Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I1 R1
|
35 |
102.1 |
2392160 |
96.4% |
2306042 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
129,796 |
G→C |
intergenic (‑209/+212) |
spa ← / ← sarS |
Immunoglobulin G‑binding protein A/HTH‑type transcriptional regulator SarS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 129,796 | 0 | G | C | 98.6%
| 239.9
/ NA
| 73 | intergenic (‑209/+212) | spa/sarS | Immunoglobulin G‑binding protein A/HTH‑type transcriptional regulator SarS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (30/42); total (31/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTG > USA300TCH1516_ALE/129660‑129926
|
tatTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACatat > 2:939317/1‑141 (MQ=255)
tatTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACatat > 1:677401/1‑141 (MQ=255)
aTTAAATTTAAAGGTGAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTtata > 1:884606/1‑141 (MQ=255)
aTTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTtata > 2:176041/1‑141 (MQ=255)
aTTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTtata > 2:175968/1‑141 (MQ=255)
aTTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAAAGATACTTTTtcta > 1:895484/1‑141 (MQ=255)
aTTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAAGATAGACATATTTTTtata > 1:185554/1‑141 (MQ=255)
ttAAGTTGAAAGGTAGGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTGTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATaa < 2:944037/141‑1 (MQ=255)
tAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAAt < 1:228032/141‑1 (MQ=255)
aaaTTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATg < 1:715398/141‑1 (MQ=255)
aaaTTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATg < 1:641258/141‑1 (MQ=255)
aaTTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGa < 1:1058860/141‑1 (MQ=255)
aTTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATTAATATTTTGCTGTAAGATTTATTCAGGAAGTGAAAGGCTTAATACAGCAAAATAACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGaa > 2:569223/1‑141 (MQ=255)
aTTTAAAGGGAAGTTTTACAACTTATAAAATACATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGaa < 1:1039322/141‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTAAGTCTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAg < 2:894595/141‑1 (MQ=255)
tAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAgg > 1:494032/1‑140 (MQ=255)
aaGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCgg < 2:805093/141‑1 (MQ=255)
tAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTTAGGTATTTTAAGTTTTCTACTGTCAAAGTCTTGCTATTTCAATTAATACACACACATAATAGATATACATATTTTTTTTAATTAAAACTGTTTa > 2:300583/1‑141 (MQ=255)
tAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTa > 2:1110720/1‑141 (MQ=255)
tAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATAAAGACATATTTTTTATAATGAAAGAGGTTTa > 1:543408/1‑141 (MQ=255)
aGTTTTACAAATTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAGTAGAGGCGGATTTTTTATAATGAATGCTGTTTAAt < 2:903162/141‑1 (MQ=255)
gTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCCCGCTCTCTCGAGTTATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATa > 1:567652/1‑141 (MQ=255)
tttACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACa < 2:595532/141‑1 (MQ=255)
tttACAACTTATAAAATAAATATGTTGGTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGTAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGACAAAATATCGACATATCTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACa < 2:877170/141‑1 (MQ=255)
tttACAAATTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACa < 2:651969/141‑1 (MQ=255)
ttACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTGAGCGAATTAAAGCGGTTTAATACat < 2:550627/141‑1 (MQ=255)
tACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAGACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACata > 2:369215/1‑141 (MQ=255)
aCAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACatat > 2:596466/1‑141 (MQ=255)
aCTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAg < 1:994439/141‑1 (MQ=255)
attATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGt < 2:1183704/140‑1 (MQ=255)
aagaaataTTTTGCTGAAAGATTTATTAAGGAAGTAAAAGGCTAAAAACAGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAACTATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTaaaaaa < 2:67011/138‑1 (MQ=255)
ttttGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAAGATTTTTa > 1:1001964/1‑141 (MQ=255)
tATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGc > 2:835998/1‑141 (MQ=255)
ggAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGaa < 2:292380/141‑1 (MQ=255)
aaGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAAtg < 2:173325/141‑1 (MQ=255)
gTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAAtgtg < 2:711119/141‑1 (MQ=255)
ggCTTAAACCCGCAAGATCACGCTATTTCGATTGATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAgg < 1:747755/141‑1 (MQ=255)
ggCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGACAGCGGTCTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTGAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAgg < 2:892822/141‑1 (MQ=255)
ttAAAACCTCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGttt < 1:369215/141‑1 (MQ=255)
ttAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGttt > 2:1025554/1‑141 (MQ=255)
ttAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGttt > 1:205969/1‑141 (MQ=255)
aagccGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACGGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATGTTAAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGAGGAGGTTTatt > 2:438777/4‑139 (MQ=255)
aaaCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAAt > 1:1151117/1‑141 (MQ=255)
aaaCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAAt > 2:700037/1‑141 (MQ=255)
aaaCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGAGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAAt > 2:782812/1‑141 (MQ=255)
aaCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAAtt > 1:484558/1‑141 (MQ=255)
aaCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAAtt > 2:711116/1‑141 (MQ=255)
ccacAAAATCACACAATTTCGAAAAATAAAAACAGATAAAATATAGACAAATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGGTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTc < 2:283724/138‑1 (MQ=255)
ccGCAAAATCACCATATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTc < 2:168731/141‑1 (MQ=255)
cacAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCg < 1:60715/139‑1 (MQ=255)
cGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCg > 2:1128920/1‑141 (MQ=255)
cGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCg > 1:1090527/1‑141 (MQ=255)
cAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGa < 1:310491/141‑1 (MQ=255)
aaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGaaaa > 1:132999/1‑140 (MQ=255)
ccagCTATTTCGATTAATAAAAACCGTTAACGTAAGGACATATTTTTTAGAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAAGTTCGGAAATGGt < 2:247392/138‑1 (MQ=255)
cACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTCCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGt < 1:767267/141‑1 (MQ=255)
aCGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGtt < 1:984051/141‑1 (MQ=255)
cGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGttt < 2:512248/141‑1 (MQ=255)
cGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGttt < 2:21813/141‑1 (MQ=255)
gCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGtttt < 1:939317/141‑1 (MQ=255)
ataataaAAACAGAAAAAAGATAGACAAATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATTGTTTTAAGTGAtata < 1:598022/140‑1 (MQ=255)
aataaAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATataga < 1:304686/141‑1 (MQ=255)
aaaCAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTCAGTGATatagaaaata < 1:711116/141‑1 (MQ=255)
aaaCAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaata < 2:484558/141‑1 (MQ=255)
aaCAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaatag < 1:715048/141‑1 (MQ=255)
aaCAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATCAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaattag < 1:857981/141‑1 (MQ=255)
aaCAGATAAAAAATAAGCATATTTTTTTAAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaatag < 1:436587/141‑1 (MQ=255)
aCAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTGATTTCGGAAATGGTTTTAAGTCATatagaaactaga > 2:1131687/1‑141 (MQ=255)
aCAGATAAAATATAGACATATTTTTTAAAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaataga < 2:414326/141‑1 (MQ=255)
aGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaatagaaa > 1:1884/1‑141 (MQ=255)
aTAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgt < 1:495824/141‑1 (MQ=255)
tAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgtt < 2:677401/141‑1 (MQ=255)
aaaaTATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGGAAATAGAAAgttg > 2:342834/1‑141 (MQ=255)
|
TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTG > USA300TCH1516_ALE/129660‑129926
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
