Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I1 R1
|
63 |
64.8 |
2934156 |
93.7% |
2749304 |
111.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,815,949 |
G→A |
pseudogene (601/669 nt) |
rph ← |
ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,815,949 | 0 | G | A | 100.0%
| 191.7
/ NA
| 56 | pseudogene (601/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (29/27); total (29/27) |
ACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTA > NC_000913/3815813‑3816074
|
aCTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACa > 1:1006570/1‑139 (MQ=255)
ttAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATgcgc > 1:597920/1‑139 (MQ=255)
gTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCgg < 1:247034/139‑1 (MQ=255)
gCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat < 1:1146991/139‑1 (MQ=255)
gcgcCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGTTTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACt < 1:435337/139‑1 (MQ=255)
cTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTctct > 2:500915/1‑139 (MQ=255)
ggATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCag < 2:1006570/139‑1 (MQ=255)
gattcgattcCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCaga < 1:944268/139‑1 (MQ=255)
tcgattcCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTc > 2:1314651/1‑139 (MQ=255)
gattcCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCtt < 1:874930/139‑1 (MQ=255)
gattcCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCtt < 1:500915/139‑1 (MQ=255)
attcCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat < 2:490133/103‑1 (MQ=255)
attcCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat > 1:490133/1‑103 (MQ=255)
ttcCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCa < 2:1287082/139‑1 (MQ=255)
gggCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTc > 1:383389/1‑139 (MQ=255)
agCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat > 1:1464464/1‑87 (MQ=255)
agCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat < 2:1464464/87‑1 (MQ=255)
acaaGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca > 2:1406312/1‑84 (MQ=255)
acaaGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca < 1:1406312/84‑1 (MQ=255)
acaaGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAAc > 2:226190/1‑139 (MQ=255)
aTGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCtt < 1:795326/112‑1 (MQ=255)
aTGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCtt > 2:795326/1‑112 (MQ=255)
aTGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCtt > 2:306266/1‑139 (MQ=255)
tGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTc < 2:169473/139‑1 (MQ=255)
gCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGt > 2:687257/1‑67 (MQ=255)
gCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGt < 1:687257/67‑1 (MQ=255)
gCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAAc > 1:1239171/1‑109 (MQ=255)
gCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAAc < 2:1239171/109‑1 (MQ=255)
ctctTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTc > 2:18424/1‑139 (MQ=255)
tctTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTca > 2:917022/1‑139 (MQ=255)
tctTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTca < 1:306266/139‑1 (MQ=255)
ctTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCag < 2:324835/96‑1 (MQ=255)
ctTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCag > 1:324835/1‑96 (MQ=255)
ctTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCaaa < 2:425496/123‑1 (MQ=255)
ctTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCaaa > 1:425496/1‑123 (MQ=255)
cATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAAt > 2:477016/1‑139 (MQ=255)
gTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca > 2:580791/1‑61 (MQ=255)
gTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca < 1:580791/61‑1 (MQ=255)
tGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat < 1:1384078/58‑1 (MQ=255)
tGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat > 2:1384078/1‑58 (MQ=255)
aaCGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca > 2:1202243/1‑58 (MQ=255)
aaCGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatca < 1:1202243/58‑1 (MQ=255)
aaCGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCAc > 2:1338085/1‑59 (MQ=255)
aaCGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCAc < 1:1338085/59‑1 (MQ=255)
aaCGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAcat < 2:1097634/64‑3 (MQ=255)
aaCGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAcat > 1:1097634/1‑62 (MQ=255)
aaCGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAg > 1:794037/1‑139 (MQ=255)
cGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGaa > 2:1330891/1‑139 (MQ=255)
cTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAAtt > 2:153275/1‑127 (MQ=255)
cTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAAtt < 1:153275/127‑1 (MQ=255)
cTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACt > 1:485910/1‑139 (MQ=255)
cTCGCCTTCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACt < 1:917022/139‑1 (MQ=255)
tCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTa < 2:1430943/139‑1 (MQ=255)
tCTGCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTa > 1:543343/1‑139 (MQ=255)
gCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCa > 2:946608/1‑78 (MQ=255)
gCCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCa < 1:946608/78‑1 (MQ=255)
|
ACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTA > NC_000913/3815813‑3816074
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
