Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A7 F1 I1 R1 | 83 | 73.5 | 3575638 | 92.3% | 3300313 | 107.8 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,677,937 | T→C | intergenic (‑34/‑490) | pntA ← / → ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/DUF1471 family periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,677,937 | 0 | T | C | 100.0% | 315.6 / NA | 83 | intergenic (‑34/‑490) | pntA/ydgH | pyridine nucleotide transhydrogenase, alpha subunit/DUF1471 family periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (42/41); total (42/41) | |||||||||||
CGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTT > NC_000913/1677802‑1678069 | cgcgACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTg < 1:80056/139‑1 (MQ=255) cGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCtgt > 1:201502/1‑139 (MQ=255) tAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTc < 2:746509/139‑1 (MQ=255) agcagcTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAg > 1:1621076/1‑139 (MQ=255) agcagcTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAg < 2:201502/139‑1 (MQ=255) cTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAgctgct > 1:366130/1‑139 (MQ=255) ttCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAg < 1:1391808/131‑1 (MQ=255) ttCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAg > 2:1391808/1‑131 (MQ=255) ttCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCAt > 2:1336919/1‑139 (MQ=255) ccACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGt > 2:1691385/1‑139 (MQ=255) cACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTa < 2:1621076/139‑1 (MQ=255) gTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAg < 1:711782/139‑1 (MQ=255) ttttGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCt < 2:1026767/139‑1 (MQ=255) tttGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAg > 2:898736/1‑136 (MQ=255) tttGGCGTTGCGGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACTAg < 1:898736/136‑1 (MQ=255) tgctgcAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAg > 1:307227/1‑101 (MQ=255) tgctgcAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAg < 2:307227/101‑1 (MQ=255) tgctgcAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTAc > 2:1494694/1‑139 (MQ=255) tgctgcAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTAc > 1:244026/1‑139 (MQ=255) gTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAaaataa > 2:894786/1‑139 (MQ=255) ttGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGt < 2:244026/139‑1 (MQ=255) aaCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACaaa < 1:1699494/139‑1 (MQ=255) aaCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACaaa < 1:963149/139‑1 (MQ=255) aaCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACaaa < 1:916060/139‑1 (MQ=255) aaCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACaaa < 1:1494694/139‑1 (MQ=255) aaCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACaaa < 1:894603/139‑1 (MQ=255) aaCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACaaa > 2:1699494/1‑139 (MQ=255) aCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTATCAAAc < 2:366130/139‑1 (MQ=255) aCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAAc < 1:1336919/139‑1 (MQ=255) aCCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAAc < 1:1691385/139‑1 (MQ=255) ttCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGccc > 2:726741/1‑139 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGc > 2:602955/1‑60 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGc < 1:602955/60‑1 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTa > 2:266079/1‑92 (MQ=255) ctctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTa < 1:266079/92‑1 (MQ=255) ctTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCtata < 1:1434854/139‑1 (MQ=255) ggTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACg > 1:1583116/1‑139 (MQ=255) gTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCcaca < 2:814853/71‑1 (MQ=255) gTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCcaca > 1:814853/1‑71 (MQ=255) gTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACt > 1:1606401/1‑102 (MQ=255) gTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACt < 2:1606401/102‑1 (MQ=255) tGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACt > 1:1101296/1‑139 (MQ=255) tGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACt > 1:1507644/1‑139 (MQ=255) gCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTg < 2:780310/139‑1 (MQ=255) ccAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGa < 2:616959/60‑1 (MQ=255) ccAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGa > 1:616959/1‑60 (MQ=255) ccAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt > 2:511879/1‑93 (MQ=255) ccAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGt < 1:511879/93‑1 (MQ=255) cAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGaa < 2:1507644/139‑1 (MQ=255) aaTTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGaaa > 1:161178/1‑139 (MQ=255) gATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGcc < 1:884973/114‑1 (MQ=255) gATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGcc > 2:884973/1‑114 (MQ=255) tCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTa > 1:630978/1‑65 (MQ=255) tCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTa < 2:630978/65‑1 (MQ=255) cccTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAg < 2:1400772/68‑1 (MQ=255) cccTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAg > 1:1400772/1‑68 (MQ=255) ttCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAg < 2:1398759/139‑1 (MQ=255) tCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAg > 2:1545328/1‑49 (MQ=255) tCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAg < 1:1545328/49‑1 (MQ=255) tCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTg < 1:147987/117‑1 (MQ=255) tCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTg > 2:147987/1‑117 (MQ=255) tCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAgc > 2:324083/1‑139 (MQ=255) tCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAgc > 1:1403903/1‑139 (MQ=255) tCCATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAgc > 1:277502/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) cATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTAc < 2:908509/59‑1 (MQ=255) cATCGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAgcgc > 2:186775/1‑139 (MQ=255) cATCGGATTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAgcgc > 2:289908/1‑139 (MQ=255) cGGTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCaa > 1:567191/1‑139 (MQ=255) gTTTTATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCaaaa > 2:1025734/1‑139 (MQ=255) tttATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAAt < 1:324083/139‑1 (MQ=255) tATTGATGATGGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCa < 2:567191/139‑1 (MQ=255) tgatgGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTAttt < 2:1403903/139‑1 (MQ=255) gatgGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAAc < 1:1398505/83‑1 (MQ=255) gatgGCTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAAc > 2:1398505/1‑83 (MQ=255) | CGCGACGGTAAAACCCAGTTTCAGCAGCTGTTCCACTGTTTTTGGCGTTGCTGCAACACGGGTTTCATTGGTTAACCGTTCTCTTGGTATGCCAATTCGCATGATATTCCCTTCCATCGGTTTTATTGATGATGGTTTGCCTGTGTCAGGAGCCACACAAGCTGCTCATGTACGAGCTAAATGTTACTCCGTTAAAATAAATTAGTAACAAACGCCCTATAACGTACTGAAAATTATGCCTGTGATCTAGCGCCAAAAATCAGTATTT > NC_000913/1677802‑1678069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |