Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F412 I2 R1
|
70 |
105.0 |
5244496 |
94.3% |
4945559 |
100.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,713,019 |
T→C |
V84A (GTA→GCA) |
dtpA → |
dipeptide and tripeptide permease A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,713,019 | 0 | T | C | 98.8%
| 292.8
/ NA
| 83 | V84A (GTA→GCA) | dtpA | dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (45/37); minor base G (1/0); total (46/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGTTTA > NC_000913/1712929‑1713115
|
tGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTAc < 2:2142938/100‑1 (MQ=255)
gTCTGCGGCGGATTCACTCACCCTTTTCTATTCCTTTAGTGCCCAGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGGGACAAACCACTGGGTACt < 2:898564/100‑1 (MQ=255)
gTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACt > 1:973876/1‑100 (MQ=255)
gTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACt > 1:617416/1‑100 (MQ=255)
gTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACt < 2:2149908/100‑1 (MQ=255)
tCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTa > 2:278249/1‑100 (MQ=255)
tGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTaaa > 1:944935/1‑100 (MQ=255)
gAAGCGGATTCAATCACCCTTTACTCTACCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAAc < 2:2025313/100‑1 (MQ=255)
aaGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAAcg < 2:57016/100‑1 (MQ=255)
cGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGt < 2:995280/100‑1 (MQ=255)
cGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGt > 1:596145/1‑100 (MQ=255)
cGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGt > 2:1939943/1‑100 (MQ=255)
cGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGt < 1:2627312/100‑1 (MQ=255)
ggATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTa > 1:864590/1‑100 (MQ=255)
gATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTaa < 2:1864810/100‑1 (MQ=255)
gATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTaa > 1:1777340/1‑100 (MQ=255)
gATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTaa > 1:1185650/1‑100 (MQ=255)
aTTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAAt < 1:1171773/100‑1 (MQ=255)
tCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTa > 2:1883866/1‑100 (MQ=255)
tCAATCACCCTTTTCTCTTCCTGTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTa < 2:628004/100‑1 (MQ=255)
aTCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGc > 2:2070978/1‑100 (MQ=255)
aCCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCg > 1:464805/1‑100 (MQ=255)
cccTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCgg > 2:790386/1‑100 (MQ=255)
cccTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCgg > 2:901999/1‑100 (MQ=255)
cccTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCgg > 1:1472420/1‑100 (MQ=255)
ccTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGgc < 1:341996/100‑1 (MQ=255)
cTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCAGTGTGTACGAAACGCGTAATTGTGCTCGgcg > 1:1445913/1‑100 (MQ=255)
ttCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTa > 1:1256129/1‑100 (MQ=255)
ctctTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTAtt > 2:878846/1‑100 (MQ=255)
tCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGc > 1:418994/1‑100 (MQ=255)
cTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTg < 2:1726832/100‑1 (MQ=255)
cTTTAGTGCCCTGGTTTATGGCCGGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTCACAAGGCACCGGGTACTAAACGCGGAATTATGCTCGGCGCTGTTGTGCTg > 2:1894650/1‑100 (MQ=255)
gCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTg < 2:481687/100‑1 (MQ=255)
cccTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTgg < 1:1643917/100‑1 (MQ=255)
cccTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTgg < 2:849775/100‑1 (MQ=255)
ccTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGt < 1:1282873/100‑1 (MQ=255)
cTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGtt < 2:1977358/100‑1 (MQ=255)
tGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTa < 1:2538019/100‑1 (MQ=255)
ggTTTATAGTCTGGTCGCTATCGGCGTCAGGTGAGTTGACAAAGGACTGGGTACTAGACGCGTAATGATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTAt > 2:196344/1‑100 (MQ=255)
tttATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGc > 2:1389771/1‑100 (MQ=255)
tttATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGc < 2:1805550/100‑1 (MQ=255)
tttATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGc < 1:1108851/100‑1 (MQ=255)
tATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGctc > 2:1632156/1‑100 (MQ=255)
aTGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGctct > 1:1856939/1‑100 (MQ=255)
tggtctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACGAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTg < 1:2622600/100‑1 (MQ=255)
ggtctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTgg < 2:929423/100‑1 (MQ=255)
gtctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTggc > 1:2642988/1‑99 (MQ=255)
gtctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGt < 1:1965635/100‑1 (MQ=255)
gtctggtcGCTATCGGCGGATGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGt > 2:2017032/1‑100 (MQ=255)
tctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGtt > 1:1113165/1‑100 (MQ=255)
ctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTg < 1:1476746/100‑1 (MQ=255)
ctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTg < 1:1569702/100‑1 (MQ=255)
ctggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTg > 2:1607100/1‑100 (MQ=255)
ggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGcc < 1:1144620/100‑1 (MQ=255)
ggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGcc > 2:308486/1‑100 (MQ=255)
ggtcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGcc > 2:2089299/1‑100 (MQ=255)
tcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctg < 2:2219333/100‑1 (MQ=255)
tcGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctg < 1:1909050/100‑1 (MQ=255)
gCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggt > 2:1964125/1‑100 (MQ=255)
cTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggtc < 2:604958/100‑1 (MQ=255)
cTATCGGCGGCTGATTAGGTGACAAGGCTCTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTGGCctgggc > 1:2325677/1‑98 (MQ=255)
tATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTAGGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggtct < 1:402244/100‑1 (MQ=255)
aTCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggtctg < 2:1010087/100‑1 (MQ=255)
tCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggtctgg > 2:1078444/1‑100 (MQ=255)
cggcggCTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCctggtctggt > 1:377764/1‑100 (MQ=255)
ggcggcTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCtggtctggtc < 2:375158/100‑1 (MQ=255)
cTGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCacgac > 1:1701094/1‑100 (MQ=255)
tGGTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCacgacg < 1:1603156/100‑1 (MQ=255)
ggTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGc > 2:1685045/1‑100 (MQ=255)
gTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGcc > 1:1135397/1‑100 (MQ=255)
gTTAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGcc > 2:59140/1‑100 (MQ=255)
tAGGTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCgg < 2:1549034/100‑1 (MQ=255)
ggTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTa > 1:2501163/1‑100 (MQ=255)
ggTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTa > 2:1714308/1‑100 (MQ=255)
gTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTAt > 1:1646745/1‑100 (MQ=255)
gTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTAt > 2:631443/1‑100 (MQ=255)
gTGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATAATGCTCGGCGCCATTGTGCTGGCGACTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTAt > 2:2310333/1‑100 (MQ=255)
tGACAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATc > 2:2216243/1‑100 (MQ=255)
aCAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCTTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGt < 1:917287/100‑1 (MQ=255)
aCAAGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGt > 2:1276455/1‑100 (MQ=255)
aaGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGttt < 1:1739864/100‑1 (MQ=255)
aaGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGttt < 2:1453182/100‑1 (MQ=255)
aGGCACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGTTta > 2:2043125/1‑100 (MQ=255)
|
TGTCTGAAGCGGATTCAATCACCCTTTTCTCTTCCTTTAGTGCCCTGGTTTATGGTCTGGTCGCTATCGGCGGCTGGTTAGGTGACAAGGTACTGGGTACTAAACGCGTAATTATGCTCGGCGCTATTGTGCTGGCGATTGGTTATGCTCTGGTTGCCTGGTCTGGTCACGACGCCGGTATCGTTTA > NC_000913/1712929‑1713115
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
