Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I1 R1
|
27 |
78.9 |
1851050 |
96.3% |
1782561 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000731 |
25,669 |
(A)7→6 |
coding (322/333 nt) |
USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 96.6%
| 2267.3
/ 48.7
| 506 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/12); new base . (279/208); total (284/222) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 564 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803
|
tttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAATGTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCGTGGTTTTCTCAATAGTCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa < 2:440169/140‑1 (MQ=255)
ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaa > 1:199580/1‑141 (MQ=255)
tgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa > 1:102082/1‑141 (MQ=255)
tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aa < 2:715530/141‑1 (MQ=255)
tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aa < 1:752692/141‑1 (MQ=255)
tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aa < 1:925071/141‑1 (MQ=255)
tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaat > 2:567486/1‑140 (MQ=255)
tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaat > 2:113484/1‑140 (MQ=255)
tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATACTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaat > 2:453697/1‑140 (MQ=255)
tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaatata > 1:496153/1‑137 (MQ=255)
tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaatata < 1:91372/141‑5 (MQ=255)
tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaa‑aaatata > 2:557971/1‑137 (MQ=255)
aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATAc > 1:339495/1‑141 (MQ=255)
tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACa < 1:185708/141‑1 (MQ=255)
ttaacacTAGAGCTTAAATTTACAGTTTTGTCACCAAGTATTGAAGTAGCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACa < 2:403477/138‑1 (MQ=255)
ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAATTaaa‑aaacaaccat > 2:108416/1‑134 (MQ=255)
acacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGAAACGTGGTCTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCt < 1:711507/141‑1 (MQ=255)
cacgattGCTTAAATATACAGGTTTTACACCAAGTATTCAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACGATTTCTTATGCCGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTa < 2:41972/135‑1 (MQ=255)
acTAGTGCTTAACTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTaa > 1:651944/1‑141 (MQ=255)
acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTaa > 1:858351/1‑141 (MQ=255)
acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTaa > 1:117922/1‑141 (MQ=255)
gTGCTTAAATTTACAGGGTTCTCACCAAGTATACAAGGATCTTGGTTTTCTCAACATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGt < 2:853922/141‑1 (MQ=255)
tGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGGTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGtt > 1:719301/1‑141 (MQ=255)
gCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAGATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAGGGTTa > 1:828809/1‑141 (MQ=255)
ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 2:703209/1‑141 (MQ=255)
tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAACACTAGTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 1:671572/1‑141 (MQ=255)
aaaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTAATGAAGGATCTTGGTTTTCTCACTATTTTGAAAATTTCTTTATAAGTTTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAAtt < 1:173787/141‑1 (MQ=255)
aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCAGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAAGATACCTCTAAAGGtgatataa > 2:868461/1‑134 (MQ=255)
aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa < 2:375307/141‑1 (MQ=255)
tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt < 1:553490/141‑1 (MQ=255)
ttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAGATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATg < 2:388508/141‑1 (MQ=255)
aCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACACCTAAAGGTTAAATTAATGaa > 2:225754/1‑141 (MQ=255)
aCAGGTTTGTCACCAAGGATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAA‑AAAA‑ATACATCTAAAGGTTCAATCAATGaa > 1:60784/1‑141 (MQ=255)
aGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa > 2:588612/1‑141 (MQ=255)
gTTTGTCGCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 2:74505/141‑1 (MQ=255)
tttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa > 2:128747/1‑141 (MQ=255)
tttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa > 1:456317/1‑141 (MQ=255)
gTCACAAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGaa < 2:49482/141‑1 (MQ=255)
cACCAAGTATTGAAGGGTCTTCGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt > 1:471777/1‑141 (MQ=255)
cACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt > 1:363758/1‑141 (MQ=255)
aCCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTa > 1:326934/1‑141 (MQ=255)
cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AACATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGCATTaga > 2:187005/1‑141 (MQ=255)
tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata < 1:289281/141‑1 (MQ=255)
aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa > 2:530204/1‑141 (MQ=255)
ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:911176/1‑141 (MQ=255)
gTTTTCTCACTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 2:640166/141‑1 (MQ=255)
ttttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg > 1:511175/1‑141 (MQ=255)
tttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGa < 2:760463/141‑1 (MQ=255)
tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt < 2:847519/141‑1 (MQ=255)
aaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTGTTTCTTATGCTGTTTCATTACTATACGACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAGGGTTAGATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtct > 1:883215/1‑141 (MQ=255)
atatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc > 2:667416/1‑141 (MQ=255)
tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa < 1:739656/141‑1 (MQ=255)
aGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaaa > 2:81878/1‑141 (MQ=255)
aaaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt > 1:263342/1‑141 (MQ=255)
aaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt > 1:398792/1‑141 (MQ=255)
ttttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTa < 1:638714/141‑1 (MQ=255)
tttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAACT‑AA‑AAAATATAAATCTAAAGGTTAAATTAATGCAAACTAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGAGACTTCTGAAGAAACTTTaa > 1:279010/1‑141 (MQ=255)
ttctttctAATTTAATCACTATTTCTTATGCTTTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAg < 2:726547/141‑1 (MQ=255)
cTTTATACTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGCTTAATTCCTATACTACAAAT‑AA‑AAAAGATACATCTAAAGGTTAAACTAATGAAGAATAGACTTAAAGAATATAGCAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 2:264537/1‑141 (MQ=255)
tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaa > 1:683387/1‑141 (MQ=255)
taaaaTTGTAACAGTATTTCTTATGCTTGTTAATTACAATACTACAAA‑AAA‑AAAATATACAACTAAATGGTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAg < 1:413567/138‑1 (MQ=255)
aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:520945/141‑1 (MQ=255)
aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:782503/141‑1 (MQ=255)
aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:141270/141‑1 (MQ=255)
aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt > 1:902765/1‑141 (MQ=255)
aTTGTAACACTATTTCTTATGCTTTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:153264/141‑1 (MQ=255)
gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 1:769905/1‑141 (MQ=255)
tAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa > 2:301835/1‑141 (MQ=255)
gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgt > 1:580619/1‑141 (MQ=255)
cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:577424/141‑1 (MQ=255)
cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATAGAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:252278/141‑1 (MQ=255)
cTATTTCGTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:363546/141‑1 (MQ=255)
tATTTCTTATGATGTTTAATTAATATACTACAAACAAATAAAATATTCATC‑AAAGG‑TAAATTAATGAAAAATAGAATTGGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt < 1:433649/141‑1 (MQ=255)
tATTTCTTATGATGGTTAATTACGAACATAAAAAT‑AA‑AAAATATAAATCTAAAGGTTAAACTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt < 1:427794/141‑1 (MQ=255)
aTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 2:487675/1‑141 (MQ=255)
aTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 2:889459/1‑141 (MQ=255)
aTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTa > 2:346012/1‑141 (MQ=255)
tttCTTATGCTGTTTAATTGCTGTGGTAAAAAT‑AA‑AGAATATCCATCTAAAGGTTAAATTAATGAAGTATGGAATTAGGGAATATAGACAACAAAAAGGTATTTTTTAAGAAACTTTAAGTACAGAATTAAAAGTGTCTat > 2:463625/1‑140 (MQ=255)
tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 1:135159/1‑141 (MQ=255)
tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAAAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACGTTAAATAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 1:25157/1‑141 (MQ=255)
ttCTTATGCTGTTTAATTACTATATTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTATAGAATTAAAAGTGTCTAgg > 1:587294/1‑141 (MQ=255)
ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg > 1:805999/1‑141 (MQ=255)
ttATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaa > 1:226955/1‑141 (MQ=255)
aagatGTTTAACTACTATACCACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAACCTTTAAGTAAAGACTTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 1:873018/137‑1 (MQ=255)
gCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 2:43063/141‑1 (MQ=255)
gTTTAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATAAATATAGAGGTTAAATTAATGAAAAAAAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAATGTCTAGGCAAACTATTa > 2:285260/1‑141 (MQ=255)
ttAATTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt > 1:788449/1‑141 (MQ=255)
aTTACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTATAGGCAAACAATTAATGCa > 2:144477/1‑141 (MQ=255)
ttACTATACTACAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 2:790212/1‑141 (MQ=255)
actatactaCAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 1:536021/1‑141 (MQ=255)
actatactaCAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 1:300621/1‑141 (MQ=255)
atactaCAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaa > 1:382887/1‑141 (MQ=255)
atactaCAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaa > 2:511704/1‑141 (MQ=255)
aaatacAAAT‑AA‑AAAATATACAACTAAAGGATAAAATTATGAAAAACAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaa < 2:277475/138‑1 (MQ=255)
actacAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaaa < 2:902443/141‑1 (MQ=255)
ctacAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc > 2:616462/1‑141 (MQ=255)
ctacAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc > 2:541959/1‑141 (MQ=255)
ctacAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAATAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATGGCTCAATAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAAc < 1:353025/141‑1 (MQ=255)
acAAAT‑AA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaa < 2:326934/141‑1 (MQ=255)
aaa‑aaaaTATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaataaat < 2:203702/141‑1 (MQ=255)
|
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAA‑AAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
