Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F422 I51 R1
|
223 |
69.9 |
1534784 |
95.1% |
1459579 |
214.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,742,506 |
T→G |
L365R (CTC→CGC) |
cfa → |
cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase, SAM‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,742,506 | 0 | T | G | 98.3%
| 200.6
/ ‑3.2
| 58 | L365R (CTC→CGC) | cfa | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (36/21); total (36/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.44e-01 |
CTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGCGCCAAGTTTTTTCTTCCCAAGAGTC > NC_000913/1742283‑1742736
|
ctgccCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCg < 1:609554/235‑1 (MQ=255)
tACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCAcgc < 1:748048/236‑1 (MQ=255)
aCGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCAcgcg < 1:257526/236‑1 (MQ=255)
gCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCAcg < 2:33776/232‑1 (MQ=255)
gCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCAcg > 1:33776/1‑232 (MQ=255)
aTTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGa > 1:276366/1‑236 (MQ=255)
tCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGCTGCTTTCGTCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTTTTCCGCGGTGTTGAAAACGGCCt > 2:428664/1‑236 (MQ=255)
aGCGAACCCACCTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATGCTACGTTGAGGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCAcg < 2:142600/215‑1 (MQ=255)
cccACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGtt > 1:142600/1‑215 (MQ=255)
cccACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTgg > 1:572702/1‑234 (MQ=255)
tgtgATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTaaa < 2:382269/236‑1 (MQ=255)
gATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGc > 1:710230/1‑236 (MQ=255)
gACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGATTGGCTCGCTCAAggacatgct > 2:557014/1‑228 (MQ=255)
aCTTCGGTTCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCct < 1:557014/235‑1 (MQ=255)
ttACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGAtt < 1:428664/236‑1 (MQ=255)
tactacGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCTGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAAGCCATTTTTATGGCCCCC‑CTCCCGGGGGGGTTTTAGac > 2:653088/1‑235 (MQ=255)
tactacGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGAt > 1:538417/1‑236 (MQ=255)
cGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCAcg > 2:615925/1‑157 (MQ=255)
cGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCAcg < 1:615925/157‑1 (MQ=255)
cGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGAt < 1:163187/231‑1 (MQ=255)
ttGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAAGGAATGTTTACCTAGTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCtt < 2:642718/236‑1 (MQ=255)
ggCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTTAAGGGTA‑ATCTATTGTCCCCTCCCCGGGGGCGGATTCCGATCAgggct > 2:163187/1‑228 (MQ=255)
ggCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGGTTTTAGATCAGGGTTCt > 1:344288/1‑233 (MQ=255)
tcGTTGTATGAACGGTTCCTTGCCGCATTGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGc < 2:254038/235‑1 (MQ=255)
gCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGc < 2:538417/236‑1 (MQ=255)
gCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGc < 1:653088/236‑1 (MQ=255)
tGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTg > 1:400900/1‑236 (MQ=255)
aTGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCGCCCTCTCCCGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCCGGTTg > 2:418789/1‑236 (MQ=255)
aCGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGa > 2:406169/1‑211 (MQ=255)
aCGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGa < 1:406169/211‑1 (MQ=255)
ttCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATgg > 1:105849/1‑236 (MQ=255)
tCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGc > 1:580937/1‑236 (MQ=255)
tCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCCGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGGTTCa > 2:212496/1‑232 (MQ=255)
aTGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGt < 2:276366/236‑1 (MQ=255)
cAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATTGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCAATTTTTCGttctgc > 2:345779/1‑231 (MQ=255)
tAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGACCCCTCTCCCGGGGTGATTTCCAATCAGGCTTCTGTTCCTGGGTGGTTCACTGCCTTTTTTCTGTTCGCCATGCACAC‑Gtgt > 2:349627/1‑234 (MQ=255)
aCTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTa < 2:580937/235‑1 (MQ=255)
aaCGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTGTCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCt > 1:50553/1‑234 (MQ=255)
aaCGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑Gc > 2:65599/1‑216 (MQ=255)
aaCGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑Gc < 1:65599/216‑1 (MQ=255)
aaCGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCt > 1:120303/1‑234 (MQ=255)
cGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTTTACCGTATCt > 1:373766/1‑232 (MQ=255)
gCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCTGCCA‑G‑ACACGGTTTTACCGTCACTAcac > 2:30717/1‑233 (MQ=255)
tGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGcccc > 2:376470/1‑131 (MQ=255)
tGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGcccc < 1:376470/131‑1 (MQ=255)
tGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTTA‑GTTtg > 1:187060/1‑236 (MQ=255)
tGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTtg > 1:551419/1‑236 (MQ=255)
ccTATTAGCGGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTTGTGGATc < 1:418789/236‑1 (MQ=255)
ttatCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTTGTGGATCGAtt > 1:57352/1‑236 (MQ=255)
ttatCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGGATCTACCCACGCCTGAGGTTtgtgatcggat > 2:272956/1‑229 (MQ=255)
gAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑CGACCC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GGTTGTGGATCGATTTCaacg > 2:289677/1‑234 (MQ=255)
aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATAGCCCCCCCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCCTCTGTGCCTGGTTGATTCCTGGCATTTTCTTGTGCCGCCA‑GGACAC‑GGTCTACCGTATCTTCCACCTCCTGA‑GGTTGCTGATCGGATTCAATg > 2:94090/1‑235 (MQ=255)
tgtgCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGAcg > 1:579095/1‑235 (MQ=255)
tgCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGG‑GTTTGTGGATCGATTTCAATGTTTAcgct > 2:243316/1‑234 (MQ=255)
cTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGCGCCAAg > 1:687030/1‑236 (MQ=255)
ttCCGCGCCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCAACC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCTTGCGCCAAgat > 2:559997/1‑234 (MQ=255)
gcgcCCGTGATATTCAGCGCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGCGCCAAGtttttt < 2:187060/236‑1 (MQ=255)
tCAGCGCTGGCAGGTCGTTTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GATTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGCGCCAAGTTTTTTCTTCCCAAGAGTc < 2:710230/236‑1 (MQ=255)
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CTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAACGATTCCTCGCCGCATGGCCAGAAATTGCGGATAACTATAGTGAACGCTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTA‑TTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCA‑GCACAC‑GTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGA‑GTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGCGCCAAGTTTTTTCTTCCCAAGAGTC > NC_000913/1742283‑1742736
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
