Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
66 |
46.7 |
5280542 |
98.1% |
5180211 |
47.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_017635 |
3,179,423 |
(A)7→8 |
intergenic (+11/‑71) |
yqeI → / → ECW_RS15855 |
transcriptional regulator/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_017635 | 3,179,416 | 1 | . | A | 97.9%
| 184.5
/ ‑2.7
| 48 | intergenic (+4/‑78) | yqeI/ECW_RS15855 | transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base A (17/30); total (18/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
CAGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAT > NC_017635/3179369‑3179459
|
cAGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATtat < 1:727221/48‑1 (MQ=255)
cAGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATtat < 1:2131813/48‑1 (MQ=255)
gACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATtat‑a > 2:1402285/1‑47 (MQ=255)
gACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aa < 1:243612/48‑1 (MQ=255)
aCTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaa < 2:2252857/48‑1 (MQ=255)
aCTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaa < 2:2399075/48‑1 (MQ=255)
aCTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aa > 2:2404848/1‑47 (MQ=255)
ttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaa > 1:2243962/1‑47 (MQ=255)
ttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaa > 2:511193/1‑47 (MQ=255)
aaCCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaac < 2:2576752/47‑3 (MQ=255)
aaCCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaac < 1:2450145/47‑3 (MQ=255)
ccTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑Cttat < 2:538129/48‑1 (MQ=38)
ccTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑Cttat < 2:228433/48‑1 (MQ=38)
cTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑Cttatt < 2:416764/48‑1 (MQ=38)
cTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑Cttatt < 2:607188/48‑1 (MQ=38)
cTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑Cttatt < 1:2506086/48‑1 (MQ=38)
gTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTtattat > 1:977282/1‑48 (MQ=38)
tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTtattat < 2:417322/47‑1 (MQ=38)
tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTtattat < 1:1086371/47‑1 (MQ=38)
tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTtattat < 2:373714/47‑1 (MQ=38)
ttACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTAttattta > 1:1808/1‑48 (MQ=38)
aCCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTAttatttat < 2:1771470/47‑1 (MQ=38)
aCCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTAttattta < 1:1006311/46‑1 (MQ=38)
aCCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTAttattt < 1:43561/45‑1 (MQ=38)
ccGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATtatttatt < 1:1376771/47‑1 (MQ=38)
gTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTa < 2:1148160/48‑1 (MQ=38)
tGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAg < 1:2553371/48‑1 (MQ=38)
tGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAg < 2:534286/48‑1 (MQ=38)
aGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGt < 2:391893/47‑1 (MQ=38)
ggTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGttt > 2:1307136/1‑48 (MQ=38)
ggTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGttt < 1:1338873/48‑1 (MQ=38)
gTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGtttt > 1:1059258/1‑48 (MQ=38)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGttttt < 1:623652/48‑1 (MQ=38)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGttttt < 2:2598408/48‑1 (MQ=38)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGttttt < 1:14209/48‑1 (MQ=38)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGtttt > 2:969174/1‑47 (MQ=38)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGtttt > 1:2336211/1‑47 (MQ=38)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGtttt > 1:1042593/1‑47 (MQ=38)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGtttt > 1:1228858/1‑47 (MQ=38)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGtttt > 2:1291253/1‑47 (MQ=38)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGtttt > 1:41636/1‑47 (MQ=38)
tAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTa > 1:865021/1‑48 (MQ=39)
tAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTa > 1:2134152/1‑48 (MQ=39)
aaTCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTa < 2:2505292/47‑1 (MQ=255)
aaTCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTa < 1:2236848/47‑1 (MQ=255)
tCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCa < 1:731964/48‑1 (MQ=255)
tCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCa < 1:2443629/48‑1 (MQ=255)
tCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCa < 2:2522413/48‑1 (MQ=255)
tCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCa < 1:421459/48‑1 (MQ=255)
attgattATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTggg < 2:1721948/48‑1 (MQ=255)
tgattATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGtt > 1:2257592/1‑48 (MQ=255)
tgattATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGtt > 1:2220577/1‑48 (MQ=255)
tgattATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGtt > 1:2098687/1‑48 (MQ=255)
tgattATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGtt > 2:720802/1‑48 (MQ=255)
tgattATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGtt > 2:931021/1‑48 (MQ=255)
attATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGttt < 1:229768/47‑1 (MQ=255)
attATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGttt < 1:2147144/47‑1 (MQ=255)
attATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTa < 2:1793743/48‑1 (MQ=255)
ttAT‑AAAAAAACCTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAt > 1:2585868/1‑48 (MQ=39)
|
CAGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAT > NC_017635/3179369‑3179459
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCT > NC_017635/3179375‑3179473
|
GTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAAac > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2106:20899:7836/1‑49 (MQ=60)
TAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2107:23760:25748/50‑1 (MQ=60)
ACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2101:22287:5303/51‑1 (MQ=60)
ACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1105:24110:8200/51‑1 (MQ=60)
CCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTAT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2108:15106:13127/51‑1 (MQ=60)
CTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1109:5865:12500/1‑51 (MQ=60)
GTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1110:3546:10707/50‑1 (MQ=60)
TCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTAT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1101:14499:2535/1‑51 (MQ=60)
TACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1109:13575:17976/49‑1 (MQ=60)
TACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTAT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1101:26658:12596/48‑1 (MQ=60)
ACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1112:18707:20654/50‑1 (MQ=60)
GTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2108:12475:22128/51‑1 (MQ=60)
AGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2114:25654:19654/1‑51 (MQ=60)
AGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1112:3503:13459/51‑1 (MQ=60)
AGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1110:8321:4625/1‑51 (MQ=60)
GGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2106:9572:27174/1‑50 (MQ=60)
GGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1111:10376:15233/1‑50 (MQ=60)
GGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1101:15510:12206/1‑50 (MQ=60)
GGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1109:7699:25772/1‑50 (MQ=60)
GTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTAT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1101:19307:6379/51‑1 (MQ=60)
GTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTAT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2105:17836:9061/1‑51 (MQ=60)
GTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTAT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2110:25674:10827/1‑51 (MQ=60)
GTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTAT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1108:15419:13511/1‑51 (MQ=60)
GTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTAT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1106:5822:12230/51‑1 (MQ=60)
TAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATC > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2112:26981:14576/1‑50 (MQ=60)
TAATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATC < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2106:21060:6170/50‑1 (MQ=60)
AATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATC > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2114:16283:8707/1‑49 (MQ=60)
ATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2107:6638:24039/51‑1 (MQ=60)
ATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1107:23543:10455/51‑1 (MQ=60)
ATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1104:18059:18180/51‑1 (MQ=60)
ATCGTGATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2114:18397:12764/51‑1 (MQ=60)
ATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2104:15334:25307/1‑51 (MQ=60)
ATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2105:17622:27532/1‑51 (MQ=60)
ATTGATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2106:18914:10685/1‑51 (MQ=60)
GATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1109:9556:23238/1‑51 (MQ=60)
GATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2102:14640:5271/1‑51 (MQ=60)
GATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1114:17736:12118/1‑51 (MQ=60)
GATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1113:19273:23808/1‑51 (MQ=60)
GATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2105:10198:11699/50‑1 (MQ=60)
GATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1102:16105:28061/50‑1 (MQ=60)
GATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGAGGGTTTATT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1109:17341:24200/1‑51 (MQ=58)
GATTAT‑AAAAAAACCTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2109:6473:4848/1‑51 (MQ=60)
ATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTC > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1110:19085:2131/1‑51 (MQ=60)
ATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTC > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1105:23209:3619/1‑51 (MQ=60)
ATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTC > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2113:20740:21992/1‑51 (MQ=60)
ATTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTC > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2108:26480:17809/1‑51 (MQ=60)
TTATAAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1108:16455:21658/1‑51 (MQ=60)
ataAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2103:12117:16771/48‑1 (MQ=60)
ataAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTC < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2114:8894:16703/47‑1 (MQ=60)
taAAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2112:5134:22993/3‑51 (MQ=60)
A‑AAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTC > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1113:9315:23029/1‑51 (MQ=60)
AAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCAC < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2111:13017:14597/51‑1 (MQ=60)
AAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTAGCAGTGGGTTTATTCTCTTCACT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2107:28665:11203/51‑1 (MQ=60)
AAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGT < M01420:84:000000000‑ABVEH:1:1112:13044:6294/51‑1 (MQ=60)
A‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCT > M01420:84:000000000‑ABVEH:1:2107:18781:16149/1‑51 (MQ=60)
|
GTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAA‑CTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTGTCT > NC_017635/3179375‑3179473
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
