Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F422 I51 R1
|
223 |
69.9 |
1534784 |
95.1% |
1459579 |
214.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
954,603 |
T→G |
intergenic (‑137/+269) |
focA ← / ← ycaO |
formate channel/ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 954,603 | 0 | T | G | 100.0%
| 114.0
/ NA
| 31 | intergenic (‑137/+269) | focA/ycaO | formate channel/ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (17/14); total (17/14) |
ACCCGCCTCTTCGGCCACTTTGGCCATTGCAGCAGGAAGTAAAAGATCAAAAGGGTTGTCAGCTTTCACACTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAATATATGTAAAGCGGGGCATTAAAAAAACGCCCCGTAATATA > NC_000913/954398‑954827
|
acCCGCCTCTTCGGCCACTTTGGCCATTGCAGCAGGAAGTAAAAGATCAAAAGGGTTGTCAGCTTTCACACTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTaaaaa > 1:310952/1‑236 (MQ=255)
acCCGCCTCTTCGGCCACTTTGGCCATTGCAGCAGGAAGTAAAAGATCAAAAGGGTTGTCAGCTTTCACACTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGGAAATATTGGATTATCCAAATTAAATTAAATTTTaaaaa > 2:731467/1‑236 (MQ=255)
tttGGCCATTGCAGCAGGAAGTAAAAGATCAAAAGGGTTGTCAGCTTTCACACTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAAt > 2:656469/1‑236 (MQ=255)
aaaGGGTTGTCAGCTTTCACACTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTaaaa < 2:378190/186‑1 (MQ=255)
aaaGGGTTGTCAGCTTTCACACTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTaaaa > 1:378190/1‑186 (MQ=255)
aaaGGGTTGTCAGCTTTCACACTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATACAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTa > 1:623670/1‑225 (MQ=255)
tctctatTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAAt < 1:442133/232‑1 (MQ=255)
tattaAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAg < 2:766915/228‑1 (MQ=255)
tattaAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAg > 1:766915/1‑228 (MQ=255)
ttaAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAatat > 2:627508/1‑235 (MQ=255)
aaGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAggg < 1:368895/183‑1 (MQ=255)
aaGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAggg > 2:368895/1‑183 (MQ=255)
gCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTa > 1:704949/1‑162 (MQ=255)
gCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTa < 2:704949/162‑1 (MQ=255)
gCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTAcc < 1:627508/236‑1 (MQ=255)
gCATTAAAGATGAAAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGATTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTAcc < 2:310952/236‑1 (MQ=255)
ataGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAg > 1:635237/1‑184 (MQ=255)
ataGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAg < 2:635237/184‑1 (MQ=255)
gagaAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAAcc > 1:294871/1‑236 (MQ=255)
aTTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGaa > 1:190814/1‑178 (MQ=255)
aTTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGaa < 2:190814/178‑1 (MQ=255)
tatCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCAtcc < 2:623670/125‑1 (MQ=255)
tatCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTAcc > 1:293107/1‑206 (MQ=255)
tatCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTAcc < 2:293107/206‑1 (MQ=255)
gCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAAt > 2:228182/1‑236 (MQ=255)
ccGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATAtt < 1:732952/191‑1 (MQ=255)
ccGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATAtt > 2:732952/1‑191 (MQ=255)
aaaTACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAATATATGTAAAGCGGGGCATTAAAAAAACGCCCCg < 2:294871/236‑1 (MQ=255)
aaTACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAat < 2:684568/202‑1 (MQ=255)
aaTACGGAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAat > 1:684568/1‑202 (MQ=255)
gAGTAAATATTGGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAATATATGTAAAGCGGGGCATTAAAAAAACGCCCCGTAAtata > 2:32407/1‑236 (MQ=255)
|
ACCCGCCTCTTCGGCCACTTTGGCCATTGCAGCAGGAAGTAAAAGATCAAAAGGGTTGTCAGCTTTCACACTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAATATATGTAAAGCGGGGCATTAAAAAAACGCCCCGTAATATA > NC_000913/954398‑954827
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
