Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A16 F141 I1 R1
|
26 |
83.5 |
3170358 |
94.1% |
2983306 |
130.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_pae_tpiA |
2,481,904 |
(A)8→7 |
coding (273/1539 nt) |
emrY ← |
putative multidrug efflux system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 2,481,897 | 0 | A | . | 96.9%
| 292.5
/ 3.7
| 66 | coding (280/1539 nt) | emrY | putative multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base . (33/30); total (34/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATGCTCCCAGAAAGCCA > NC_000913_3_pae_tpiA/2481753‑2482042
|
aTGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaa < 1:450255/150‑1 (MQ=255)
tGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGACCGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaaa < 1:600092/150‑1 (MQ=255)
ttCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAAAAACTATAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaaagt < 2:268075/150‑3 (MQ=255)
ttttCTGACGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATAACAGCACATCAAAATTCGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAG‑GGAAAAAAAGTGACTg > 2:970492/1‑150 (MQ=255)
tCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGACTTACCGCCCCAGCCCTTAACCCATGACTGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGaaa < 3:269939/150‑1 (MQ=255)
tCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGaaa < 1:261737/150‑1 (MQ=255)
tCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCAAAAAAAGTGAAAAAAACGGCCCCGACATTAACCCATGAACGACTCTAAAAAACATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATAAA‑AAAAAAAAAAAAAAGTGACTGaaa < 2:216214/150‑1 (MQ=255)
gCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTaa > 3:236727/1‑150 (MQ=255)
cGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTaaa < 4:224062/150‑1 (MQ=255)
aTTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAaataat < 1:644960/150‑1 (MQ=255)
ttAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTaa > 4:167820/1‑150 (MQ=255)
ttAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTaa > 4:167627/1‑150 (MQ=255)
aaataataaACTCTGTGACAGCGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACCCTAAAAACTACCAGCACATCAAGATTGGTCGACAGGCTACACATTAATGAAGACAAAG‑AACAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTCAt > 2:400792/2‑150 (MQ=255)
aataaACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGc > 3:323888/1‑150 (MQ=255)
aataaACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGc > 3:484472/1‑150 (MQ=255)
ataaACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGcc > 2:47660/1‑150 (MQ=255)
tgtgACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCttt > 3:42475/1‑150 (MQ=255)
tgtgACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCttt < 3:112635/150‑1 (MQ=255)
ataaCAGTAGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATAAAAACA‑AAAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTtg < 4:49417/147‑1 (MQ=255)
tgACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTtgt > 1:195841/1‑150 (MQ=255)
tgACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTtgt < 2:1391/150‑1 (MQ=255)
gACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCCTAATTCGCCTATTCTTtgtg > 2:640945/1‑150 (MQ=255)
tGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAAc > 3:70008/1‑150 (MQ=255)
tAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCa > 3:345349/1‑150 (MQ=255)
cGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAACTAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAgca > 3:115186/1‑148 (MQ=255)
ccccGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACa < 1:628757/150‑1 (MQ=255)
cccGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAg < 4:323888/150‑1 (MQ=255)
aaCCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCaa > 2:979323/1‑150 (MQ=255)
cccTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATgg > 2:579220/1‑150 (MQ=255)
ccTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGc < 4:387650/150‑1 (MQ=255)
cGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGc < 4:236727/150‑1 (MQ=255)
tAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGc > 2:756473/1‑95 (MQ=255)
tAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGc < 1:756473/95‑1 (MQ=255)
aaaaaaTATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCaa < 1:46385/133‑1 (MQ=255)
aaaaaaTATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCaa > 2:46385/1‑133 (MQ=255)
aaaaaTATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCaa > 3:355058/1‑150 (MQ=255)
tCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGTCTATTCTTTGTGCCAACTTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACAACTAACGAggg > 4:579263/1‑149 (MQ=255)
cAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTg < 3:167627/150‑1 (MQ=255)
cAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTg < 3:167820/150‑1 (MQ=255)
aTCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGAt > 1:809201/1‑113 (MQ=255)
aTCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGAt < 2:809201/113‑1 (MQ=255)
aTCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAAcc > 4:82189/1‑150 (MQ=255)
aTCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAAcc > 1:882792/1‑150 (MQ=255)
cAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTtgt < 3:136251/88‑1 (MQ=255)
cAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTtgt > 4:136251/1‑88 (MQ=255)
cAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAgg > 3:602272/1‑108 (MQ=255)
cAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAgg < 4:602272/108‑1 (MQ=255)
cAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCa < 3:401445/150‑1 (MQ=255)
aaGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAg < 1:853461/150‑1 (MQ=255)
aGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAgg > 4:35587/1‑150 (MQ=255)
gATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGt > 1:812565/1‑150 (MQ=255)
aTAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAAt < 3:392149/105‑1 (MQ=255)
aTAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAAt > 4:392149/1‑105 (MQ=255)
tAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCt < 3:326584/150‑1 (MQ=255)
aGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTg < 4:42475/150‑1 (MQ=255)
gCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATg > 1:472573/1‑102 (MQ=255)
gCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATg < 2:472573/102‑1 (MQ=255)
gCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGtt < 2:812565/150‑1 (MQ=255)
gCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGtt > 2:836102/1‑150 (MQ=255)
gCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGtt < 4:484472/150‑1 (MQ=255)
cTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTg < 3:353164/150‑1 (MQ=255)
acacATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGtt < 1:793910/147‑1 (MQ=255)
acacATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGtt > 2:793910/1‑147 (MQ=255)
acaTTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGATACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATGc > 1:258164/1‑150 (MQ=255)
tAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATGCTccc > 4:20436/1‑150 (MQ=255)
gAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATGCTCCCAGaa < 4:378093/150‑1 (MQ=255)
gACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTc > 4:102528/1‑43 (MQ=255)
gACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTc < 3:102528/43‑1 (MQ=255)
cAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATGCTCCCAGAAAGCCa < 1:836102/150‑1 (MQ=255)
|
ATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGGTGCCTTCGTCTGTTGATGCTCCCAGAAAGCCA > NC_000913_3_pae_tpiA/2481753‑2482042
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
