Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
61 |
39.0 |
4165548 |
97.4% |
4057243 |
49.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_017635 |
3,179,423 |
(A)7→8 |
intergenic (+11/‑71) |
yqeI → / → ECW_RS15855 |
transcriptional regulator/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_017635 | 3,179,416 | 1 | . | A | 100.0%
| 196.7
/ NA
| 55 | intergenic (+4/‑78) | yqeI/ECW_RS15855 | transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base A (17/38); total (17/38) |
GCAGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATT > NC_017635/3179368‑3179460
|
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aGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTTATTAT‑aa > 1:278887/1‑49 (MQ=255)
aGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aa > 2:1006908/1‑49 (MQ=255)
gACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaa < 2:629463/50‑1 (MQ=255)
aCTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGAGATTGATTAT‑aaaa > 1:1180705/1‑49 (MQ=255)
gTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaa > 1:205277/1‑49 (MQ=255)
gTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaa > 1:1122877/1‑49 (MQ=255)
tttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaac < 2:1298285/50‑3 (MQ=255)
tttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaac < 1:566755/50‑3 (MQ=255)
tttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaac > 2:1941579/1‑48 (MQ=255)
tttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaa < 2:685243/48‑1 (MQ=255)
tttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaa < 1:1531091/48‑1 (MQ=255)
aCCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACttat < 1:610274/50‑1 (MQ=39)
aCCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACttat < 2:1917558/50‑1 (MQ=39)
cccTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACttat > 1:632171/1‑49 (MQ=38)
ccTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACttatta < 1:1652740/50‑1 (MQ=39)
ccTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACttatta < 1:393114/50‑1 (MQ=39)
cTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTtattat < 2:2061112/50‑1 (MQ=39)
gTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTattatt > 2:357370/1‑49 (MQ=38)
tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTattatt < 2:1725792/48‑1 (MQ=38)
tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTattatt < 2:1553296/48‑1 (MQ=38)
tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTattatt < 1:1453121/48‑1 (MQ=38)
tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttattta < 2:1220992/50‑1 (MQ=39)
tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttattt < 2:964125/49‑1 (MQ=38)
tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttattt < 1:1590562/49‑1 (MQ=38)
cTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttatttat > 2:144619/1‑50 (MQ=39)
cTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttatttat > 1:1114255/1‑50 (MQ=39)
cTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttatttat > 2:1969970/1‑50 (MQ=39)
tACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTatttattt > 1:1718348/1‑50 (MQ=39)
aCCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttatttat < 1:303842/47‑1 (MQ=38)
aCCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttatttat < 1:701423/47‑1 (MQ=38)
aCCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTatttattt < 1:1940156/49‑1 (MQ=38)
ccGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTAtttt < 2:1369816/49‑1 (MQ=38)
ccGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTAtttt < 1:111363/49‑1 (MQ=38)
ccGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTa < 1:1757749/50‑1 (MQ=39)
ccGAGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTa < 2:1659849/50‑1 (MQ=38)
gTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGt > 2:1091605/1‑50 (MQ=39)
tGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGtt < 1:1018388/50‑1 (MQ=39)
tGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGtt < 1:167136/50‑1 (MQ=39)
gAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttt > 2:791883/1‑50 (MQ=39)
aGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGtttt < 1:1310880/50‑1 (MQ=39)
aGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttt < 2:1222776/49‑1 (MQ=38)
ggTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttttt < 2:1789820/50‑1 (MQ=39)
ggTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttttt < 2:769928/50‑1 (MQ=39)
ggTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttttt < 1:1293388/50‑1 (MQ=39)
gTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTa < 1:2075077/50‑1 (MQ=39)
gTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTa < 1:1846465/50‑1 (MQ=39)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt < 2:987833/50‑1 (MQ=39)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt > 1:1226634/1‑50 (MQ=39)
ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt < 1:1806427/50‑1 (MQ=39)
tAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt > 2:1644205/1‑49 (MQ=39)
aaTCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt > 2:1576086/1‑48 (MQ=255)
aaTCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt > 1:1400555/1‑48 (MQ=255)
aTCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCa < 2:1461138/49‑1 (MQ=255)
aTCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCa < 2:669799/49‑1 (MQ=255)
aTCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAg < 2:169497/50‑1 (MQ=255)
gTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTg < 2:327196/49‑1 (MQ=255)
tgattgatTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTggg < 2:1074911/50‑1 (MQ=255)
tgattgatTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTggg > 2:1665033/1‑50 (MQ=255)
attgattATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGtt > 1:1169506/1‑50 (MQ=255)
tgattATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTa > 1:1167685/1‑50 (MQ=255)
gattATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTa < 1:350885/49‑1 (MQ=255)
gattATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTa < 2:1348726/49‑1 (MQ=255)
gattATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTa < 2:942452/49‑1 (MQ=255)
attATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAtt > 2:468766/1‑50 (MQ=255)
attATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAtt > 1:392693/1‑50 (MQ=255)
attATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAtt < 1:535121/50‑1 (MQ=255)
|
GCAGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATT > NC_017635/3179368‑3179460
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTG > NC_017635/3179375‑3179470
|
GTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAAac > M01420:85:000000000‑AC936:1:1103:14974:21207/1‑49 (MQ=60)
GTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAAac > M01420:85:000000000‑AC936:1:2102:25798:9195/1‑49 (MQ=60)
GTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAAac < M01420:85:000000000‑AC936:1:1108:23748:18482/51‑3 (MQ=60)
GTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAA < M01420:85:000000000‑AC936:1:2107:9214:20590/49‑1 (MQ=60)
TTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTT > M01420:85:000000000‑AC936:1:2111:9968:14061/1‑51 (MQ=60)
TTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTT > M01420:85:000000000‑AC936:1:1113:23640:12153/1‑51 (MQ=60)
TTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAAact < M01420:85:000000000‑AC936:1:2103:16284:18175/50‑4 (MQ=60)
AACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAT > M01420:85:000000000‑AC936:1:2102:21862:15054/1‑51 (MQ=60)
AACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAT < M01420:85:000000000‑AC936:1:1109:10610:9489/51‑1 (MQ=60)
CCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTA < M01420:85:000000000‑AC936:1:2109:15718:12546/51‑1 (MQ=60)
CCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTA < M01420:85:000000000‑AC936:1:1106:21371:10620/51‑1 (MQ=60)
CCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATT > M01420:85:000000000‑AC936:1:1109:5528:16131/1‑50 (MQ=60)
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GTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATT < M01420:85:000000000‑AC936:1:2106:10950:19393/49‑1 (MQ=60)
CTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATT > M01420:85:000000000‑AC936:1:2102:13755:6121/1‑51 (MQ=60)
TACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTT > M01420:85:000000000‑AC936:1:2110:23959:9669/1‑51 (MQ=60)
TACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTT < M01420:85:000000000‑AC936:1:2113:21399:7567/50‑1 (MQ=60)
TACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTAT < M01420:85:000000000‑AC936:1:1105:21210:5483/48‑1 (MQ=60)
TACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTAT < M01420:85:000000000‑AC936:1:1110:12855:14964/48‑1 (MQ=60)
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ACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTT < M01420:85:000000000‑AC936:1:1102:5661:15310/50‑1 (MQ=60)
GTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTT < M01420:85:000000000‑AC936:1:1114:7789:21999/51‑1 (MQ=60)
GTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTT < M01420:85:000000000‑AC936:1:1103:5143:9744/51‑1 (MQ=60)
GAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTT < M01420:85:000000000‑AC936:1:2104:20058:21392/51‑1 (MQ=60)
AGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTT < M01420:85:000000000‑AC936:1:2104:19103:16068/51‑1 (MQ=60)
GGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTA < M01420:85:000000000‑AC936:1:2114:7705:24897/51‑1 (MQ=60)
GGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTA < M01420:85:000000000‑AC936:1:2111:13879:26341/51‑1 (MQ=60)
GTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAT < M01420:85:000000000‑AC936:1:2111:19044:13437/51‑1 (MQ=60)
TTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATC > M01420:85:000000000‑AC936:1:2103:18785:18333/1‑51 (MQ=60)
AATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATC > M01420:85:000000000‑AC936:1:2105:12652:27574/1‑49 (MQ=60)
ATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTT > M01420:85:000000000‑AC936:1:2102:8136:23766/1‑51 (MQ=60)
TGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAT > M01420:85:000000000‑AC936:1:2102:26132:23099/1‑51 (MQ=60)
TGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTA < M01420:85:000000000‑AC936:1:1105:20342:20159/50‑1 (MQ=60)
GATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATT < M01420:85:000000000‑AC936:1:1108:16434:8901/51‑1 (MQ=60)
ATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTC > M01420:85:000000000‑AC936:1:1106:13088:10492/1‑51 (MQ=60)
TTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCT > M01420:85:000000000‑AC936:1:1104:10537:17505/1‑51 (MQ=60)
ataAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCT > M01420:85:000000000‑AC936:1:1109:9455:9679/4‑51 (MQ=60)
ataAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCT > M01420:85:000000000‑AC936:1:2104:20559:7318/4‑51 (MQ=60)
taAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTT > M01420:85:000000000‑AC936:1:2102:16447:26364/3‑51 (MQ=60)
taAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTT > M01420:85:000000000‑AC936:1:1109:26816:10264/3‑51 (MQ=60)
A‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTC > M01420:85:000000000‑AC936:1:2110:14199:18634/1‑51 (MQ=60)
A‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTC > M01420:85:000000000‑AC936:1:1101:15767:9079/1‑51 (MQ=60)
AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCA < M01420:85:000000000‑AC936:1:2108:14723:4143/51‑1 (MQ=60)
AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTC > M01420:85:000000000‑AC936:1:1113:25232:11380/1‑50 (MQ=60)
AAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCAC > M01420:85:000000000‑AC936:1:1114:2443:14258/1‑51 (MQ=60)
AAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACT > M01420:85:000000000‑AC936:1:2107:24788:15734/1‑51 (MQ=60)
AAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACT < M01420:85:000000000‑AC936:1:2112:3871:19975/51‑1 (MQ=60)
AAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTG > M01420:85:000000000‑AC936:1:1107:8111:11347/1‑51 (MQ=60)
AAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTG > M01420:85:000000000‑AC936:1:2103:14034:9524/1‑51 (MQ=60)
|
GTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATTCTCTTCACTG > NC_017635/3179375‑3179470
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
