Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F169 I0 R1
|
75 |
34.0 |
794130 |
95.7% |
759982 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
129,796 |
G→C |
100% |
intergenic (‑209/+212) |
spa ← / ← sarS |
Immunoglobulin G‑binding protein A/HTH‑type transcriptional regulator SarS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 129,796 | 0 | G | C | 100.0%
| 163.5
/ NA
| 49 | intergenic (‑209/+212) | spa/sarS | Immunoglobulin G‑binding protein A/HTH‑type transcriptional regulator SarS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (21/28); total (21/28) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/129660‑129928
|
tatTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACatat > 1:373180/1‑141 (MQ=255)
atTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGCAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAtt > 1:59108/1‑141 (MQ=255)
atTTATAATGAAATTTAAAGGTAAGTTTTACGACTTATAACATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATACAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAAGAAAAACAGATAAAATATAGACatact > 1:290519/1‑139 (MQ=255)
aTTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTtata < 1:275385/141‑1 (MQ=255)
aTTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTAGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTtata < 2:120550/141‑1 (MQ=255)
aaaTTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTGTTATAATg > 1:720/1‑141 (MQ=255)
aagttAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAAAAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAAGCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGa < 2:101571/138‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAg < 1:85/141‑1 (MQ=255)
aaGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCgg > 1:393544/1‑141 (MQ=255)
aaCATATAAAATAAATAGTTTGCTGAAAGATTAATTCATTATGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGa < 1:304925/141‑1 (MQ=255)
ttATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTACGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACCTATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGtt < 1:335536/141‑1 (MQ=255)
aaataTTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGAGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAatat > 2:199320/1‑141 (MQ=255)
aaataTTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATAACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAatat > 2:362308/1‑141 (MQ=255)
atTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATAttttt < 2:327619/141‑1 (MQ=255)
tttGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTaa < 2:8795/141‑1 (MQ=255)
aaaGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATaaa < 1:102886/141‑1 (MQ=255)
aaGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATTTTTAATGCGGTATAATACATACGAGTTAAAAAATATTTTTAAGATTAAAg > 2:85893/1‑141 (MQ=255)
taatCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGc < 2:32707/138‑1 (MQ=255)
tATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGc > 2:314333/1‑141 (MQ=255)
aTTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCt > 2:96039/1‑141 (MQ=255)
aTTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGACt > 1:161582/1‑141 (MQ=255)
aTTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATACGAGTTAAAAACTATTTTTAAGCATAAAGTGGGGCt > 1:276395/1‑141 (MQ=255)
ttCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCtt > 2:347824/1‑141 (MQ=255)
aaGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAAtg < 1:389631/141‑1 (MQ=255)
gTAAAACGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAAtgtg < 1:167500/141‑1 (MQ=255)
aaGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGa > 1:159766/1‑141 (MQ=255)
ggCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAgg > 1:351479/1‑141 (MQ=255)
ccGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACTGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTc < 2:220287/141‑1 (MQ=255)
aaTCATGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACAAATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAAt < 1:12707/141‑1 (MQ=255)
aaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAAt < 1:145318/141‑1 (MQ=255)
attactttATTTCGATTAATAACAAAAGATAAAACATAGACCTATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATg < 2:160825/134‑1 (MQ=255)
aTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATg < 1:370003/141‑1 (MQ=255)
tCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTCATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTACGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTGCGGAAATgg > 2:327209/1‑141 (MQ=255)
acACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATgg < 2:309972/140‑1 (MQ=255)
cACGCTATTTTGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGt < 2:95550/141‑1 (MQ=255)
cACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATCAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGt < 1:274387/141‑1 (MQ=255)
cACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGt > 1:280822/1‑141 (MQ=255)
cACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGt < 1:153638/141‑1 (MQ=255)
aCGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGtt > 1:333644/1‑141 (MQ=255)
gCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGtttt < 2:131554/141‑1 (MQ=255)
gATTAATAAAAACAGATAAGATATAGACATATTTTATATAATGAAAGCTGTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTGAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGata < 2:237484/141‑1 (MQ=255)
aaTTAAAAAAAACAGATAAAATAGAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATAAAATAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGata < 2:306554/140‑1 (MQ=255)
aGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGGGTGAAGTGATatagaaaatagaaa < 2:280822/141‑1 (MQ=255)
aGATAAAATATAGACATATTTTGTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaatagaaa < 2:62394/141‑1 (MQ=255)
aGATAAAATATAGACATATTGTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaatagaaa > 1:240730/1‑141 (MQ=255)
gATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAg < 2:371711/141‑1 (MQ=255)
cctAATATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAg < 1:284112/139‑1 (MQ=255)
aaaTATAGACATATTTTTTATAATGAAAACGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgttgt > 2:280444/1‑141 (MQ=255)
aaTATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGGTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgttgtt > 1:145460/1‑141 (MQ=255)
|
TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTGTT > USA300TCH1516_ALE/129660‑129928
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
