCCTGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCCCGTCTTTAATCTCatt > 2:647943/1‑147 (MQ=255)
tctTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCCCGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAag > 1:1241990/1‑149 (MQ=255)
tctTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAag > 2:840819/1‑149 (MQ=255)
tctTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAag > 2:673671/1‑149 (MQ=255)
ttACGATGGCGCATGACCTTTTAAGTGTCAGTAGAACCTTCACCTGTGATACGGTGACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAagag < 2:878032/149‑1 (MQ=255)
ttACGATGGCGCATGACCTTATCGTCCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAagag < 2:873467/149‑1 (MQ=255)
gATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAttt > 2:57291/1‑149 (MQ=255)
gcgcATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTAAGTAAGAGATTTTTTa > 1:227086/1‑149 (MQ=255)
cATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAATCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATCTTTTAcct > 2:672936/1‑148 (MQ=255)
tGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCCCGTCTTTAATCTCAGTAAGAGGTTTTTTACCAAg > 1:566682/1‑149 (MQ=255)
tGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAg > 2:574785/1‑149 (MQ=255)
ccTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGtt > 1:1126625/1‑149 (MQ=255)
cTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCaga < 1:437078/89‑1 (MQ=255)
cTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCaga > 2:437078/1‑89 (MQ=255)
cTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGtt < 1:600316/148‑1 (MQ=255)
cTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGtt > 2:600316/1‑148 (MQ=255)
cTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTa > 2:1162404/1‑149 (MQ=255)
ttCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGttt > 2:625130/1‑149 (MQ=255)
ttCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGACCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGATGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGAGAAGCCAGCACGTCTTTAATCGCAGTAAGAGATGTTTTACCAACGTTAGGCGtct > 2:790892/1‑147 (MQ=255)
ttgaGTACAGCCTTACCCTGTGATGCGGTTACTCGTCAACGATGTTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGGGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTa < 2:587680/146‑1 (MQ=255)
tcAGTAAAACCTTAAGCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCGCGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTGAGGCGTTTaaa > 2:1088337/1‑149 (MQ=255)
cAGTAACTCCTTATCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAg < 2:40694/149‑1 (MQ=255)
aGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACCGTCCACGAGAAGCACGCACGTCGTTAATCTCAGTAAGAGCTTTTTTACCAAGGTTAGGCGCTTTAAgg > 2:1207185/1‑149 (MQ=255)
gTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATGTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTCGGCGTTTTAAGGa > 2:1194076/1‑149 (MQ=255)
tAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAg > 1:728412/1‑149 (MQ=255)
tAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGACAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTCATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAg < 1:938345/149‑1 (MQ=255)
tAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTAGTCAGCGATCCTTCCAGGTAGCCACTTTTCCATGCGCATTCCCAGCGACATTCCCCAGAAACCAAGCACGTCTTTCATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCTAGATTAGGCTTATTAAgaca > 2:650480/1‑146 (MQ=255)
aaaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCCCGTCTTTGCTCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGc > 1:370974/1‑149 (MQ=255)
aaaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGc < 1:574785/149‑1 (MQ=255)
atccTTAACCTGTTATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTTTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTc < 1:742077/147‑1 (MQ=255)
cTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAAc < 2:1126625/149‑1 (MQ=255)
acTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCga > 1:56128/2‑148 (MQ=255)
cTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGAGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGt > 2:33368/1‑149 (MQ=255)
tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTa > 2:1232065/1‑149 (MQ=255)
tgtgATCCGAGTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCAAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCAGGGGAAGCCAGCACGACGTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAATGTTAGGCGTTTTCAGGAGCTCAATCTCggca > 2:956278/1‑147 (MQ=255)
gtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAtt > 1:557950/1‑107 (MQ=255)
tgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGTGCTCAACCTCGGTTCg > 1:64842/1‑149 (MQ=255)
gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGCAGCCGGAACGTCTTGATGCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGCCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGc > 2:145450/1‑149 (MQ=255)
gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGc > 1:738536/1‑149 (MQ=255)
aTCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCtt < 1:277342/86‑1 (MQ=255)
aTCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCt < 2:299615/149‑1 (MQ=255)
tCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTATTCCAGGCGCACGACCAGTGACAGTCGACGGGAACCCAGCACGTCTTTCACCTCAGTAGCAGAATCTTTACCAAGATTAGGCGCTTTAAGGAGCTCAACCTCGGCACGCTg > 2:870203/1‑149 (MQ=255)
cGGTTACTCGTCAGCGATCCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCCTGACCCGCGACAGTCCACGGGAAGGCAGCACCTCTTTATTCTCAGTATGAGATTTTTTAGCATGGGTAGGCGTTTTGAGGGGCTCAACCTCGGTACGCTGTa < 2:926991/149‑1 (MQ=255)
ggTTACTCGTCAGGGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTGTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTAc < 1:850749/149‑1 (MQ=255)
ggTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTAc > 1:901166/1‑149 (MQ=255)
aCTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGa < 1:1075584/149‑1 (MQ=255)
cTCGTCAGCGATGCGTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGCCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGAt < 2:854401/149‑1 (MQ=255)
gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCCCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCAc < 2:817674/149‑1 (MQ=255)
tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCAcc < 1:57291/149‑1 (MQ=255)
tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTGTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGATTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCATATCAcc > 1:1201919/1‑149 (MQ=255)
aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACAAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAGGGTTAGGCGTATTACGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGGACCAGCTCACCGa > 1:417802/1‑149 (MQ=255)
cGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCATCGagg > 2:329080/1‑147 (MQ=255)
cGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAAGCGGATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGata < 1:284001/149‑1 (MQ=255)
gATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGatat > 1:623432/1‑149 (MQ=255)
tGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAATTTTTACCAAGGTTTGGAGTTGTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAg < 1:647943/149‑1 (MQ=255)
gCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATGGCTTCt > 2:147647/1‑149 (MQ=255)
ccAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTg > 2:854378/1‑149 (MQ=255)
cAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc > 2:799548/1‑149 (MQ=255)
cAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACACTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc < 1:702544/149‑1 (MQ=255)
ttttCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTAGGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCttt > 1:216092/1‑149 (MQ=255)
tttCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTa > 2:433421/1‑149 (MQ=255)
ttCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACATCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTaa < 1:1134845/149‑1 (MQ=255)
gtCCAGGCGCGTGTCGAGAGATCGGCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTTAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTCGGCGTTGTAAGGAGCTCATCCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTaa < 2:880646/148‑1 (MQ=255)
tCCATGGGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGTCAGCACTTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGTATCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAg < 2:632492/149‑1 (MQ=255)
tCCAGGCGTATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGAACGTCAATAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAg < 1:246809/149‑1 (MQ=255)
tCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCtt < 2:658998/46‑1 (MQ=255)
tCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCtt > 1:658998/1‑46 (MQ=255)
ccAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTACGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAgg < 2:947683/149‑1 (MQ=255)
ccAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAgg < 1:596215/149‑1 (MQ=255)
catgcgcATGACCAGCGACAGTCCACGGGAGGTCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGTTACACTGTACCAGATCACCTATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGc < 2:484391/146‑1 (MQ=255)
cAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGc > 1:1127597/1‑149 (MQ=255)
cAGGCGCATCACCAGAGACAGTCCAGGTGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGc < 2:283969/149‑1 (MQ=255)
atgcgcATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGGACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGGTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGAACGTCGCGGCGGTGTTAGTGGATAGCTTCTGGTTTAAGGCa < 2:620877/147‑1 (MQ=255)
aGGCGGATGACCAGAGACAGACCACGGAAACCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTACTGCTTTAAGGCa > 1:1289740/1‑149 (MQ=255)
aGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCCACGATAAAGCAGATAGCTTCTGCTTTAAGGCa > 2:877550/1‑149 (MQ=255)
aGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGc > 2:443415/1‑134 (MQ=255)
|
TAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCA > NC_000913_3_bme_pgi/3439942‑3440225
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
