Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A18 F130 I1 R1
|
38 |
76.4 |
2725422 |
95.3% |
2597327 |
137.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_pae_tpiA |
3,075,359 |
T→C |
N275S (AAC→AGC) |
yggF ← |
fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 3,075,359 | 0 | T | C | 99.0%
| 330.6
/ ‑4.5
| 95 | N275S (AAC→AGC) | yggF | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (53/41); total (53/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
CACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCAT > NC_000913_3_pae_tpiA/3075212‑3075504
|
cACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGAATGTCGCTc > 2:658272/1‑150 (MQ=255)
aaTGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCa > 2:160629/1‑150 (MQ=255)
aTGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCAc > 2:810266/1‑150 (MQ=255)
aTGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCAc < 1:40741/150‑1 (MQ=255)
gCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCa < 3:106844/150‑1 (MQ=255)
tCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATcg > 1:580728/1‑150 (MQ=255)
cTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATcga < 3:471323/150‑1 (MQ=255)
attatattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATcgagc < 2:196907/150‑1 (MQ=255)
tatattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATcgagcga < 2:408796/150‑1 (MQ=255)
tattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGt < 4:342691/150‑1 (MQ=255)
ttaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTCCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTACCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTaa > 2:712786/1‑149 (MQ=255)
acGTTTGGTCTGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGGCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTacacac > 2:123868/1‑150 (MQ=255)
cGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACg < 2:140400/150‑1 (MQ=255)
gTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACgg > 2:20895/1‑150 (MQ=255)
gTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTCCATCGAGCGAGTACACACgg > 4:250486/1‑150 (MQ=255)
tGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTa < 3:224826/150‑1 (MQ=255)
ggTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTaa < 3:335801/150‑1 (MQ=255)
gTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAAc < 1:129871/150‑1 (MQ=255)
cgcgCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGt < 2:678460/121‑1 (MQ=255)
cgcgCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGt > 1:678460/1‑121 (MQ=255)
cgATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCa > 1:235825/1‑150 (MQ=255)
aTCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCAtt < 1:106291/150‑1 (MQ=255)
aTCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCAtt > 3:460837/1‑150 (MQ=255)
aTCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCAtt < 3:190273/150‑1 (MQ=255)
tAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTGCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGGGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCtt < 2:277054/150‑1 (MQ=255)
tGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCa < 3:409794/150‑1 (MQ=255)
gTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCaa > 1:350486/1‑150 (MQ=255)
tCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAAc > 2:342389/1‑150 (MQ=255)
tGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGc > 2:280841/1‑150 (MQ=255)
tGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGc > 1:760856/1‑150 (MQ=255)
tGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGc > 2:95518/1‑150 (MQ=255)
cGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCGGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCtt < 2:575213/150‑1 (MQ=255)
tCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGTGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTgc > 1:712465/1‑150 (MQ=255)
cGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATcgagcga < 1:54006/104‑1 (MQ=255)
cGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATcgagcga > 2:54006/1‑104 (MQ=255)
cGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTgcgc > 1:337672/1‑150 (MQ=255)
cACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTcc < 1:50824/80‑1 (MQ=255)
cACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTcc > 2:50824/1‑80 (MQ=255)
cACCCCATTCGCCGTCTGTTGAAGACCGGTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATGGCCTTGCAACGCGTGCGCTc > 2:496480/1‑150 (MQ=255)
aCCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAAc > 2:100631/1‑116 (MQ=255)
aCCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAAc < 1:100631/116‑1 (MQ=255)
ccccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCt < 2:566596/150‑1 (MQ=255)
ccccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCt > 3:456610/1‑150 (MQ=255)
ccccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCt > 3:456665/1‑150 (MQ=255)
cccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGcc > 2:445016/1‑123 (MQ=255)
cccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGcc < 1:445016/123‑1 (MQ=255)
cccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCAtt < 1:251792/127‑1 (MQ=255)
cccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCAtt < 1:164172/127‑1 (MQ=255)
cccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCAtt > 2:164172/1‑127 (MQ=255)
cccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCAtt > 2:251792/1‑127 (MQ=255)
cccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTg > 2:472158/1‑150 (MQ=255)
cccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTg > 1:151981/1‑150 (MQ=255)
cATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGct > 2:685717/1‑150 (MQ=255)
ccGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCaa > 4:150639/1‑150 (MQ=255)
tGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGc > 4:269998/1‑150 (MQ=255)
tGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGc < 1:160629/150‑1 (MQ=255)
gTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGt > 4:505983/1‑87 (MQ=255)
gTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGt < 3:505983/87‑1 (MQ=255)
ttGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCg > 3:191824/1‑150 (MQ=255)
tGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGt > 2:216736/1‑94 (MQ=255)
tGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGt < 1:216736/94‑1 (MQ=255)
aTACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGAttt < 1:342389/150‑1 (MQ=255)
tACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGAtttt > 2:687964/1‑150 (MQ=255)
cGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTacacac > 3:400973/1‑84 (MQ=255)
cGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCg > 3:61650/1‑150 (MQ=255)
cGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGCacacac < 4:400973/84‑1 (MQ=255)
gTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGTCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCgt < 2:579266/150‑1 (MQ=255)
ttCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCgtg < 3:150639/150‑1 (MQ=255)
tCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCgtgt > 4:464970/1‑150 (MQ=255)
cAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATc > 1:334316/1‑150 (MQ=255)
aGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATcc > 4:513153/1‑150 (MQ=255)
gCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATccc < 2:715277/150‑1 (MQ=255)
cTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATcccc > 1:484284/1‑150 (MQ=255)
tCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCt > 3:211798/1‑150 (MQ=255)
cACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCtt < 3:250486/150‑1 (MQ=255)
aCCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCttt > 1:301644/1‑150 (MQ=255)
gCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGc < 4:191824/150‑1 (MQ=255)
cccGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGcc < 2:580728/150‑1 (MQ=255)
gTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTgg < 4:325751/150‑1 (MQ=255)
cACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGctct < 3:173222/109‑1 (MQ=255)
cACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGctct > 4:173222/1‑109 (MQ=255)
aCGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCAt < 1:367796/80‑1 (MQ=255)
aCGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCAt > 2:367796/1‑80 (MQ=255)
gCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTACCGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCaaaa > 3:119115/1‑150 (MQ=255)
gCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCaaaa < 1:472158/150‑1 (MQ=255)
gTAGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCa < 2:745192/150‑1 (MQ=255)
gaGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCAGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGTAAAAGTCaa < 2:687820/149‑1 (MQ=255)
aGCGCTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAAt > 4:342286/1‑150 (MQ=255)
gcTAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAg > 3:187190/1‑150 (MQ=255)
tAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCt > 1:527125/1‑150 (MQ=255)
tAAAGAGGATATCGCTCCCCCTCAACAAACCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCt > 2:626862/1‑150 (MQ=255)
aaGAGGATATCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCg > 2:529895/1‑150 (MQ=255)
atCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTATACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTg > 4:219715/1‑86 (MQ=255)
atCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTATACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTg < 3:219715/86‑1 (MQ=255)
atCGCTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCat < 1:498423/150‑1 (MQ=255)
|
CACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCAT > NC_000913_3_pae_tpiA/3075212‑3075504
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
