Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A7 F422 I51 R1 | 223 | 69.9 | 1534784 | 95.1% | 1459579 | 214.4 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 568,937 | A→C | S12S (TCA→TCC) | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 568,937 | 0 | A | C | 100.0% | 105.9 / NA | 29 | S12S (TCA→TCC) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (13/16); total (13/16) | |||||||||||
TGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGAC > NC_000913/568710‑569162 | tGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCa > 2:222542/1‑236 (MQ=255) aaTGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCg < 2:258182/236‑1 (MQ=255) aTGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGa < 1:222542/236‑1 (MQ=255) tttATGTATTCTGTTGTGCTTTAAAGGTTAGGGCGTAAGAAAAGTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGAAAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCg < 2:530693/236‑1 (MQ=255) aTTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAgaga < 1:650181/236‑1 (MQ=255) tACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATtattat > 1:114707/1‑236 (MQ=255) attGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACGCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATa > 2:453354/1‑236 (MQ=255) gtATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATaa > 1:716827/1‑236 (MQ=255) aaTGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGAttt > 1:675335/1‑236 (MQ=255) tgtgACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAg > 1:105333/1‑236 (MQ=255) gACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGGTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGAt > 2:425465/1‑236 (MQ=255) gTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCAtt < 2:105333/236‑1 (MQ=255) accacTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGaa > 1:706196/1‑131 (MQ=255) accacTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGaa < 2:706196/131‑1 (MQ=255) tAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAAttttt < 2:716827/236‑1 (MQ=255) aGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAg < 1:453354/236‑1 (MQ=255) ggTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGAATAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGa < 2:705400/236‑1 (MQ=255) tataAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCt > 1:229290/1‑236 (MQ=255) ataAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGa < 1:519556/74‑1 (MQ=255) ataAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGa > 2:519556/1‑74 (MQ=255) cGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCa < 2:319467/232‑1 (MQ=255) tAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATgg < 2:675335/232‑1 (MQ=255) gtgtCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACt > 1:86429/1‑88 (MQ=255) gtgtCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACt < 2:86429/88‑1 (MQ=255) gtCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTa > 1:222951/1‑102 (MQ=255) gtCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTa < 2:222951/102‑1 (MQ=255) gtCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCa < 2:610484/221‑1 (MQ=255) gtCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCa > 1:610484/1‑221 (MQ=255) gATTTGCATCCCCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGAc < 2:229290/236‑1 (MQ=255) | TGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGAC > NC_000913/568710‑569162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |