Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F35 I0 R1
|
338 |
60.8 |
3106128 |
78.2% |
2428992 |
142.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
580,437 |
A→C |
72.5% |
T3T (ACT→ACG) |
ylcI ← |
DUF3950 family protein, DLP12 prophage |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 580,437 | 0 | A | C | 72.5%
| 160.5
/ 106.2
| 232 | T3T (ACT→ACG) | ylcI | DUF3950 family protein, DLP12 prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/33); new base C (63/101); total (97/135) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.94e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TTCTGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTG > NC_000913/580290‑580582
|
ttCTGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTa < 7:307098/148‑1 (MQ=255)
cTGACGTTAGTCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTCGtt > 2:347713/1‑149 (MQ=18)
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aCGTTAGTCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTGCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTCGTTGAc < 5:130903/149‑1 (MQ=9)
aCGTTAGTCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAAATTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTCGTTGa < 2:251888/148‑1 (MQ=9)
aCGTTAGTCTCCGACGGCAGGCTTCAATAACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCACGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTCGTTGa < 8:49613/148‑1 (MQ=9)
aCGTTAGTCTCCGACGACAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTACCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGTTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTCGTTGa > 5:395/1‑148 (MQ=11)
aCGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGcccc < 1:108077/149‑1 (MQ=32)
aGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGGTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTAtt > 8:274364/1‑149 (MQ=17)
gCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCa < 3:135000/149‑1 (MQ=32)
gCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCa < 8:178035/149‑1 (MQ=32)
gaTGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTc > 6:170901/2‑149 (MQ=17)
aaTGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTc > 7:37726/1‑149 (MQ=32)
gACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTAAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCt > 3:347701/1‑149 (MQ=17)
aGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGAttt > 3:238016/1‑149 (MQ=32)
aGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGAttt < 6:216998/149‑1 (MQ=32)
tGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTACTTAGTTGACATGAGGTTGCCGCGTATTCAGTGTCGCTGATATGTAt > 4:59581/1‑149 (MQ=12)
agaAATTCCAGGACGCTTTTTGCTCAAGTGCGTTGTTAATTTGTTCCATGATTTGGTTAGGAAAGCGGTTGTTGCGGGGTGTTGTTCTTCGGGTTGTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCGCCGTTTTCCGTGTCGCTGATTTGTATTg < 3:304996/149‑1 (MQ=11)
aaatCCCGGCCCCTTTTTGCTCACGAGCCTCGTTAATTTGGTCAATCATTTTGTTATGAAAGGGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCTGGTTCTGGTCTTGGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCt < 8:383239/146‑1 (MQ=1)
ttCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTAttaa > 4:15800/1‑123 (MQ=17)
ttCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCa < 3:15800/125‑1 (MQ=32)
ttCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGa < 5:218721/149‑1 (MQ=32)
ccTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAATCGTATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTATGTTCTTAGTTGACATGAGGGTGCCCCTCATTCAGTGTCGCTGATTTGAATTGTCTGAATTTGgttt > 6:356398/1‑149 (MQ=11)
tttGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTAc < 6:329457/148‑1 (MQ=32)
aaGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGc > 4:49901/1‑112 (MQ=32)
agCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGAt > 7:134379/1‑149 (MQ=32)
cGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGc < 4:347701/149‑1 (MQ=32)
ttAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGAt < 3:192926/148‑1 (MQ=32)
gTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTaa < 7:40337/148‑1 (MQ=32)
ttCAATCATTTGGTTTGGAAAGAGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCATTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATa < 3:187584/149‑1 (MQ=12)
ttCAATCATTTGGTTAGTAATGCGGATGTTGCTTGTTGTTGTTCTGCGGTTTCTTTTCTTAGTTGACATTAGGTTGCGCCGTATTCAGTTTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTAGGTTAAGTTGATGCAGATGAATTAATa < 8:118186/149‑1 (MQ=11)
tCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATa < 4:238016/149‑1 (MQ=32)
aTTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATAcc > 3:140736/1‑149 (MQ=32)
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gAAAGCGGATGTTGCGGGTTCTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCAGTATTCAGTGTCGCTGATTTCTATTGTCAGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATaa > 4:156968/1‑149 (MQ=255)
gtggCGGGGTGTGGTGATGCGGGTGCTGGTCTGAGTTGCCAGGAGGGTGCCCCGTCTTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGAAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTAttt < 6:236680/146‑1 (MQ=11)
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ttgttgtgCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGAGATGAGTTTGCCCCTTATTCAGTGTCTCTGATTTGTATTTTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGGGGt < 7:172945/149‑1 (MQ=11)
gtgttgtGAGGGTTCTGTTCTTAGTTTACTTGAGGTTGCCCCTTTTTCAGTTTCGCTGATTTGTAATGTCTGAAGTTGTTTTTACTTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATAAGATACCTGCGTCATAATTGATAATTTGACGTGGttt < 5:281210/147‑1 (MQ=11)
gtggtGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACTTGAGGTTGACCCGTATTCAGTGTGGCTGATTTGTTTTGTATGATGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCATTTAATACGATTAATGCGTGTTAATTGATTATTTGACGTGGTTTGAt < 2:300978/145‑1 (MQ=11)
ttCTGCGGGATCAGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATg < 2:187775/149‑1 (MQ=17)
|
TTCTGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTG > NC_000913/580290‑580582
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
