Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F18 I1 R1
|
9 |
56.1 |
1205542 |
96.5% |
1163348 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000731 |
25,669 |
(A)7→6 |
coding (322/333 nt) |
USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 98.5%
| 1237.2
/ 9.6
| 273 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/4); new base . (151/113); total (152/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
GATTGTATATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAATATGATC > CP000731/25515‑25809
|
gATTGTATATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa > 1:338564/1‑149 (MQ=255)
tgtatattgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaa < 2:498445/149‑1 (MQ=255)
ttatattgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaa < 1:498215/148‑1 (MQ=255)
gtatattgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaa < 1:161672/149‑1 (MQ=255)
tatattgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaa < 2:327796/149‑1 (MQ=255)
attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatat > 1:552988/1‑146 (MQ=255)
attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatat > 2:305591/1‑146 (MQ=255)
ttgtatGTTTTTTACATCAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATATTACAAATaaaaaatata < 2:94870/149‑5 (MQ=255)
tgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc < 1:193295/149‑1 (MQ=255)
tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt > 1:37563/1‑149 (MQ=255)
atGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATc < 2:458109/149‑1 (MQ=255)
tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGGTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATCTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaaa > 2:485772/1‑149 (MQ=255)
tATTTACACTAGGGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCACGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATCTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaag > 2:363375/1‑148 (MQ=255)
tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg > 2:466289/1‑149 (MQ=255)
tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg > 1:88815/1‑149 (MQ=255)
cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATACAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAggacaa > 1:400155/1‑145 (MQ=255)
cTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCGATATCCAGAGATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTCTGCTGGTTGATTACTATCCTACAAAT‑AAAAGATATACACCTAAAGGTGAAAt > 2:166452/1‑149 (MQ=255)
cTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt < 1:465165/149‑1 (MQ=255)
tAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTagctt > 1:10101/1‑145 (MQ=255)
aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTACTTACTATACTACAAAT‑AAGAAATATACATCTAAAGGTTAAAGTa > 2:149006/1‑149 (MQ=255)
aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa < 2:194727/149‑1 (MQ=255)
aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa > 2:181108/1‑149 (MQ=255)
gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa > 2:585461/1‑149 (MQ=255)
tGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAATGGTTCAATTAAt > 2:335944/1‑149 (MQ=255)
tGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 1:544622/1‑149 (MQ=255)
aaaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGTATCTTGGTTTTATAGCCCGCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 1:433133/149‑1 (MQ=255)
tACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGa < 2:548863/149‑1 (MQ=255)
aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTCAATTAATGAAAAATAGaa < 2:519687/149‑1 (MQ=255)
ggTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa > 1:576232/1‑149 (MQ=255)
gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTag < 2:350906/149‑1 (MQ=255)
ttGTCACCAAGTATTTAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTagag < 2:426894/149‑1 (MQ=255)
ttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTagag > 1:223486/1‑149 (MQ=255)
gTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACACCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGACTTAGAGaa > 1:37835/1‑149 (MQ=255)
cACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAATACAAAT‑AAAAAATAGACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAAAGAATAAGAGAata > 1:255082/1‑149 (MQ=255)
ccAAGTATTGAATGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata < 1:537619/149‑1 (MQ=255)
cgaGTGTTGAAGGATCTTTGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGCAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGTTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg < 2:39264/147‑1 (MQ=255)
cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtataa > 2:77426/1‑148 (MQ=255)
cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg < 1:520045/149‑1 (MQ=255)
atATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaaa < 2:599604/148‑1 (MQ=255)
tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑Caa > 2:256261/1‑149 (MQ=255)
aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATCTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑Caaaa > 2:258695/1‑149 (MQ=255)
gATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAgg < 1:215419/149‑1 (MQ=255)
gATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAgg > 1:602388/1‑149 (MQ=255)
gATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAATAGAAAA‑AAAAAAgg > 1:99677/1‑149 (MQ=255)
aTCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGa > 1:525524/1‑149 (MQ=255)
tgTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTtc < 1:326710/148‑1 (MQ=255)
gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTtct > 2:354168/1‑149 (MQ=255)
tctcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATTAAAACTCGTATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAg < 1:288762/149‑1 (MQ=255)
tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGaa < 1:10371/149‑1 (MQ=255)
taaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTTTAACAATATTTCTTATGCTGTTTAATTACTAAATTACAAAT‑AAAAAATAAAAATCTAAAAGTTAAATTAATGATAAGTAGAATGAGATAATATATATTA‑CAAAAAGGAATTACTCAAGaaa < 2:208564/148‑1 (MQ=255)
cAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAg < 1:508530/149‑1 (MQ=255)
cAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAAAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAg < 2:373085/149‑1 (MQ=255)
cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTa < 1:34254/149‑1 (MQ=255)
tataATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa > 1:467411/1‑149 (MQ=255)
aTTGTAGCACTATGTCTTAAGCTCTATAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAACTAAAGGAAAAATCAAAGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt < 1:452601/149‑1 (MQ=255)
tGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATCGAATTAAAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTANAGAATTAAAAGAGTCt > 1:462666/1‑149 (MQ=255)
tGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt > 1:278359/1‑149 (MQ=255)
tGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt > 1:206818/1‑149 (MQ=255)
gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGCTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 1:386442/1‑149 (MQ=255)
gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 1:231804/1‑149 (MQ=255)
tAGCACTATTTCTTATGCTGTTTGATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 1:299641/1‑149 (MQ=255)
gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATATACAAAGGAAATTAATTAAAAATAG‑CTCAACCAAGAAGCAAAAGCAAAAAAGAATGCCTCAAGAAGCGTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGc > 2:577029/1‑149 (MQ=255)
cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa > 2:563377/1‑149 (MQ=255)
cTATTTCTTATGATGTTGAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 1:345711/149‑1 (MQ=255)
cTATTTCTTAAGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 2:82211/149‑1 (MQ=255)
tATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 2:491149/149‑1 (MQ=255)
ttgtgaagCTGTTAAATTACTAAACTACAAA‑AAAAAAATATACAACTAAAGGTAAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAA‑AAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt < 2:485949/142‑1 (MQ=255)
ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt > 1:244840/1‑149 (MQ=255)
ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt > 1:592148/1‑149 (MQ=255)
ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTAAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCGAACTAt > 1:27048/1‑149 (MQ=255)
cTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAGAGTGTCTAGGCAAACTATTa < 1:423576/149‑1 (MQ=255)
attATGATGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTa < 1:124504/148‑1 (MQ=255)
tGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATga > 2:230063/1‑148 (MQ=255)
tGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTCAAGTAAAGAATTAAAAGAGTCTAGGCAAACTATTAATGc > 2:134122/1‑149 (MQ=255)
tcTGTTTTATTAATATACTACAAAT‑AAATACTATAGAGAAAACGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAGTATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa < 1:310010/148‑1 (MQ=255)
gCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 2:120624/1‑149 (MQ=255)
cTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AACACCCCTGCACTGAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 2:129141/1‑149 (MQ=255)
tGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaaa > 2:5329/1‑148 (MQ=255)
tGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt > 1:480160/1‑149 (MQ=255)
gTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCACGAACACTTACTTTATGAATTGAAAGAGTCTAGGAAAACTATTAATGCAATa > 2:574951/1‑149 (MQ=255)
gTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 1:219885/1‑149 (MQ=255)
gTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 1:111653/1‑149 (MQ=255)
gTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 2:219870/1‑149 (MQ=255)
tttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATaa > 2:346474/1‑148 (MQ=255)
tttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg < 1:156404/149‑1 (MQ=255)
aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaa < 2:172273/149‑1 (MQ=255)
aaTTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAAGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaa < 2:270821/149‑1 (MQ=255)
ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAACAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaaaa > 1:173174/1‑148 (MQ=255)
ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaaaa > 1:320600/1‑148 (MQ=255)
tatattaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAGGAAGAATAGAATTATAGAATATAGAAAC‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAGTAAAAGTGTCTAGTCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaata < 2:24473/149‑1 (MQ=255)
tatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCACGAAACTGTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaata > 1:140026/1‑149 (MQ=255)
atactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaataa > 1:48094/1‑149 (MQ=255)
tactacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaataaa < 1:96854/149‑1 (MQ=255)
ctacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaataaata > 1:518777/1‑149 (MQ=255)
tacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAACCAATAAatat > 1:547496/1‑149 (MQ=255)
tacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAatat > 2:446716/1‑149 (MQ=255)
acAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAATATg > 1:351742/1‑149 (MQ=255)
acAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAATATg > 1:490665/1‑149 (MQ=255)
acaaaaaaaaaTATACATTAAAAATATAACTTAACAAAAAAAAGAATTAAAGAAAAAAAAAAA‑CAAAAAGAAATTACTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAATATGa < 1:73014/145‑1 (MQ=255)
aaaaaaaaaaATACAACAAAAAGTTAAAATAATTAAAAATAGAATTAGAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAATATGATc < 2:477851/147‑1 (MQ=255)
|
GATTGTATATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAA‑CAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAATATGATC > CP000731/25515‑25809
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
