Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F1 I2 R1
|
97 |
53.3 |
2484976 |
94.5% |
2348302 |
111.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,188,171 |
C→T |
A941V (GCA→GTA) |
rpoC → |
RNA polymerase, beta prime subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,188,171 | 0 | C | T | 100.0%
| 190.8
/ NA
| 55 | A941V (GCA→GTA) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (29/26); total (29/26) |
CGTGACCTGGCGCGTGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGCATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAACTGGTTATCACTTCCCGTAATACTGAACTGAAACTG > NC_000913/4188050‑4188301
|
cGTGACCTGGCGCGTGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGctgctg < 2:556147/139‑1 (MQ=255)
gTGACCTGGCGCGTGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCg > 2:650481/1‑127 (MQ=255)
gTGACCTGGCGCGTGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCg < 1:650481/127‑1 (MQ=255)
gTGACCTGGCGCGTGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGa > 1:355918/1‑139 (MQ=255)
ggCGCGTGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCTCAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCgg < 1:268696/125‑1 (MQ=255)
ggCGCGTGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCgg > 2:268696/1‑125 (MQ=255)
gcgcGTGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCa > 2:870176/1‑139 (MQ=255)
tGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCa < 2:866063/131‑1 (MQ=255)
tGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCa > 1:866063/1‑131 (MQ=255)
ccACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGATGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTg < 2:355918/139‑1 (MQ=255)
cacaTCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGa < 1:685447/139‑1 (MQ=255)
ggTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCa > 1:1170988/1‑139 (MQ=255)
ggTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCa > 1:145569/1‑139 (MQ=255)
ggTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCa > 2:202702/1‑139 (MQ=255)
gTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCgg > 1:1027280/1‑99 (MQ=255)
gTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCgg < 2:1027280/99‑1 (MQ=255)
tGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATc < 1:578780/139‑1 (MQ=255)
tGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATc > 2:558135/1‑139 (MQ=255)
cAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCt < 1:870176/139‑1 (MQ=255)
cGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGc < 1:245428/139‑1 (MQ=255)
ggTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCa < 1:851163/139‑1 (MQ=255)
gTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTtgtg < 2:145569/139‑1 (MQ=255)
gTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTtgtg < 2:1170988/139‑1 (MQ=255)
cGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGa < 1:50141/89‑1 (MQ=255)
cGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGa > 2:50141/1‑89 (MQ=255)
aaCCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCa < 2:254252/108‑1 (MQ=255)
aaCCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCa > 1:254252/1‑108 (MQ=255)
ccGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTa > 2:283729/1‑139 (MQ=255)
gggTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCAt > 1:1079855/1‑96 (MQ=255)
gggTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCAt < 2:1079855/96‑1 (MQ=255)
ggTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAAc > 2:1113416/1‑139 (MQ=255)
aGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAGGTGaaaaa > 1:772034/1‑76 (MQ=255)
aGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGaaaac < 2:772034/76‑2 (MQ=255)
gACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAACTGGTTATCACt > 2:481559/1‑139 (MQ=255)
cATGCGTACGTTCCAGATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTGAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAACTGGTTATCACTTcc > 2:827340/1‑139 (MQ=255)
gTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATc > 2:498801/1‑77 (MQ=255)
gTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATc < 1:498801/77‑1 (MQ=255)
cGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTc > 2:320542/1‑106 (MQ=255)
cGTTCCACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTc < 1:320542/106‑1 (MQ=255)
ccACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTtgtg > 2:71308/1‑97 (MQ=255)
ccACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTtgtg < 1:71308/97‑1 (MQ=255)
ccACATCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAACTGGTTATCACTTCCCGTAATactgaa < 1:481559/139‑1 (MQ=255)
cacaTCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCa > 2:585225/1‑40 (MQ=255)
cacaTCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCa < 1:585225/40‑1 (MQ=255)
cacaTCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACa > 1:260704/1‑58 (MQ=255)
cacaTCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACa < 2:260704/58‑1 (MQ=255)
cacaTCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAACTGGTTATCACTTCCCGTAATactgaac > 1:1105205/1‑139 (MQ=255)
acaTCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAACTGGTTAt > 2:48306/1‑118 (MQ=255)
acaTCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAACTGGTTAt < 1:48306/118‑1 (MQ=255)
acaTCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCACCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTc < 1:220972/100‑1 (MQ=255)
acaTCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCACCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTc > 2:220972/1‑100 (MQ=255)
tCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTa > 1:861832/1‑105 (MQ=255)
tCGGTGGTGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTa < 2:861832/105‑1 (MQ=255)
ggtggtGCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAACTGGTTATCACTTCCCGTAATACTGaactgaaac > 1:167647/1‑139 (MQ=255)
tggtgCGGTATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAACTGGTTATCACTTCCCGTAATACTGaactgaaactg > 2:972662/1‑139 (MQ=255)
|
CGTGACCTGGCGCGTGGCCACATCATCAACAAGGGTGAAGCAATCGGTGTTATCGCGGCACAGTCCATCGGTGAACCGGGTACACAGCTGACCATGCGTACGTTCCACATCGGTGGTGCGGCATCTCGTGCGGCTGCTGAATCCAGCATCCAAGTGAAAAACAAAGGTAGCATCAAGCTCAGCAACGTGAAGTCGGTTGTGAACTCCAGCGGTAAACTGGTTATCACTTCCCGTAATACTGAACTGAAACTG > NC_000913/4188050‑4188301
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
