Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F27 I0 R1
|
98 |
139.2 |
2835800 |
97.9% |
2776248 |
226.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
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position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,206,484 |
C→A |
13.1% |
Q8K (CAA→AAA) |
ttdA → |
L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,206,484 | 0 | C | A | 13.1%
| 305.7
/ 5.4
| 129 | Q8K (CAA→AAA) | ttdA | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/74); new base A (11/8); total (47/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATG‑CCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGT > NC_000913/3206249‑3206714
|
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tCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑a < 1:1060572/239‑1 (MQ=255)
cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AAATTTTTCAGACAAATAAAAAAAATGGGAGTT‑CCATGATTAGCGAGAGT‑GAAAAGccaaaa > 2:1167076/1‑234 (MQ=255)
aTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑gg < 1:351998/236‑1 (MQ=255)
cGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGTG‑AATTTTT‑CAGACCAAAACCAAAACT‑AGCGTTGCTCTGATGAGCGGCAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GACACT‑g > 2:554090/1‑239 (MQ=255)
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ttAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTCAGACAAATAAAAAAACT‑GTAGATTGCATGGTGGGAGAGAGG‑TAAAAAC‑AAC‑A‑GGCAAT‑Gag > 2:148146/1‑238 (MQ=255)
tAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑Gaa < 2:538390/238‑1 (MQ=255)
aTTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATaa < 2:1345318/239‑1 (MQ=255)
ttATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAg < 1:378572/239‑1 (MQ=255)
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gCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑a < 1:230324/239‑1 (MQ=255)
tgtgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑Aga‑ga < 1:319244/238‑1 (MQ=255)
tgtgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGGTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GAt < 1:554090/239‑1 (MQ=255)
gATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTg < 2:868002/238‑1 (MQ=255)
tAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCg < 2:443225/239‑1 (MQ=255)
cgcAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTTAGACAAATACAAAAAAT‑GGAGTTGTCCTTGTGAGCGGAAGT‑AAAAAAA‑AAA‑A‑AGCAAC‑GAAAAAGATTAA‑AGA‑GATTGTGGcgca > 2:76146/1‑236 (MQ=255)
cgcAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAACT‑GGAGTTGTCAAGGAGAGGGGAAGT‑AATAAAC‑AAA‑A‑AGCAAG‑GAATAAATTTGC‑AGA‑GAATGtgtctca > 1:764714/1‑233 (MQ=255)
cgcAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AAATTTTTCAAACAAAAAAAAAAAAT‑TGAGTTTTCCTGGTGTGTGGAAGT‑AAAAAAC‑AAC‑ACGGCA‑T‑GGATAAAGTGAC‑AGA‑GAATGTCGCTaa > 1:716197/1‑239 (MQ=255)
tgtATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTTAAACAAAAAAAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAAA‑AAA‑A‑GGCAGA‑GAATAAAATGAC‑AGA‑GATTGTCGCTAACttt > 2:977525/1‑238 (MQ=255)
tATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCa < 1:381189/203‑1 (MQ=255)
ttCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑CATTTTTTCCTAAACAACAAAAAAAA‑GGGGGTGTCACAATGAGGGCAAGT‑AATAAAC‑CAC‑A‑AGCAAC‑GGAAAACTTGTC‑AGC‑GATTGTCGGCCACTTTAcccc > 2:297075/1‑236 (MQ=255)
ttCGCAAAACATTGCAATTCCCTGCTCTGGCGAAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACAAACTGTTAATTACATATTCCGGGGGGAAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTA‑AATTTTTCCAGAAAAATACAAAACCG‑GGAGTTGCCATGATGAGCAAAAGA‑AATAAGC‑AAC‑G‑GGAAGT‑GAATAAGTGGAC‑AGA‑GATTGTCGCTAATTTTACCGcc < 1:1034508/239‑1 (MQ=255)
tCGAAAAACATTGCCTTTCCCTGCTCTGGCCCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTAATTCACAAACTGTTAATTACATATTCACGGTGAAAAAAAATAAAAAACCAAATTTTTGGTGGTAGTTTGGGGC‑GGTG‑AATTTTTCAAGAAAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGA‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAA‑AGA‑GATTGTCGCTAACTTTACCGCCa < 2:159431/239‑1 (MQ=255)
aaaaCATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTCAGACAAATAAAAAAAAT‑GGAGTTGCCATGATTAGCGGAAGT‑AAAAAAA‑AAC‑A‑AGAAGA‑GAATAATCTGAC‑AGA‑GGATGTCGCGACAATTACCGCCATTAt > 1:673571/1‑239 (MQ=255)
aaCATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTTACACAAATAAAAAAAAT‑GGGGATTTCCTGATGAGAGAAAGT‑AATAAAC‑AAA‑A‑AGCAAG‑GAAAAAATTGAC‑AGA‑GAGTTTTCCTAACTTTTCCGCACTGAttt > 1:1369101/1‑239 (MQ=255)
aaCATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTCAGGAAAATATAAAAAAA‑GGAGGTGCCCTGTTGTGGGGAAGG‑AATAAAC‑AAA‑A‑GGAAAA‑GGAAAAAGTGAC‑AGG‑GATTGTCGCTAAATTTACCCCCCTAAttt > 1:113305/1‑239 (MQ=255)
cATTCCCTGCTCTGGCGAAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATAAAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTGGTGGC‑GGTA‑AATTTTTCCAGAAAAATAAAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCGTTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGa < 1:817567/239‑1 (MQ=255)
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cccTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AAATTTTTCTGACACAAACAAAAAAA‑TGAGGTGGCATGATGAGGGGAAGA‑AAAAAAC‑AAA‑A‑AGCAGT‑GGAAAAGTTGAA‑CAA‑GGATGTTGGCAACTTTACCGCCCCGATTTCTTCCCCaaaa > 2:1211880/1‑236 (MQ=255)
ctctGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTCAGACAAAAACAAAAACA‑GGAGTTGTCACGGTGGGCGAAAGT‑AAAAAGC‑AAC‑A‑CGCAGG‑GAAAAAATTGTC‑AGA‑AAATGTCGCTAACTTTACCACCCCGATTTCTACCCGACAGCCtgat > 2:487715/1‑239 (MQ=255)
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atatTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGGG‑AATTTTTTTCAACAAAAAAAAAAAAT‑TGAGTTGTCATTATTAGCGGAAGT‑AATAAACAAAC‑A‑GAAAGT‑GAAAAATTAGAA‑AGA‑‑AGTGTCGGCAAATTTACCCGCCTGATTTATAACCGGAAGCCCGGTGAccttgttg > 2:782590/1‑232 (MQ=255)
tatTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑GATTTTTTCAGACAAAAAAAAAAAAT‑GGAGTTGTCATGATGAGGGGAAAT‑AAAAAAC‑AAA‑A‑AGGAGG‑GAAAAAGATGAC‑CGA‑GAATGTCGCTAACTTTACCGCCATGAATTTTACCCCTATGCCTGAGGACGGGGTGGa > 2:372883/1‑239 (MQ=255)
tatTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGAG‑AAATTTTTCACAAAAATAAAAAAAAT‑GGGGTTGTCATAGTGGGCGTGAGT‑AAAAAGA‑AAA‑A‑AGAAAA‑GAATAAAATTTC‑AGA‑GATATTTGCTAAAATTATCCCCCTGCATTTTACCCCAATGTCtgatgagaggtggga > 1:739830/1‑230 (MQ=255)
tatTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATAAAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGAGGAGCGAAAGT‑AAAAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 1:977525/239‑1 (MQ=255)
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tATTTTCGCTTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGACAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAAACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCGTTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 1:1211880/239‑1 (MQ=255)
tATTTGCGGGTTAATTCACGAACTTTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACTTTTTTAGTGGTAGTTGGTGGG‑GGTA‑AATTTTTCCAGAAAAAAACAAAAACG‑GGATTTGCCATGAGGAGCGAAAGT‑AATAAGA‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 1:782590/239‑1 (MQ=255)
ttttCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AAATTTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAT‑AGAGTTTGCATTATGAGGGAAAGG‑AAAAAAA‑AAA‑A‑GGGAGA‑GGAAAAATTGAA‑AAA‑AAGTGTTAGTAACATTACCGCCCATATTTTTACCCGGAAGGCTGATGTGGGGGGGGGTGAAATAAAACa > 2:975011/1‑239 (MQ=255)
ttttCGCGTTGATTCACGAAATGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGA‑GGTG‑AAATTTTTCATACAAATAAAAAAAAT‑CAAGGTGTCATGATAAGAGGAAAA‑AATAAGC‑AAA‑A‑GGAAGG‑GAAAAAGATGAC‑CGA‑GATTGTCGCTAACTTCAACGGCATGATTTCTACCCCAAAGACTGAAGACGCGGGGGGTAAAcacaaaaa > 1:114003/1‑232 (MQ=255)
tttCGCATGAATTAACGAATTTTAAATTAATTATAAAAGTTGGAAAAAAATAGAAAACCAAATTTTTAGTGGTATTTTGTGGA‑GGTA‑AATTTTTCCAGAAAAATACAAAAACT‑GGAGTCGCAATGATGAGTGAATGT‑AATAAGC‑ACC‑G‑GGAAGT‑GATTAATTTGAC‑AGA‑GTTTGGCCTTAACTTTCCCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAg < 1:551818/239‑1 (MQ=255)
cgcgTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTa < 1:362532/239‑1 (MQ=255)
gaatccgcGAATTTTTAATTAGATAGTGCCGGTGAAAAAAAATAAAAAACCACTGTTGTAGTGGTGGTTTGGGGC‑GGGG‑AATTTTGCCAAACAAATAAAAAAACG‑GGTGTTGCTATGACGAGCAAAATT‑AAAAAAA‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTAGAC‑AAA‑GATTGTCGTTAACTTTCCCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTAGATAAACTAAAACAGCTAAAgg < 2:1112907/231‑1 (MQ=255)
tGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGGG‑AAATTTTTCAGACAAATAAAAAAAAT‑GGAGTTGGCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAAC‑AAC‑A‑AGCAGG‑GAATAAATTGAC‑AGA‑AATTTTCGCTAACTTTAACGCCCTGATTTCTACCCCAATGCCTGGTGACGTGGGGGGTAAACTAAAACAACTAAAGGGTG‑CCGAAAcgtc > 1:812328/1‑239 (MQ=255)
ttaattaaATATTCACGGTGGAAAAAAATAAAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 1:1335734/214‑1 (MQ=255)
ttAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTCAGACAAATACAAAAAAT‑GGAGTTTTCATGATGAGCGAAAGA‑AATAAGC‑AAC‑A‑CGCAGG‑GAATAAATTGAC‑ACA‑GATTGTCGCCAACTTTACCGCCCTGATTTCTACCCCCATGCCCGATGACGTGGTGGGGAAAACACAAAAGCTAAAGGGTA‑CCGgaaagcgg > 2:599508/1‑233 (MQ=255)
aaTTAAATATACACGGTGGCAAAAAAAATAAACCCACATTTTTAGTGGTATTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCGCTAATTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATG‑CCGAAACGtcgtcg < 1:484347/239‑1 (MQ=255)
tacaattacACGGGGGAAAAAAAAAAAAACCCAAATTTTTAGTGGTAG‑TTGGGGG‑GGTGAAATTTTTCCAGAAAAAAACAAAAACG‑GGGGTGGCTTGGATGAGCGAAAGA‑AATAAGC‑AAC‑G‑GGAAGT‑AAATAAGTTGAC‑AGA‑GATGGTCGATAATTTACCCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATG‑CCGAAACGTCGTCGATg < 2:592744/231‑1 (MQ=255)
atatTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTCATACAAAAACAAAAAAA‑TGAGTTGCCATGGTGAGCGAAAAG‑AATAAAC‑AAC‑A‑AGAAGT‑GAAAAAATTGAA‑AGA‑GATTGTTGCTAAATTTACCGCCCTGATTTCTACCCGAAATCCTGATGAAGTGGGGGATCAAAATAAACAGCTAAAGGAGT‑CCCAAAAATTGTCGGTgggg > 1:1352722/1‑239 (MQ=255)
atatTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTTCAGACAAATACAAAAACT‑TGAGGTGGCCTTATGGGCGGAAGA‑AATAAAC‑AAA‑A‑AGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCGCTTACTTTACCGCCCTGATTTTTTCCCCGATGCCTTATGACGTGGGGGGTAAAATAAAACAACTAAAGGAAGCCCGAAAC‑TCGTTGGTgggg > 1:358918/1‑239 (MQ=255)
tatTCACGGTGGAAAAAAATAAAAACCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGG‑GGTA‑AATTTTTCCAGAAAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGAAGT‑GAATAAGTGGAC‑AGA‑GATTGTCGCTATCTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATG‑CCGAAACGTCGTCGATGGGGa < 2:1241603/239‑1 (MQ=255)
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aaaaaaaCG‑GGAGTTGCCATGTGGAGAAAAAGT‑AATAAGA‑AAC‑A‑GGCAGT‑AAATAAGTGGAC‑AGA‑GATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATG‑CCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGacac < 2:716197/237‑1 (MQ=255)
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|
TTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTG‑AATTTTTCCAGACAAATACAAAAACT‑GGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGT‑AATAAGC‑AAC‑A‑GGCAGT‑GAATAAGTTGAC‑AGA‑GATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATG‑CCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGT > NC_000913/3206249‑3206714
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
