Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F3 I0 R1
|
38 |
159.1 |
2832088 |
95.5% |
2704644 |
271.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,004,824 |
A→C |
55.3% |
N321K (AAT→AAG) |
ygeV ← |
putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,004,824 | 0 | A | C | 55.3%
| 89.7
/ 223.1
| 165 | N321K (AAT→AAG) | ygeV | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/39); new base C (48/43); total (83/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AATTCTGATTAGTTGCAGAAATGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGA > NC_000913/3004538‑3005111
|
ttGCAGAAATGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTTGTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCt < 2:519934/289‑1 (MQ=255)
tGCAGAAATGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCATAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTc < 2:1412649/289‑1 (MQ=255)
aaTGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACtt < 1:1314143/288‑1 (MQ=255)
gCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATTGGCAGAATTTCATGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTACTGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGAtt > 2:838581/1‑289 (MQ=255)
ttGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCATATTCGCCTCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGcgacg < 1:739226/289‑1 (MQ=255)
tGTATTGGTCTACTGGCACCAACCGGCGAAATTAGAGATGCCACAATGGCCAGCAGTAATTTGGCCTCCAAGATTAATGGCATATCACCAATTTCATCGAGAAACGGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTCAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCTTAAGCTGCTCCTGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAACGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGcgac < 2:614895/287‑1 (MQ=255)
aTCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCttt < 1:1237833/289‑1 (MQ=255)
aTTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAACGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCaccaac < 2:135236/287‑1 (MQ=255)
aaTAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCCACCCTGTTTTACCATTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATACCCGCACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGCTTGCACGGGCGACGCCTTNNNNACCCGTTCCGCttg > 2:1157297/1‑265 (MQ=255)
cgcgcAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGACTCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATgg > 2:584806/1‑286 (MQ=255)
ggtcAGTACTTTAGGCTGGAACATTAATGGGATATCAGCTATTTCATCGAGAAACAGCGGGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCCGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCT‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCt < 2:1115076/285‑1 (MQ=255)
cgcAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTgg > 1:845207/1‑289 (MQ=255)
cgcAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACtt < 1:811649/218‑1 (MQ=255)
cgcAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTgg > 1:256260/1‑289 (MQ=255)
gcAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGCGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTggg < 1:1152271/289‑1 (MQ=255)
cAGTAATTTAGCCTGCAAAATTAATTGCATTTCACCTATTTCACCGGAAAACAGCGTGCCAGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCTGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTggg < 2:1352636/288‑1 (MQ=255)
aaTTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCaa < 1:1351342/289‑1 (MQ=255)
aaTTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTAGTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGTAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTAGGTGCaa < 1:1360/289‑1 (MQ=255)
aTTTCGCCTGAAACATGAATGGCATATCACCGATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCTTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCaccaac < 2:1369193/259‑1 (MQ=255)
ccTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCt > 1:410576/1‑289 (MQ=255)
ccTGCAACATTAATGGCATATAACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAAAATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGAGGCCCAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCCCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACTCGTGCCGCTTTCCCCAACCACCATAAAGCTTGATGGGCTGGGGCCAATATGGCt > 2:1360/1‑289 (MQ=255)
tGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTaa > 2:235773/1‑289 (MQ=255)
cAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATg > 2:1275125/1‑289 (MQ=255)
tAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGt > 1:1064947/1‑289 (MQ=255)
tGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGtttt < 1:658995/289‑1 (MQ=255)
atatCACCTATTTCATCGGGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAAt < 2:1057173/288‑1 (MQ=255)
ccTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCa < 2:320242/289‑1 (MQ=255)
tttCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCTCCTGAATCAACCCTGATGTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTATAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CACTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCGTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGAATTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCt < 2:126347/247‑1 (MQ=255)
tttCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAac > 1:199470/1‑289 (MQ=255)
aTCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACgg < 1:1135622/289‑1 (MQ=255)
tCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACgg > 2:1191481/1‑288 (MQ=255)
gaAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACt < 1:1191481/288‑1 (MQ=255)
aaaCAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCCACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTc > 2:630128/1‑288 (MQ=255)
aaaCAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTc > 1:180959/1‑288 (MQ=255)
aaCAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCg < 2:1071260/288‑1 (MQ=255)
tGCCCGTCTTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGccaacc > 2:995357/1‑287 (MQ=255)
tGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGccaaccaa > 1:949173/1‑289 (MQ=255)
acccGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGccaaccaa < 2:761309/287‑1 (MQ=255)
cccGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACtt > 1:1011698/1‑158 (MQ=255)
cGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATACCGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGt < 1:838581/289‑1 (MQ=255)
gTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGtt < 1:977955/289‑1 (MQ=255)
tATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCCTACCGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATaa > 1:286163/1‑264 (MQ=255)
tATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTACGGAGTCGTTTTAATTGCCGCATACAACGGCACTCGCCAACCAATTGTTc > 2:623162/1‑289 (MQ=255)
aTTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCGCTCTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGtt < 1:1105787/289‑1 (MQ=255)
aTTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCa < 1:630128/289‑1 (MQ=255)
aTTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCa < 1:712021/289‑1 (MQ=255)
cgccgcCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAata > 2:371779/1‑289 (MQ=255)
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cgccTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTCTTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGc > 1:155941/1‑289 (MQ=255)
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AATTCTGATTAGTTGCAGAAATGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGA > NC_000913/3004538‑3005111
|
| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAACTGGGCCAAATTCTGATTAGTTGCAGAAATGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGC > NC_000913/3004527‑3005121
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|
GAACTGGGCCAAATTCTGATTAGTTGCAGAAATGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGC > NC_000913/3004527‑3005121
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
