Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F1 I2 R1
|
67 |
32.5 |
1435938 |
95.9% |
1377064 |
112.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,187,838 |
A→G |
D830G (GAC→GGC) |
rpoC → |
RNA polymerase, beta prime subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,187,838 | 0 | A | G | 95.1%
| 136.3
/ ‑1.9
| 41 | D830G (GAC→GGC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (21/18); total (22/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.98e-01 |
TACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGAAGAG > NC_000913/4187704‑4187971
|
tACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGtt > 1:24337/1‑139 (MQ=255)
cACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCCTGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAaga > 1:323497/1‑139 (MQ=255)
tCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATcgcg > 2:366566/1‑139 (MQ=255)
cGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTa > 1:492371/1‑139 (MQ=255)
ggTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTAc > 1:352181/1‑139 (MQ=255)
cgtcgtCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTaa < 1:547258/139‑1 (MQ=255)
gtcTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAActgc > 1:559304/1‑139 (MQ=255)
gTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAg < 2:149224/139‑1 (MQ=255)
gTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAg < 2:516069/139‑1 (MQ=255)
ggCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTg < 2:559304/139‑1 (MQ=255)
gACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCgg < 2:568039/139‑1 (MQ=255)
ttACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACGGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGa < 2:323497/139‑1 (MQ=255)
tACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGat > 1:151156/1‑139 (MQ=255)
aCCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGata > 1:324008/1‑139 (MQ=255)
aaGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATc > 1:448970/1‑81 (MQ=255)
aaGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATc < 2:448970/81‑1 (MQ=255)
aaGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGt > 1:42737/1‑92 (MQ=255)
aaGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGt < 2:42737/92‑1 (MQ=255)
aCGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGt > 2:374528/1‑139 (MQ=255)
ttGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCcg < 2:352181/139‑1 (MQ=255)
ggTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGa > 1:660920/1‑122 (MQ=255)
ggTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGa < 2:660920/122‑1 (MQ=255)
cATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACgc > 1:298964/1‑139 (MQ=255)
tGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACgctg < 1:355597/139‑1 (MQ=255)
gAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACgctgc > 2:682741/1‑139 (MQ=255)
aaGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACgctgct > 2:318833/1‑139 (MQ=255)
ggTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCtgctgc < 1:374528/139‑1 (MQ=255)
tATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCAc > 2:244163/1‑139 (MQ=255)
tATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCAc < 1:484039/139‑1 (MQ=255)
tATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCAc < 1:682741/139‑1 (MQ=255)
aTCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTgcg < 2:274220/50‑1 (MQ=255)
aTCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTgcg > 1:274220/1‑50 (MQ=255)
cATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGaa < 2:174189/139‑1 (MQ=255)
tCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTg > 2:256246/1‑79 (MQ=255)
tCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTg < 1:256246/79‑1 (MQ=255)
tCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGgtgt < 1:318833/139‑1 (MQ=255)
tCCGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGgtgt > 1:113819/1‑139 (MQ=255)
cGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTg > 2:300608/1‑77 (MQ=255)
cGGTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTg < 1:300608/77‑1 (MQ=255)
gTTATCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGAcc > 2:363688/1‑139 (MQ=255)
tCGAGGGTGGTGGCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACctgct > 1:531335/1‑139 (MQ=255)
tggtggCGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGAagag < 2:3371/139‑1 (MQ=255)
|
TACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGAAGAG > NC_000913/4187704‑4187971
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
