Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F151 I1 R1
|
22 |
137.2 |
5304824 |
94.1% |
4991839 |
128.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_pae_tpiA |
4,110,832 |
C→T |
intergenic (+147/+699) |
cdh → / ← yiiQ |
CDP‑diacylglycerol phosphotidylhydrolase/DUF1454 family putative periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,110,832 | 0 | C | T | 98.5%
| 460.3
/ ‑4.7
| 131 | intergenic (+147/+699) | cdh/yiiQ | CDP‑diacylglycerol phosphotidylhydrolase/DUF1454 family putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (63/66); total (65/66) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
AGGCGAAGAGTTAAGGAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCCCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTTTATACTTGGAGACAGCC > NC_000913_3_pae_tpiA/4110685‑4110974
|
aGGCGAAGAGTTAAGGAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTctcc < 2:591294/150‑1 (MQ=255)
aaGAGTTAAGGAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTg > 1:1223230/1‑150 (MQ=255)
aaGAGTTAAGGAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTg < 3:143465/150‑1 (MQ=255)
gagTTAAGGAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGcc < 4:513706/150‑1 (MQ=255)
agTTAAGGAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCg > 4:592977/1‑150 (MQ=255)
ttAAGGAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAGGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAg > 2:1089876/1‑150 (MQ=255)
aGGAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGttt > 1:927107/1‑150 (MQ=255)
gAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCACTTCTAAGACCTTAAGAAATGGGTCCTTTGCCTTCACTTCTTCGCTTGCCAGCAACACCCCCCGCGTTCCGACTTTaa > 4:392643/1‑150 (MQ=255)
gAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTaa < 3:376665/150‑1 (MQ=255)
gAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTaa < 3:604477/150‑1 (MQ=255)
aagtaagtGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAgc > 1:519407/1‑150 (MQ=255)
agtGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGc > 3:479976/1‑150 (MQ=255)
gtGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCt < 3:899368/150‑1 (MQ=255)
gtGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCt < 1:995611/150‑1 (MQ=255)
tGCCGGATTTCATATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCtt > 1:498539/1‑150 (MQ=255)
ccGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCa > 3:755562/1‑150 (MQ=255)
ggATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAAc < 1:440171/150‑1 (MQ=255)
tatGAAATCCGGCACCTGTTAGACTTAAGTAGTTCCCTCCCCTTGTATTTCCCCTTATTCTAATTTCTGAAGATATGTGTCTTTTTCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTc < 1:1062272/150‑1 (MQ=255)
aaaTCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCctct > 1:621178/1‑150 (MQ=255)
aaTCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCtctc < 3:804910/150‑1 (MQ=255)
aTCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTcc > 3:367599/1‑150 (MQ=255)
aTCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTcc > 3:528206/1‑150 (MQ=255)
cGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGct > 1:1476962/1‑150 (MQ=255)
ggCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGctc > 4:21712/1‑150 (MQ=255)
aCCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCa < 1:45876/150‑1 (MQ=255)
cTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAAt > 3:819304/1‑150 (MQ=255)
gTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATAc < 2:621178/150‑1 (MQ=255)
gTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATAc < 1:569286/150‑1 (MQ=255)
aCTTAAGGCGGCCCCTCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCgg < 2:1116219/118‑1 (MQ=255)
aCTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCgg > 1:1116219/1‑118 (MQ=255)
aCTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGcc > 4:835458/1‑150 (MQ=255)
ttAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGctct < 1:844188/137‑1 (MQ=255)
ttAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGctct > 2:844188/1‑137 (MQ=255)
ggcggcCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGtt < 3:679063/150‑1 (MQ=255)
gcggcCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAAc < 4:964376/118‑1 (MQ=255)
gcggcCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAAc > 3:964376/1‑118 (MQ=255)
gcggcCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGtta > 2:1457421/1‑150 (MQ=255)
gcggcCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCCCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGtta > 3:239453/1‑150 (MQ=255)
gcggcCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATACGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGtta > 1:1483494/1‑150 (MQ=255)
gcCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGc < 3:859844/139‑1 (MQ=255)
gcCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGc > 4:859844/1‑139 (MQ=255)
cccGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACg < 2:927107/150‑1 (MQ=255)
ccgcGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGa < 4:138122/150‑1 (MQ=255)
ccgcGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGa > 1:646324/1‑150 (MQ=255)
cgcgGGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCAAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGAc < 4:921874/150‑1 (MQ=255)
gcgAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCACTACCCGCCCCAGTTACTACGGCGAcc > 4:921736/1‑149 (MQ=255)
cgAGCGGGTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGGCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAAAACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCGCTCAATAGCCTCCCCAGTGATTACGGCGACGt > 2:1228544/1‑150 (MQ=255)
gAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTc > 2:631132/1‑150 (MQ=255)
aGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCa > 3:336139/1‑150 (MQ=255)
tttCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGaa < 1:631132/150‑1 (MQ=255)
gCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGttt < 4:350433/80‑1 (MQ=255)
gCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGc < 3:752723/89‑1 (MQ=255)
gCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGc > 4:752723/1‑89 (MQ=255)
ccAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGcc > 2:797812/1‑150 (MQ=255)
aaTTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTc > 3:674401/1‑89 (MQ=255)
aaTTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTc < 4:674401/89‑1 (MQ=255)
tCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGctc > 1:738893/1‑102 (MQ=255)
cTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCa > 3:998637/1‑150 (MQ=255)
cTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCa > 3:299275/1‑150 (MQ=255)
tAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCAc > 1:907968/1‑150 (MQ=255)
aGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTa < 4:528206/150‑1 (MQ=255)
aTCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATAccc > 2:228572/1‑105 (MQ=255)
aTCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATAccc < 1:228572/105‑1 (MQ=255)
aTCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGc < 2:519407/150‑1 (MQ=255)
ttAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTgg > 3:400529/1‑150 (MQ=255)
tAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGa < 3:592977/150‑1 (MQ=255)
aaGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAAt > 3:268793/1‑96 (MQ=255)
aaGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAAt < 4:268793/96‑1 (MQ=255)
aaGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGAc > 1:1560900/1‑150 (MQ=255)
gATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGa < 4:679767/147‑1 (MQ=255)
gggTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTcc > 2:1611145/1‑150 (MQ=255)
ggTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCca < 4:400529/150‑1 (MQ=255)
gTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCcac < 4:755562/150‑1 (MQ=255)
ttttGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGctc < 1:908284/79‑1 (MQ=255)
ttttGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAgg < 2:1440343/114‑1 (MQ=255)
tttGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCacaaca > 4:763410/1‑150 (MQ=255)
ttGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAg > 2:1569234/1‑150 (MQ=255)
gCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAg > 1:419963/1‑91 (MQ=255)
gCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAg < 2:419963/91‑1 (MQ=255)
ccTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGtcc > 2:1596560/1‑149 (MQ=255)
cTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGAc > 2:853927/1‑102 (MQ=255)
cTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGtctc < 1:1415774/150‑1 (MQ=255)
ttCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGttt < 1:1146545/44‑1 (MQ=255)
ttCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGttt > 2:1146545/1‑44 (MQ=255)
cACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCggg < 4:860022/150‑1 (MQ=255)
aCGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACt < 1:1290564/120‑1 (MQ=255)
aCGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACt > 2:1290564/1‑120 (MQ=255)
aCGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGt > 2:1391454/1‑150 (MQ=255)
cGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGtt < 3:835458/150‑1 (MQ=255)
gcgcTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTTTATAc < 2:868014/150‑1 (MQ=255)
cgcTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTGTATACt > 4:456322/1‑150 (MQ=255)
gcTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTTTATACtt < 1:1391454/150‑1 (MQ=255)
cTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTTTATACTTg < 4:624898/150‑1 (MQ=255)
cTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTTTATACTTg > 2:501933/1‑150 (MQ=255)
cTTGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTTTATACTTg < 2:1476962/150‑1 (MQ=255)
ttGCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTTTATACTTgg < 2:646324/150‑1 (MQ=255)
gCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGt > 1:333032/1‑119 (MQ=255)
gCCAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGt < 2:333032/119‑1 (MQ=255)
ccAGCAACACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTTTATACTTGgaga > 1:22396/1‑150 (MQ=255)
aaCACTCTCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTTTATACTTGGAGACAGcc < 1:797812/150‑1 (MQ=255)
|
AGGCGAAGAGTTAAGGAAAGTAAGTGCCGGATATGAAATCCGGCACCTGTCAGACTTAAGGCGGCCCCGCCGCGAGCGGTTTCGCCAATTCTAAGATCTTAAGATATGGGTCTTTTGCCTTCACGGCTGCGCTTGCCAGCAACACTCCCCTCGTGCCGAGTTTAAGCGCGGCTTCAACGTCCTCTCCGCTCTCAATACCCGCCCCAGTTATTACGGCGACGTCAGGGAAGTGCCTCCCCACTAGCTGGACAGTTTCCACAACAGTCTCGGGTTTATACTTGGAGACAGCC > NC_000913_3_pae_tpiA/4110685‑4110974
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
